[發明專利]一種同時檢測基因突變與拷貝數變化的高通量方法

在審

• 申請號: 202011430980.0
• 申請日: 2020-12-07
• 公開（公告）號: CN112522381A
• 公開（公告）日: 2021-03-19
• 發明（設計）人: 楊鋒;余偉師;梁萌萌
• 申請（專利權）人: 蘇州賽美科基因科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869
• 代理公司: 南京九致知識產權代理事務所(普通合伙) 32307
• 代理人: 韓蓮

1.一種同時檢測基因突變與拷貝數變化的高通量方法，其特征在于，包括：

針對多個待檢測位點或區域，分別設計一對正鏈探針和負鏈探針，每一對正鏈探針和負鏈探針中的正鏈探針位于基因組序列的正鏈上，每一對正鏈探針和負鏈探針中的負鏈探針位于基因組序列的負鏈上；

使用所述正鏈探針和所述負鏈探針進行組合得到組合探針，并基于組合探針對待測DNA通過低循環擴增技術進行第一輪PCR擴增；定義，低循環擴增技術的擴增次數介于12-18次；

對第一輪PCR擴增得到的產物，利用一對與二代測序平臺測序引物相匹配的PCR引物對第一輪PCR擴增得到的產物進行第二輪PCR擴增；

對第二輪PCR擴增得到的產物進行高通量雙端測序；

對高通量雙端測序數據進行目標位點基因型判定及拷貝數分析；

其中，所述正鏈探針和負鏈探針的5’端部分序列具有與所述第二輪PCR擴增的PCR擴增引物相一致的通用序列；

所述正鏈探針和所述負鏈探針3’端部分為與待檢測位點所在5’端上游區域特異性結合的序列。

2.根據權利要求1所述的一種同時檢測基因突變與拷貝數變化的高通量方法，其特征在于，所述正鏈探針或負鏈探針長度為18-36bp。

3.根據權利要求1所述的一種同時檢測基因突變與拷貝數變化的高通量方法，其特征在于，所述正鏈探針或負鏈探針長度為20-27bp。

4.根據權利要求1所述的一種同時檢測基因突變與拷貝數變化的高通量方法，其特征在于，對第二輪PCR擴增得到的產物進行高通量雙端測序時測序讀長為PE150-300bp。

5.根據權利要求1所述的一種同時檢測基因突變與拷貝數變化的高通量方法，其特征在于，對第二輪PCR擴增得到的產物進行高通量雙端測序時平均測序深度大于5000X。

6.根據權利要求1所述的一種同時檢測基因突變與拷貝數變化的高通量方法，其特征在于，第二輪PCR擴增過程中，來自不同樣本的擴增產物用帶不同標簽序列的PCR引物進行擴增。

7.根據權利要求1所述的一種同時檢測基因突變與拷貝數變化的高通量方法，其特征在于，對高通量雙端測序數據進行目標位點基因型判定及拷貝數分析，包括：首先根據數個至數十個堿基長度的標簽序列將測序獲得的序列歸到相應的樣本上；然后根據每個序列的堿基組成將其歸到相應基因片段的擴增產物上；對于目標位點各堿基類型計數，進行目標位點基因型判定及拷貝數分析。