[發明專利]一種腫瘤高親和力新抗原的篩選方法及其在指示肝癌患者PD-1治療預后療效中的應用

在審

• 申請號: 202011406852.2
• 申請日: 2020-12-04
• 公開（公告）號: CN112466396A
• 公開（公告）日: 2021-03-09
• 發明（設計）人: 李家平;談濟洲
• 申請（專利權）人: 中山大學附屬第一醫院
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B20/50;G16B30/00;G16B40/00
• 代理公司: 廣州一銳專利代理有限公司 44369
• 代理人: 楊昕昕

1.一種腫瘤高親和力新抗原的篩選方法，其特征在于，包含以下步驟：

（1）取腫瘤患者的腫瘤組織，進行腫瘤組織WES和RNA-seq測序；

（2）使用多種軟件檢測綜合檢測腫瘤患者的體細胞突變，保留等位基因突變頻率≥5%的reads，得到VCF文件；

（3）將VCF文件用pVACseq軟件進行MHC-I分子類型鑒定，腫瘤患者分型為：HLA-A等位基因、HLA-B等位基因、HLA-C等位基因；

（4）基于HLA等位基因，使用pVACtools軟件，通過多種預測算法預測與等位基因結合的多肽，將不同算法得到的結果中值作為MHC-I結合親和力水平，將MHC-I結合親和力水平計為IC50，將預測的親和力水平IC50小于50nM的作為高親和力新抗原。

2.根據權利要求1所述的腫瘤高親和力新抗原的篩選方法，其特征在于，所述步驟（2）采用Mutect、Varscan、CNVnator軟件檢測綜合檢測腫瘤患者的體細胞突變。

3.根據權利要求2所述的腫瘤高親和力新抗原的篩選方法，其特征在于，所述Mutect軟件用于檢測體細胞單核苷酸變異，所述Varscan軟件用于檢測Indel變異，所述CNVnator軟件用于檢測拷貝數變異。

4.根據權利要求1所述的腫瘤高親和力新抗原的篩選方法，其特征在于，所述基于HLA等位基因，使用的為pVACtools軟件的pVACseq模塊。

5.根據權利要求1所述的腫瘤高親和力新抗原的篩選方法，其特征在于，所述預測算法分別為NetMHCpan、NetMHC、NetMHCcons、PickPocket、SMM、SMMPMBEC、MHCflurry和MHCnuggets。

6.根據權利要求1所述的腫瘤高親和力新抗原的篩選方法，其特征在于，所述腫瘤組織WES和RNA-seq測序通過illumina高通量測序平臺完成。

7.根據權利要求1所述的腫瘤高親和力新抗原的篩選方法，其特征在于，所述高親和力新抗原數量與HCC患者五年生存期呈正相關。

8.根據權利要求1~7任一所述的腫瘤高親和力新抗原的篩選方法在指示肝癌患者PD-1治療預后療效中的應用。

9.根據權利要求8所述的應用，其特征在于，總結腫瘤患者的高親和力新抗原的數量，以16為臨界值，將腫瘤患者分為HAN-high組、HAN-low組，所述HAN-high組高親和力新抗原數量大于等于16，所述HAN-low組高親和力新抗原數量小于16。

10.根據權利要求8所述的應用，其特征在于，所述HAN-high組更受益于PD-1的治療，所述高親和力新抗原數量可作為預測HCC患者生存和指導PD-1用藥的新指標。