[發(fā)明專利]一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202011541006.1
• 申請日: 2020-12-23
• 公開（公告）號: CN112768005A
• 公開（公告）日: 2021-05-07
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 熊新彩
• 申請（專利權(quán)）人: 闊然生物醫(yī)藥科技（上海）有限公司
• 主分類號: G16B45/00
• 分類號: G16B45/00;G16B50/00;G16B20/20;G16B15/30;G06F40/186;G16H10/60
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1.一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法，包括執(zhí)行命令，其特征在于：所述執(zhí)行命令用于對復(fù)雜信息進行處理，且復(fù)雜信息處理過程包括報告模板加載、數(shù)據(jù)庫加載、患者信息加載和分析結(jié)果加載，所述執(zhí)行命令內(nèi)容為：python3 auto_get_report.py -mtemplate.docx -d mutationDatabase.xls -t drug_target.xls -i drug_ing.xls -ssamplesheet.xls -p resultsPathway，報告生成包括以下步驟：

步驟一、輸入?yún)?shù)：auto_get_report.py輸入?yún)?shù)，整個自動化分析系統(tǒng)的主程序自動調(diào)用該程序，并自動傳入該程序所需參數(shù)；

步驟二、讀取患者信息：程序讀取患者信息表，獲取樣本名稱、患者姓名、性別、年齡、樣本類型、檢測項目、癌種類型、收樣日期、送檢單位等信息；

步驟三、選擇報告模板：程序根據(jù)步驟二患者信息表中每個患者的癌種類型及檢測項目選擇性載入對應(yīng)的報告模板；

步驟四、讀取突變數(shù)據(jù)庫：程序讀取突變數(shù)據(jù)庫，并對突變數(shù)據(jù)庫進行解析，構(gòu)建字典，記錄不同癌種中不同基因不同變異的用藥信息及臨床提示等信息；

步驟五、讀取靶向藥物數(shù)據(jù)庫：程序讀取靶向藥物數(shù)據(jù)庫，構(gòu)建字典，記錄每種藥物對應(yīng)的作用靶點及已獲FDA批準的適應(yīng)癥等信息；

步驟六、讀取在研藥物數(shù)據(jù)庫：程序讀取在研藥物數(shù)據(jù)庫，構(gòu)建字典，記錄每種藥物的作用靶點及相應(yīng)的簡介信息；

步驟七、讀取結(jié)果文件：程序讀取結(jié)果文件所在路徑，根據(jù)癌種類型及panel類型讀取路徑下的相應(yīng)結(jié)果文件；

步驟八、輸出報告：程序根據(jù)輸入文件進行復(fù)雜處理，自動生成含有患者姓名的腫瘤基因檢測報告。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法，其特征在于：所述報告模板加載為根據(jù)不同癌種和不同panel加載不同的報告模板，且該模板已設(shè)置好頁眉、頁腳、水印、公司logo、圖表色彩、簽名、報告公章、附錄和參考文獻等初始信息。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法，其特征在于：所述數(shù)據(jù)庫加載包括突變數(shù)據(jù)庫加載、在研藥物數(shù)據(jù)庫加載和靶向藥物數(shù)據(jù)庫加載。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法，其特征在于：所述患者信息加載包括患者姓名、性別、年齡、送檢編號、樣本名稱、樣本類型、臨床信息、送檢單位、檢測項目和檢測方法信息。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法，其特征在于：所述分析結(jié)果加載包括體細胞突變分析結(jié)果文件、胚系突變結(jié)果文件、化療相關(guān)結(jié)果文件、放療相關(guān)結(jié)果文件、微衛(wèi)星不穩(wěn)定結(jié)果文件、陣痛相關(guān)結(jié)果文件、熱點突變結(jié)果文件和1p/19q結(jié)果文件。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法，其特征在于：所述步驟四中突變數(shù)據(jù)庫包括基因名稱、蛋白質(zhì)變異信息、HGVS注釋信息、具體突變信息、靶向藥物、靶向藥物、在研藥物、臨床提示和癌種信息。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法，其特征在于：所述步驟六中在研藥物數(shù)據(jù)庫包含藥物名稱、藥物靶點和藥物簡介信息。

8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種腫瘤基因檢測自動化報告生成方法，其特征在于：所述步驟五中靶向藥物數(shù)據(jù)庫包括藥物英文名稱、藥物中文名稱、藥物靶點和已獲FDA批準的適應(yīng)癥信息。