[發(fā)明專利]一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202011541006.1
• 申請日: 2020-12-23
• 公開（公告）號: CN112768005A
• 公開（公告）日: 2021-05-07
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 熊新彩
• 申請（專利權(quán)）人: 闊然生物醫(yī)藥科技（上海）有限公司
• 主分類號: G16B45/00
• 分類號: G16B45/00;G16B50/00;G16B20/20;G16B15/30;G06F40/186;G16H10/60
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本發(fā)明公開了一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法，包括執(zhí)行命令，所述執(zhí)行命令用于對復(fù)雜信息進行處理，且復(fù)雜信息處理過程包括報告模板加載、數(shù)據(jù)庫加載、患者信息加載和分析結(jié)果加載。本發(fā)明所述的一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法，通過一條執(zhí)行命令，即可根據(jù)癌種信息和panel信息出具不同類型的報告，操作簡單且可在短時間內(nèi)批量生成word版報告，大大提高了報告生成效率；而生成的自動化報告為word版，可隨時進行編輯、微調(diào)；同時報告模板的制定可使出具的報告風(fēng)格一致，減少認為錯誤，實現(xiàn)了腫瘤檢測報告的高度統(tǒng)一；另外程序自動識別癌種信息和panel信息，根據(jù)不同癌種和不同panel出具不同類型的檢測報告，一步到位，直接生成想要的word版報告。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及腫瘤基因檢測技術(shù)領(lǐng)域，特別涉及一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法。

背景技術(shù)

腫瘤精準診斷飛速發(fā)展，目前已進入分子病理時代。鑒于NGS技術(shù)具有高通量、高靈敏性、多基因平行檢測等優(yōu)點，該技術(shù)已被廣泛應(yīng)用于腫瘤基因檢測，但基于該技術(shù)的腫瘤基因檢測報告內(nèi)容通常較長，少則幾十頁多則上百頁。目前常見的出報告方式主要有三種：根據(jù)分析結(jié)果手動粘貼出具報告、根據(jù)分析結(jié)果自動化生成pdf版報告、根據(jù)分析結(jié)果自動化生成html報告。

而上述三種常見的出報告方式在應(yīng)用過程中往往存在以下缺陷:1.手動出報告需要首先根據(jù)癌種類型選擇不同的報告模板，然后將患者基本信息、分析結(jié)果手動粘貼至相應(yīng)位置，用藥指導(dǎo)及解析需要根據(jù)現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫的搜索結(jié)果進行手動填寫。整個過程需要關(guān)注的細節(jié)非常繁多，既要保證所選模板正確，又要保證分析結(jié)果粘貼無誤，此外變異信息和用藥指導(dǎo)、臨床提示等也要一一對應(yīng)。整個出報告過程效率低下且容易引入人為錯誤；2.與手動出報告相比，根據(jù)分析結(jié)果自動化生成pdf報告可以省去很多人工粘貼及人工搜索時間，但也存在相應(yīng)的弊端。因為一份完整的腫瘤基因檢測報告，除了包含相對固定的分析結(jié)果外，還包括人工個性化解讀部分，如果想把個性化解讀部分加入報告，就需要對自動化產(chǎn)生的報告進行微調(diào)，而pdf版卻不易編輯，限制了報告微調(diào)；3.html版報告是另一種自動化報告展示方式，同樣存在不易編輯的問題，每次微調(diào)報告需要對代碼進行修改。且html形式的報告對瀏覽器的依賴度較高，不同瀏覽器可能不能很好地兼容，會導(dǎo)致報告顯示異常。此外，html報告并不太符合臨床醫(yī)生的使用習(xí)慣，他們更習(xí)慣于pdf版報告。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的主要目的在于提供一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法，可以有效解決背景技術(shù)中的問題。

為實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明采取的技術(shù)方案為：

一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法，包括執(zhí)行命令，所述執(zhí)行命令用于對復(fù)雜信息進行處理，且復(fù)雜信息處理過程包括報告模板加載、數(shù)據(jù)庫加載、患者信息加載和分析結(jié)果加載，所述執(zhí)行命令內(nèi)容為：python3 auto_get_report.py -m template.docx -dmutationDatabase.xls -t drug_target.xls -i drug_ing.xls -s samplesheet.xls -presultsPathway，報告生成包括以下步驟：

步驟一、輸入?yún)?shù)：auto_get_report.py輸入?yún)?shù)，整個自動化分析系統(tǒng)的主程序自動調(diào)用該程序，并自動傳入該程序所需參數(shù)；

步驟二、讀取患者信息：程序讀取患者信息表，獲取樣本名稱、患者姓名、性別、年齡、樣本類型、檢測項目、癌種類型、收樣日期、送檢單位等信息；

步驟三、選擇報告模板：程序根據(jù)步驟二患者信息表中每個患者的癌種類型及檢測項目選擇性載入對應(yīng)的報告模板；

步驟四、讀取突變數(shù)據(jù)庫：程序讀取突變數(shù)據(jù)庫，并對突變數(shù)據(jù)庫進行解析，構(gòu)建字典，記錄不同癌種中不同基因不同變異的用藥信息及臨床提示等信息；

步驟五、讀取靶向藥物數(shù)據(jù)庫：程序讀取靶向藥物數(shù)據(jù)庫，構(gòu)建字典，記錄每種藥物對應(yīng)的作用靶點及已獲FDA批準的適應(yīng)癥等信息；

步驟六、讀取在研藥物數(shù)據(jù)庫：程序讀取在研藥物數(shù)據(jù)庫，構(gòu)建字典，記錄每種藥物的作用靶點及相應(yīng)的簡介信息；