[發(fā)明專利]一種通過指尖血評估生育力相關(guān)基因的檢測方法及系統(tǒng)

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• 申請?zhí)枺?/td>: 202011315201.2
• 申請日: 2020-11-20
• 公開（公告）號: CN112375819A
• 公開（公告）日: 2021-02-19
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 龔航;陳家生
• 申請（專利權(quán)）人: 和卓生物科技（上海）有限公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883
• 代理公司: 上海百一領(lǐng)御專利代理事務(wù)所(普通合伙) 31243
• 代理人: 馬育麟

1.一種通過指尖血評估生育力相關(guān)基因的檢測方法，其特征在于，所述的檢測方法包括：

獲取指尖血樣，所述的指尖血樣包括至少一個(gè)由20-50微升血樣形成的干血斑；

采用磁珠法抽提干血斑核酸；

對所抽提的核酸進(jìn)行定量、打斷并構(gòu)建文庫，對所構(gòu)建文庫質(zhì)控分析插入片段分布情況，所述的插入片段呈正態(tài)分布，峰值在320bp-380bp之間；

使用識別生育力相關(guān)基因的探針進(jìn)行檢測，所述的探針的覆蓋度不小于100％；

測序數(shù)據(jù)獲得后，對數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控和低質(zhì)量過濾，與人類參考基因組比對并進(jìn)行SNP分型；

通過常用數(shù)據(jù)庫和/或工具對變異進(jìn)行注釋，與公共數(shù)據(jù)庫以及自有數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對，形成檢測分析報(bào)告；

使用流程跟蹤模塊跟蹤每一個(gè)檢測步驟直至形成檢測報(bào)告。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測方法，其特征在于，所述的獲取指尖血樣是使用采血針獲取20-50微升血樣。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測方法，其特征在于，所述的構(gòu)建文庫包括以下步驟：

S1、對基因組DNA片段進(jìn)行末端修復(fù)，并在3’端添加腺嘌呤核糖核苷酸；

S2、連接基因組DNA片段的接頭并且純化基因組DNA片段；

S3、文庫預(yù)擴(kuò)增；

S4、探針過夜雜交，所述的探針包含識別生育力相關(guān)基因的核酸。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測方法，其特征在于，所述的使用識別生育力相關(guān)基因的探針進(jìn)行檢測包括以下步驟：

磁珠與識別生育力相關(guān)基因的探針結(jié)合；

將結(jié)合有識別生育力相關(guān)基因的探針的磁珠與構(gòu)建的文庫孵育，漂洗以去除非特異結(jié)合的文庫。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測方法，其特征在于，所述的人類參考基因組是hg19基因組。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測方法，其特征在于，所述的方法中，使用fastp軟件對數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控和低質(zhì)量過濾，通過BWA-mem算法進(jìn)行人類參考基因組比對，通過GATK軟件進(jìn)行SNP分型。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測方法，其特征在于，所述的檢測方法中，通過Clinvar、OMIM和/或HGMD數(shù)據(jù)庫對變異進(jìn)行注釋。

8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測方法，其特征在于，變異致病性判讀參考為美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)指南，

對于單個(gè)變異位點(diǎn)的判讀包括搜集致病性證據(jù)和良性證據(jù)，以及根據(jù)所獲得的證據(jù)，按照美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)指南對位點(diǎn)的致病性做出分類；所述的致病性證據(jù)和/或良性證據(jù)包括極強(qiáng)的致病證據(jù)、強(qiáng)烈的致病證據(jù)、較強(qiáng)的致病證據(jù)、支持致病證據(jù)、極強(qiáng)的良性證據(jù)、強(qiáng)力良性證據(jù)和/或支持良性證據(jù)，變異的種類包括已知致病變異、疑似致病變異、已知良性變異、疑似良性變異和/或臨床意義未明變異；

判定標(biāo)準(zhǔn)包括但不限于：

公共數(shù)據(jù)庫包含ExAC、1000G、EVS數(shù)據(jù)庫，變異通過其在對照人群或自然人群中的頻率評估變異的致病性；

患者表型是否與基因變異的臨床特征是否一致；

遺傳模式參考OMIM的Inheritance；

文獻(xiàn)致病性查詢所使用的搜索引擎包括Clinvar數(shù)據(jù)庫、HGMD數(shù)據(jù)庫、谷歌學(xué)術(shù)搜索；和/或

計(jì)算機(jī)預(yù)測軟件，所述的使用計(jì)算機(jī)預(yù)測軟件判斷包括但不限于：使用fastp軟件對數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控和低質(zhì)量過濾，通過BWA-mem算法進(jìn)行人類參考基因組比對，通過GATK軟件進(jìn)行SNP分型，通過Clinvar、OMIM和/或HGMD數(shù)據(jù)庫對變異進(jìn)行注釋。

9.根據(jù)權(quán)利要求1至8之一所述的檢測方法，其特征在于，所述的獲取指尖血樣是通過干紙片法收集指尖血樣，然后將指尖血樣運(yùn)輸至基因檢測系統(tǒng)。