[發明專利]一種確定文庫擴增循環數的方法

在審

• 申請號: 202011317692.4
• 申請日: 2020-11-23
• 公開（公告）號: CN112410406A
• 公開（公告）日: 2021-02-26
• 發明（設計）人: 楚玉星;楊玲;王一茜;王珺;洪立梅;吳善旋;李奇
• 申請（專利權）人: 深圳基因家科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6851
• 分類號: C12Q1/6851;C40B50/06;C12Q1/6806
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司 44281
• 代理人: 周建軍;郭燕

一種確定文庫擴增循環數的方法，包括：在文庫擴增之前，預先對待測樣本進行實時熒光定量PCR檢測，獲得待測樣本的實時熒光定量PCR檢測CT值，根據所述CT值確定后續文庫擴增所需的循環數。通過在文庫擴增前對待測樣本進行實時熒光定量PCR，獲得實時熒光定量PCR檢測CT值，依據該CT值確定后續文庫擴增的循環數，有效避免循環數不足導致文庫無法上機，或者循環數偏高導致的基因漏檢，為后續的上機測序提供定量參考數據。

技術領域

本發明涉及基因測序技術領域，具體涉及一種確定文庫擴增循環數的方法。

背景技術

近年來，由于二代高通量測序的飛速發展，測序費用大幅下降，越來越多的研究人員借助此技術對基因組、轉錄組、蛋白質組進行深入分析。高通量RNA測序(RNAsequencing，RNA-seq)，即是用高通量測序技術，對mRNA、LncRNA、miRNA等RNA進行測序分析。RNA-seq能夠從整體水平研究基因功能和結構，解釋特定生物學過程及疾病發生過程中的分子機制。

利用高通量測序技術對組織或細胞中RNA反轉錄而成的cDNA文庫進行測序，通過生物信息學分析可計算不同RNA的表達量、發現新的轉錄本、進行轉錄本定位、分析可變剪切、檢測融合基因等

福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織是應用最廣泛的臨床標本之一，它們為RNA-seq提供了大量的資源，將大大增強基于人群的癌癥研究。為更深入的研究腫瘤生物標志物提供了重要的機會，目前收到的樣本其來源及保存條件難以控制，導致獲得的RNA質量參差不齊，以mRNA建庫為例，在rRNA去除、mRNA逆轉錄后無法確定真實的可擴增模板數，無法確定合適的PCR循環數(cycle)。

發明內容

本發明提供一種評估擴增產物循環數的方法。

根據第一方面，一種實施例中提供一種確定文庫擴增循環數的方法，包括：在文庫擴增之前，預先對待測樣本進行實時熒光定量PCR檢測，獲得待測樣本的實時熒光定量PCR檢測CT值，根據所述CT值確定后續文庫擴增所需的循環數。

根據第二方面，一種實施例中提供一種建庫方法，包括對RNA樣本進行前處理，得到待測樣本，然后采用第一方面所述方法進行實時熒光定量PCR檢測，獲得實時熒光定量PCR檢測CT值，根據所述CT值確定后續文庫擴增所需的循環數，再按照所述循環數進行文庫擴增，得到可用于上機測序的文庫。

依據上述實施例的確定文庫擴增循環數的方法，通過在文庫擴增前對待測樣本進行實時熒光定量PCR，獲得實時熒光定量PCR檢測CT值，依據該CT值確定后續文庫擴增的循環數，有效避免循環數不足導致文庫無法上機，或者循環數偏高導致的基因漏檢，為后續的上機測序提供定量參考數據。

附圖說明

圖1顯示為實施例1的qPCR反應程序設置示意圖。

具體實施方式

下面通過具體實施方式結合附圖對本發明作進一步詳細說明。其中不同實施方式中類似元件采用了相關聯的類似的元件標號。在以下的實施方式中，很多細節描述是為了使得本申請能被更好的理解。然而，本領域技術人員可以毫不費力的認識到，其中部分特征在不同情況下是可以省略的，或者可以由其他元件、材料、方法所替代。在某些情況下，本申請相關的一些操作并沒有在說明書中顯示或者描述，這是為了避免本申請的核心部分被過多的描述所淹沒，而對于本領域技術人員而言，詳細描述這些相關操作并不是必要的，他們根據說明書中的描述以及本領域的一般技術知識即可完整了解相關操作。

另外，說明書中所描述的特點、操作或者特征可以以任意適當的方式結合形成各種實施方式。同時，方法描述中的各步驟或者動作也可以按照本領域技術人員所能顯而易見的方式進行順序調換或調整。因此，說明書和附圖中的各種順序只是為了清楚描述某一個實施例，并不意味著是必須的順序，除非另有說明其中某個順序是必須遵循的。