[發(fā)明專利]一種基于花菁類染料熒光分析的DNA瞬態(tài)構(gòu)象變化的檢測(cè)方法

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011458068.6
• 申請(qǐng)日: 2020-12-10
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN112505011A
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-03-16
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 樊春海;王麗華;沈建磊;李江;陳斌;黃秋靈
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 上海交通大學(xué)
• 主分類號(hào): G01N21/64
• 分類號(hào): G01N21/64
• 代理公司: 上海智信專利代理有限公司 31002
• 代理人: 余永莉

1.一種基于花菁類染料熒光分析的DNA瞬態(tài)構(gòu)象變化的檢測(cè)方法，其特征在于，包括以下步驟：

1)提供一種花菁類染料，通過(guò)柱分離提純，并通過(guò)單晶衍射、核磁共振和質(zhì)譜中的至少后面兩種分析方法來(lái)對(duì)其進(jìn)行結(jié)構(gòu)表征，然后將所述花菁類染料溶于二甲亞砜，制成所述花菁類染料的二甲亞砜溶液；

2)將步驟1)中制得的所述花菁類染料的二甲亞砜溶液與雙鏈DNA、G四聯(lián)體、i-motif或質(zhì)粒DNA混合孵育，通過(guò)測(cè)量熒光光譜，并對(duì)單體和激基締合物的熒光發(fā)射強(qiáng)度進(jìn)行分析，即可實(shí)現(xiàn)對(duì)所述雙鏈DNA、G四聯(lián)體、i-motif或質(zhì)粒DNA的瞬態(tài)構(gòu)象變化的檢測(cè)；

其中，所述花菁類染料具有如下式(I)所示的結(jié)構(gòu)通式：

R¹～R²為獨(dú)立的C_1-18的烷基；X¹、X²和X³為鹵原子。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測(cè)方法，其特征在于，所述式(I)所示的結(jié)構(gòu)通式中的烷基為甲基、乙基、丙基或丁基，X¹和X²為氯原子或溴原子，X³為溴原子或碘原子。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測(cè)方法，其特征在于，當(dāng)用于雙鏈DNA瞬態(tài)構(gòu)象變化的檢測(cè)時(shí)，所述雙鏈DNA包括：不同長(zhǎng)度的無(wú)堿基錯(cuò)配的、不同位置和數(shù)量堿基錯(cuò)配的雙鏈DNA，步驟2)包括：通過(guò)PCR制備不同的雙鏈DNA，將其與步驟1)中制得的所述花菁類染料的二甲亞砜溶液混合孵育，通過(guò)測(cè)量熒光光譜，并對(duì)單體和激基締合物的熒光發(fā)射強(qiáng)度進(jìn)行分析，即可實(shí)現(xiàn)對(duì)所述不同的雙鏈DNA的區(qū)分。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測(cè)方法，其特征在于，當(dāng)用于G四聯(lián)體、i-motif瞬態(tài)構(gòu)象變化的檢測(cè)時(shí)，步驟2)包括：提供不同的G四聯(lián)體和i-motif，將其與步驟1)中制得的所述花菁類染料的二甲亞砜溶液混合孵育，通過(guò)測(cè)量熒光光譜，并對(duì)單體和激基締合物的熒光發(fā)射強(qiáng)度進(jìn)行分析，即可實(shí)現(xiàn)對(duì)所述不同的G四聯(lián)體、i-motif的區(qū)分。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測(cè)方法，其特征在于，當(dāng)用于質(zhì)粒DNA瞬態(tài)構(gòu)象變化的檢測(cè)時(shí)，所述質(zhì)粒DNA包括：超螺旋質(zhì)粒DNA，環(huán)狀質(zhì)粒DNA以及線性的質(zhì)粒DNA，步驟2)包括：通過(guò)酶切和膠回收方法制備不同拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的質(zhì)粒DNA，將其與步驟1)中制得的所述花菁類染料的二甲亞砜溶液混合孵育，通過(guò)測(cè)量熒光光譜，并對(duì)單體和激基締合物的熒光發(fā)射強(qiáng)度進(jìn)行分析，即可實(shí)現(xiàn)對(duì)所述不同拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的質(zhì)粒DNA的區(qū)分。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測(cè)方法，其特征在于，步驟2)中，所述雙鏈DNA、G四聯(lián)體、i-motif或質(zhì)粒DNA的堿基對(duì)數(shù)與花菁類染料的摩爾比為4：1。

7.根據(jù)權(quán)利要求2所述的檢測(cè)方法，其特征在于，所述花菁類染料具有如下式(II)所示的結(jié)構(gòu)：

8.根據(jù)權(quán)利要求3所述的檢測(cè)方法，其特征在于，所述不同長(zhǎng)度的無(wú)堿基錯(cuò)配的雙鏈DNA分別為4bp、5bp、6bp、7bp、8bp、9bp、10bp、11bp、12bp、15bp、20bp、30bp、60bp的雙鏈DNA。

9.根據(jù)權(quán)利要求3所述的檢測(cè)方法，其特征在于，所述不同位置和數(shù)量堿基錯(cuò)配的雙鏈DNA分別為：不同位置的單堿基錯(cuò)配M1、M2、M3，不同位置的雙堿基錯(cuò)配M4、M5，三堿基錯(cuò)配M6，四堿基錯(cuò)配M7，并且所有的雙鏈DNA堿基數(shù)為20bp。

10.根據(jù)權(quán)利要求4所述的檢測(cè)方法，其特征在于，所述不同的G四聯(lián)體和i-motif分別為：G4 2JSM,G4 TBA,G4 VEGF,G4 c-MYC,iM hTelo,iM c-MYC,iM 1A83,iM 1G22。