[發明專利]一種檢測HLA-B*15:02等位基因的熒光PCR方法及特異性引物探針組合

在審

• 申請號: 202011431450.8
• 申請日: 2020-12-07
• 公開（公告）號: CN112458156A
• 公開（公告）日: 2021-03-09
• 發明（設計）人: 鐘子華;戴鵬高;王豪;蔡芝燁;孟磊;王樂
• 申請（專利權）人: 西北大學
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 西安智邦專利商標代理有限公司 61211
• 代理人: 胡樂

本發明提供了一種檢測HLA?B*15:02等位基因的熒光PCR方法及特異性引物探針組合。本發明利用TaqMan探針技術，基于一個HLA?B*15:02特異的SNP基因位點設計一組引物與探針，結合對應內參基因β?Actin的另一組引物與探針，同時還設計了一組針對非HLA?B*15:02基因的引物探針，通過熒光定量PCR反應所得到的熒光新號結果來分析DNA樣本中是否含有HLA?B*15:02基因以及雜合、純合情況。本發明相對于以往類似的檢測方法，繼承了熒光PCR的高特異性、高通量、高分辨率、低成本、操作簡單便捷以及過程可控性等優點，且可以檢測樣品為純合子或雜合子。

技術領域

本發明涉及一種用于檢測HLA-B*15:02等位基因的特異性引物探針組合以及檢測方法。

背景技術

人類白細胞抗原HLA(human leukocyte antigen)為主要組織相容性復合體MHC(major histocompatibility complex)所表達的一種具有高度多態性的同種異體抗原，其化學本質為一類糖蛋白，由一條α重鏈(被糖基化的)和一條β輕鏈非共價結合而成。

HLA按其分布和功能分為Ⅰ類抗原和Ⅱ類抗原。HLAⅠ類抗原分子的本質為內源性抗原的遞呈分子，在人體免疫反應中扮演了至關重要的角色。HLAⅠ類抗原的特異性取決于α重鏈，由HLA-A、B、C位點編碼。其中，HLA-B位點常常被作為某些疾病的遺傳標志，如銀屑病、青少年性胰島素依賴型糖尿病等。

卡馬西平CBZ(carbamazepine)是一種三環類抗驚厥藥，被廣泛用于治療癲癇等神經性疾病。而近期研究表明，HLA-B*15:02基因與卡馬西平藥物所誘發的史提芬強生癥候群SJS(Stevens-Johnson syndrome)有很強的相關性。臨床統計表明，由服用卡馬西平導致的SJS患者中攜帶某些HLA位點相關的等位基因出現頻率明顯高于普通人群。美國食品藥品監督管理局FDA(U.S.Food and Drug Administration)在藥物標記中的藥物基因組生物標記表(Table of Pharmacogenomic Biomarkers in Drug Labeling)中將HLA-B基因列為卡馬西平的生物標志物，并在包裝盒上加有警告與預防措施等標志。

目前主要的HLA基因型檢測方法有序列特異性引導的聚合酶鏈式反應PCR-SSP(PCR-sequence specific primer)、基于測序分型的聚合酶鏈式反應PCR-SBT(PCR-sequencing based typing)和熒光定量PCR反應RT-PCR(realtime-PCR)等。其中PCR-SSP與PCR-SBT方法均有操作繁瑣、流程所需時間較長、成本較大等弊端，而RT-PCR憑借高通量、快速簡便、無污染、可實時監測反應進程等優點成為HLA-B*15:02檢測的主要手段。

目前已有的基于RT-PCR方法的檢測HLA-B*15:02的試劑盒主要采用多HLA-B基因位點同時檢測的原理來鑒定樣本是否為HLA-B*15:02陽性。例如，中國專利文獻CN2015102365550《一種檢測HLA-B*15:02等位基因的多重實時熒光PCR方法》，該方法提供了一種定性HLA-B*15:02基因的TaqMan探針檢測方法，其方案主要是同時利用多個SNP位點鑒定樣本是否為HLA-B*15:02陽性，存在以下不足：

1、涉及較多擴增產物，復雜度較高；

2、最終特異性限于數據庫更新，有待提高。

因此，發明人考慮，如果能夠使用更少且具有更高特異性的基因位點來進行HLA-B*15:02的檢測，將會大大提高檢測的效率與質量。

發明內容

本發明的目的是提供一種更加高效、準確的檢測HLA-B*15:02基因型的方法。

為了實現以上目的，本發明提出了一種單基因位點檢測HLA-B*15:02基因型的方法。研究思路如下：