[發明專利]一種用于高通量靶向測序檢測腫瘤突變負荷的基因組合、檢測裝置、檢測試劑盒及應用

在審

• 申請號: 202011356710.X
• 申請日: 2020-11-26
• 公開（公告）號: CN114540488A
• 公開（公告）日: 2022-05-27
• 發明（設計）人: 屈紫薇;白健;王寅;吳書昌;吳琳
• 申請（專利權）人: 福建和瑞基因科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6869;C12N15/11
• 代理公司: 北京超凡宏宇專利代理事務所(特殊普通合伙) 11463
• 代理人: 張金銘

1.一種用于高通量靶向測序檢測腫瘤突變負荷的基因組合，其特征在于，所述基因組合包括以下基因：

2.采用權利要求1所述的基因組合進行腫瘤突變負荷檢測的方法，其特征在于，所述方法包括，對腫瘤基因樣本中包含的權利要求1所述基因組合進行測序并統計突變位點數量及各突變位點的突變頻率，根據腫瘤突變負荷＝腫瘤基因樣本突變數量/基因組合區域堿基百萬數，來計算腫瘤突變負荷。

3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述突變位點數量包括，單堿基突變數量和插入缺失突變數量；

優選地，所述突變位點數量去除oncokb中收錄的熱點突變位點數量。

4.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，在統計突變位點數量之前，還包括對腫瘤樣本基因的測序結果進行預處理；

優選地，所述預處理的方法包括對測序結果進行質控處理和/或去重處理；

優選地，采用fastp對所述測序結果進行質控處理；

優選地，采用bwa將測序結果與參考基因組比對，并使用gencore對測序結果進行去重處理；

優選地，采用bwa將質控處理后的測序結果與參考基因組比對，并使用gencore對質控處理后的測序結果進行去重處理。

5.根據權利要求2～4任一項所述的方法，其特征在于，所述統計突變位點數量的方法包括利用基因組合變異檢測工具對測序結果進行突變位點檢測；

優選地，所述基因組合變異檢測工具包括GATK的HaplotypeCaller或UnifiedGenotyper工具。

6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，統計突變位點數量后還包括突變位點的過濾步驟；

優選地，所述過濾步驟包括去除腫瘤基因樣本中與正常配對基因樣本相同的突變位點；

優選地，所述過濾步驟包括去除腫瘤基因樣本中與檢測實施方自行構建的陰性池相同的突變位點；

優選地，所述陰性池包括來源于健康人白細胞的基因樣本；

優選地，所述過濾步驟包括去除腫瘤基因樣本中含有的千人基因組數據庫中人群頻率大于0.003的突變位點；

優選地，所述過濾步驟包括去除腫瘤基因樣本中含有的胚系數據庫位點；

優選地，所述胚系數據庫包括dbSNP、dbSNPcommon、COSMIC中的一種或兩種以上組合。

7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，所述突變位點過濾步驟完成后還包括突變位點的校正步驟；

優選地，所述校正步驟包括去除腫瘤基因樣本中突變頻率在0.4～0.75或0.9～1范圍內的突變位點；

優選地，所述校正步驟包括，將突變頻率按照與0.5或1的距離由小到大排列，去除前9個突變位點。

8.一種高通量靶向腫瘤突變負荷的檢測裝置，其特征在于，所述檢測裝置包括：

測序模塊，用于獲取待測基因樣本，然后對基因樣本在權利要求1所述基因組合的區域進行高通量測序，并收集測序結果；

統計模塊，用于統計測序結果中的突變位點數量及各突變位點的突變頻率；

分析模塊，用于計算計算腫瘤突變負荷；

優選地，所述測序模塊還用于對測序結果進行質控處理和/或去重處理；

優選地，所述分析模塊還用于對突變位點進行過濾和/或校正。

9.一種高通量靶向腫瘤突變負荷的檢測試劑盒，其特征在于，所述檢測試劑盒包括對權利要求1所述基因組合進行檢測的探針和/或引物。

10.權利要求9所述的檢測試劑盒在評價癌癥治療產品的治療效果中的應用；

優選地，所述癌癥治療產品包括免疫治療藥物；

優選地，所述癌癥包括肺癌、肝癌、乳腺癌、宮頸癌、卵巢癌、前列腺癌、黑色素瘤、消化道癌、胰腺癌、頭頸癌或泌尿系統腫瘤。