[發(fā)明專利]一種用于高通量靶向測(cè)序檢測(cè)腫瘤突變負(fù)荷的基因組合、檢測(cè)裝置、檢測(cè)試劑盒及應(yīng)用

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• 申請(qǐng)日: 2020-11-26
• 公開（公告）號(hào): CN114540488A
• 公開（公告）日: 2022-05-27
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 屈紫薇;白健;王寅;吳書昌;吳琳
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 福建和瑞基因科技有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6886
• 分類號(hào): C12Q1/6886;C12Q1/6869;C12N15/11
• 代理公司: 北京超凡宏宇專利代理事務(wù)所(特殊普通合伙) 11463
• 代理人: 張金銘

本發(fā)明涉及醫(yī)學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，提供了一種用于高通量靶向測(cè)序檢測(cè)腫瘤突變負(fù)荷的基因組合、檢測(cè)裝置、檢測(cè)試劑盒及應(yīng)用，所述基因組合包含633個(gè)基因，應(yīng)用上述基因組合進(jìn)行腫瘤突變負(fù)荷檢測(cè)方法，以及應(yīng)用該方法進(jìn)行腫瘤突變負(fù)荷檢測(cè)的裝置，與現(xiàn)有技術(shù)中應(yīng)用的全外顯子檢測(cè)以及現(xiàn)有的panel基因組檢測(cè)相比，實(shí)現(xiàn)高效、準(zhǔn)確的腫瘤突變負(fù)荷檢測(cè)，本發(fā)明還提供了高通量靶向腫瘤突變負(fù)荷檢測(cè)試劑盒，包括上述基因組合進(jìn)行檢測(cè)的探針和/或引物，能夠用于評(píng)價(jià)癌癥治療產(chǎn)品的治療效果，為癌癥治療產(chǎn)品的改進(jìn)提供了依據(jù)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及醫(yī)學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體而言，涉及一種用于高通量靶向測(cè)序檢測(cè)腫瘤突變負(fù)荷的基因組合、檢測(cè)裝置、檢測(cè)試劑盒及應(yīng)用。

背景技術(shù)

近些年來(lái)針對(duì)癌癥的免疫治療飛速發(fā)展，已有越來(lái)越多針對(duì)免疫檢查點(diǎn)的藥物開發(fā)上市。免疫檢查點(diǎn)抑制劑利用癌癥患者自身的免疫系統(tǒng)來(lái)對(duì)抗癌細(xì)胞，在肺癌，頭頸癌，黑色素瘤等癌種的治療中能給一部分患者帶來(lái)長(zhǎng)效穩(wěn)定的治療效果，但不是所有患者都能受益。

有研究發(fā)現(xiàn)，患者癌組織中的高突變數(shù)目與免疫反應(yīng)呈正相關(guān)。同樣的，各免疫檢查點(diǎn)抑制劑的臨床試驗(yàn)中也發(fā)現(xiàn)，具有較高突變數(shù)目的患者用藥預(yù)后較好。TMB(腫瘤突變負(fù)荷)是目前用來(lái)評(píng)估腫瘤突變水平的指標(biāo)，一般用WES(全外顯子測(cè)序)的方法對(duì)腫瘤組織和對(duì)照樣本進(jìn)行檢測(cè)，分析統(tǒng)計(jì)基因組上所有外顯子的體細(xì)胞的非同義突變數(shù)目，再除以全外顯子的長(zhǎng)度(突變位點(diǎn)數(shù)/MB)。TMB已成為免疫治療療效的重要生物標(biāo)志物。例如2018年針對(duì)晚期非小細(xì)胞肺癌的CheckMate227臨床研究顯示，當(dāng) TMB≥10mut/Mb時(shí)，使用納武單抗加低劑量伊匹單抗的一年無(wú)進(jìn)展生存率，明顯高于鉑類雙聯(lián)化療(42.6％vs 13.2％)，無(wú)進(jìn)展生存期也顯著延長(zhǎng)(7.2月vs 5.4月)。目前， NCCN的非小細(xì)胞肺癌治療指南推薦需要納武單抗等免疫治療的患者檢測(cè)TMB。越來(lái)越多的免疫藥物開發(fā)和研究的臨床試驗(yàn)也將TMB的檢測(cè)作為患者入組的一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)。

但由于WES的檢測(cè)費(fèi)用高，耗時(shí)長(zhǎng)，臨床轉(zhuǎn)化率低，有研究或公司用目標(biāo)區(qū)域基因panel代替WES來(lái)對(duì)TMB進(jìn)行評(píng)估。例如2017年，F(xiàn)DA批準(zhǔn)的FoundationOneCDx 基因檢測(cè)試劑盒用此方法測(cè)量TMB。FoundationOneCDx試劑盒只對(duì)腫瘤樣本測(cè)序，然后通過(guò)統(tǒng)計(jì)方法和人群數(shù)據(jù)庫(kù)信息在基因突變中確定胚系突變并過(guò)濾。 FoundationOneCDx試劑盒只覆蓋0.79MB的外顯子區(qū)域，而且僅能通過(guò)預(yù)測(cè)的方式進(jìn)行胚系過(guò)濾。FDA在2020年批準(zhǔn)的PGDxelio^TM tissue complete試劑盒也使用的單樣本檢測(cè)方法，用1.3MB的目標(biāo)區(qū)計(jì)算TMB。其他市場(chǎng)上各種基因panel的目標(biāo)區(qū)域各不相同，計(jì)算TMB的方法也各不相同，與WES檢測(cè)的一致性不能保證，需要一種能夠使用基因panel準(zhǔn)確檢測(cè)TMB的方法。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于，提供了一種用于高通量靶向測(cè)序檢測(cè)腫瘤突變負(fù)荷的基因組合，以及采用該基因組合進(jìn)行腫瘤突變負(fù)荷檢測(cè)的方法，該方法能夠?qū)崿F(xiàn)有無(wú)配對(duì)樣本均可準(zhǔn)確檢測(cè)TMB水平，并達(dá)到與全外顯子(WES)檢測(cè)TMB近似的準(zhǔn)確度。

本發(fā)明的另一個(gè)目的在于，提供一種高通量靶向腫瘤突變負(fù)荷的檢測(cè)裝置，該檢測(cè)裝置使用上述的基因組合及檢測(cè)方法，實(shí)現(xiàn)高效、準(zhǔn)確的腫瘤突變負(fù)荷檢測(cè)。

本發(fā)明還有一個(gè)目的在于，提供一種高通量靶向腫瘤突變負(fù)荷檢測(cè)試劑盒，該試劑盒包括上述基因組合進(jìn)行檢測(cè)的探針和/或引物，能夠用于評(píng)價(jià)癌癥治療產(chǎn)品的治療效果。

本發(fā)明的實(shí)施例可以這樣實(shí)現(xiàn)：

第一方面，本發(fā)明實(shí)施例提供一種用于高通量靶向測(cè)序檢測(cè)腫瘤突變負(fù)荷的基因組合，所述基因組合包括以下基因：