[發明專利]一種基于液相探針捕獲的Y染色體測序方法

在審

• 申請號: 202011530843.4
• 申請日: 2020-12-22
• 公開（公告）號: CN112522382A
• 公開（公告）日: 2021-03-19
• 發明（設計）人: 文少卿;王凌翔;徐旭鼎;雷波
• 申請（專利權）人: 廣州深曉基因科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12N15/10
• 代理公司: 廣州粵高專利商標代理有限公司 44102
• 代理人: 趙崇楊

1.一種基于液相探針捕獲的Y染色體測序方法，其特征在于，包括如下步驟：

S1.提取基因組DNA，將基因組DNA進行片段化；

S2.對片段化的雙鏈DNA進行末端修復，DNA片段的3’末端加堿基A；

S3.在DNA片段兩端加上測序接頭并純化連接產物以除去未連接的接頭序列；

S4.PCR擴增連有接頭的片段DNA進行文庫擴增并純化；

S5.文庫質量控制；

S6.探針區域的挑選及優化，并設計局部密集式探針；

S7.將步驟S5的DNA文庫和步驟S6的探針進行文庫雜交反應，捕獲目標DNA片段；

S8.將捕獲的目標DNA片段進行分離；

S9.對分離后的目標DNA片段進行高通量測序；

其中，步驟S6所述探針區域的挑選及優化為獲得hg38版本的Y染色體參考序列，以70bp為截取長度，35bp為滑動窗口，獲得重疊覆蓋整個NRY區域的70bp單位片段，然后分別用BWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEM和bowtie2四種方法，將所有片段mapping回hg38的參考基因組，接著根據所有片段mapping到Y染色體的唯一性、質量和使用不同mapping方法的一致性，對片段進行評分分級，最后剔除評分最差的片段，把剩余片段進行拼接，得到用于捕獲測序的候選區域；

所述局部密集式探針為交錯式設計。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟S1所述基因組DNA來源于人類。

3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟S1所述DNA片段化為超聲隨機打斷、轉座酶酶切或限制性內切酶切。

4.根據權利要求4所述的方法，其特征在于，步驟S1所述DNA片段化為超聲隨機打斷。

5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟S6所述密集式探針帶有生物素標記。

6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，步驟S7所述捕獲目標DNA片段為將結合了鏈霉親和素的磁珠與雜交混合液進行混合，將要捕獲的目標片段通過探針間接地結合到磁珠上。

7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，步驟S8所述分離為將目標DNA片段洗脫下來。

8.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述探針包括SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:68。

9.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟S8所述分離得到目標DNA片段后，還包括對捕獲后的文庫進行擴增，再進行高通量測序。

10.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟S9所述高通量測序為DNB測序技術。