[發(fā)明專利]一種腫瘤高親和力新抗原的篩選方法及其在指示肝癌患者PD-1治療預(yù)后療效中的應(yīng)用

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011406852.2
• 申請(qǐng)日: 2020-12-04
• 公開（公告）號(hào): CN112466396A
• 公開（公告）日: 2021-03-09
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 李家平;談濟(jì)洲
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中山大學(xué)附屬第一醫(yī)院
• 主分類號(hào): G16B20/20
• 分類號(hào): G16B20/20;G16B20/50;G16B30/00;G16B40/00
• 代理公司: 廣州一銳專利代理有限公司 44369
• 代理人: 楊昕昕

本發(fā)明公開了一種腫瘤高親和力新抗原的篩選方法及其在指示肝癌患者PD?1治療預(yù)后療效中的應(yīng)用，包含以下步驟：（1）取腫瘤患者的腫瘤組織，進(jìn)行腫瘤組織測(cè)序；（2）使用軟件檢測(cè)綜合檢測(cè)腫瘤患者的體細(xì)胞突變，得到VCF文件；（3）將VCF文件用pVACseq軟件進(jìn)行MHC?I分子類型鑒定；（4）基于HLA等位基因，使用pVACtools軟件，算出MHC?I結(jié)合親和力水平，將預(yù)測(cè)的親和力水平IC50小于50nM的作為高親和力新抗原；HAN?high組病比low組病人的無進(jìn)展生存期更長(zhǎng)，更受益于PD?1的治療，高親和力新抗原的數(shù)量可作為預(yù)測(cè)HCC患者生存和指導(dǎo)PD?1用藥的新指標(biāo)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物醫(yī)學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種腫瘤高親和力新抗原的篩選方法及其在指示肝癌患者PD-1治療預(yù)后療效中的應(yīng)用。

背景技術(shù)

腫瘤新生抗原(neoantigen)是由腫瘤細(xì)胞發(fā)生體細(xì)胞突變(somatic mutation)或者框架移位突變(frameshift mutation)形成，這類新抗原只特異存在于腫瘤細(xì)胞中，能被抗原遞呈細(xì)胞捕獲進(jìn)而被效應(yīng)T細(xì)胞識(shí)別，激發(fā)機(jī)體的抗腫瘤免疫效應(yīng)。然而實(shí)際上，在腫瘤產(chǎn)生的上千種新抗原中，真正能激活抗腫瘤免疫效應(yīng)的新抗原的概率不到百分之二十，因此，需要對(duì)腫瘤新抗原進(jìn)行更深入分類分析，在此基礎(chǔ)上尋找新抗原與HCC患者預(yù)后之間的關(guān)系。

現(xiàn)有的指導(dǎo)臨床上PD-1用藥的依據(jù)主要根據(jù)腫瘤組織中PD-L1的表達(dá)水平來評(píng)估PD-1治療的效果，PD-L1表達(dá)水平高的患者更受益于PD-1治療。但近年來，研究者們發(fā)現(xiàn)對(duì)高腫瘤突變負(fù)荷（TMB）10 Mut/mB且PD-L1表達(dá)水平低（小于1％）的患者進(jìn)行PD-1治療，依然能引起強(qiáng)烈的抗腫瘤免疫反應(yīng)，因此，TMB的檢測(cè)也是指導(dǎo)PD-1用藥的重要依據(jù)。但在目前在HCC的研究中，TMB并不是理想的預(yù)后指標(biāo)。因?yàn)镠CC患者的TMB值普遍偏高，無法準(zhǔn)確提示患者腫瘤中免疫狀態(tài)，并且臨床研究發(fā)現(xiàn)TMB值與患者預(yù)后無顯著相關(guān)性。而腫瘤新抗原能夠被腫瘤反應(yīng)性T細(xì)胞識(shí)別從而激活抗腫瘤免疫應(yīng)答，因此針對(duì)其數(shù)值的預(yù)測(cè)更能反應(yīng)腫瘤微環(huán)境中的免疫狀態(tài)，成為評(píng)估免疫治療效果的重要指標(biāo)。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明提供一種腫瘤高親和力新抗原的篩選方法及其在指示肝癌患者PD-1治療預(yù)后療效中的應(yīng)用，本發(fā)明通過全外顯子測(cè)序的結(jié)果，并采用pVAC工具和MHC-I算法計(jì)算出MHC-I高親和力新抗原的數(shù)量，并用中位數(shù)值(16)將其分成HAN-high組和HAN-low組，其中HAN-high組病比low組病人的無進(jìn)展生存期更長(zhǎng)，更受益于PD-1的治療，高親和力新抗原的數(shù)量可作為預(yù)測(cè)HCC患者生存和指導(dǎo)PD-1用藥的新指標(biāo)。

本發(fā)明解決其技術(shù)問題采用以下技術(shù)方案：

一種腫瘤高親和力新抗原的篩選方法，包含以下步驟：

（1）取腫瘤患者的腫瘤組織，進(jìn)行腫瘤組織WES和RNA-seq測(cè)序；

（2）使用多種軟件檢測(cè)綜合檢測(cè)腫瘤患者的體細(xì)胞突變，保留等位基因突變頻率≥5%的reads，得到VCF文件；

（3）將VCF文件用pVACseq軟件進(jìn)行MHC-I分子類型鑒定，腫瘤患者分型為：HLA-A等位基因、HLA-B等位基因、HLA-C等位基因；

（4）基于HLA等位基因，使用pVACtools軟件，通過多種預(yù)測(cè)算法預(yù)測(cè)與等位基因結(jié)合的多肽，將不同算法得到的結(jié)果中值作為MHC-I結(jié)合親和力水平，將MHC-I結(jié)合親和力水平計(jì)為IC50，將預(yù)測(cè)的親和力水平IC50小于50nM的作為高親和力新抗原。

作為一種優(yōu)選方案，所述步驟（2）采用Mutect、Varscan、CNVnator軟件檢測(cè)綜合檢測(cè)腫瘤患者的體細(xì)胞突變。

作為一種優(yōu)選方案，所述Mutect軟件用于檢測(cè)體細(xì)胞單核苷酸變異，所述Varscan軟件用于檢測(cè)Indel變異，所述CNVnator軟件用于檢測(cè)拷貝數(shù)變異。

作為一種優(yōu)選方案，所述基于HLA等位基因，使用的為pVACtools軟件的pVACseq模塊。