[發明專利]消除PCR熒光基線期波動的方法

在審

• 申請號: 202011310533.1
• 申請日: 2020-11-20
• 公開（公告）號: CN112331266A
• 公開（公告）日: 2021-02-05
• 發明（設計）人: 付坤明;劉聰;王超;侯劍平;劉耀基;李振坤;包瑞飛;張棟
• 申請（專利權）人: 安圖實驗儀器（鄭州）有限公司
• 主分類號: G16B25/20
• 分類號: G16B25/20;G16B40/10
• 代理公司: 鄭州異開專利事務所(普通合伙) 41114
• 代理人: 韓華

本發明公開了一種消除PCR熒光基線期波動的方法，包含下述步驟：1，在實時熒光定量PCR反應中，采集熒光信號數據集，數據集包含多個數據點；將每個所述數據點與設定的順序號一一對應，使得每一個數據點分別對應平面坐標系中的一個坐標點（x，y），其中，x值表示實時熒光PCR循環數，y值表示測得的熒光信號值，所述熒光信號值包含發光值、吸光度；2，通過使用數據擬合方法應用于函數模型，計算求出函數模型中的參數值a,b,c,d,e；3，對所述函數表達式進行處理，求出熒光信號值達到指數擴增時的循環周期數Ct值。本發明解決了聚合酶鏈式反應測光過程中熒光波動引起的數據不準確，為后續計算提供了準確、科學數據。

技術領域

本發明涉及聚合酶鏈式反應中放大擴增特定DNA片段的分子生物領域，尤其是涉及消除PCR熒光基線期波動的方法。

背景技術

眾所周知，PCR（聚合酶鏈式反應，簡稱PCR）擴增中熒光信號因受到各種因素影響，最終得到的擴增數據不準確，PCR擴增曲線不平滑，給后續數據計算的準確性帶來很大誤差。

發明內容

本發明目的在于提供一種消除PCR熒光基線期波動的方法，對擴增曲線進行擬合標準化，實現提高后續計算的準確度。

為實現上述目的，本發明采取下述技術方案：

本發明所述消除PCR熒光基線期波動的方法，包含下述步驟：

步驟1，在實時熒光定量PCR反應中，采集熒光信號數據集，所述數據集包含多個數據點；將每個所述數據點與設定的順序號一一對應，使得每一個數據點分別對應平面坐標系中的一個坐標點（x，y），其中，x值表示實時熒光PCR循環數，y值表示測得的熒光信號值，所述熒光信號值包含發光值、吸光度；

步驟2，通過使用數據擬合方法應用于函數模型，計算求出函數模型中的參數值a,b,c,d,e，得到函數表達式如下：

；

步驟3，對所述函數表達式進行處理，求出熒光信號值達到指數擴增時的循環周期數Ct值。

優選地，所述數據擬合步驟為：

步驟2.1，設置初始值：

a選取所述數據集中的第一個y值；

b選取1；

c選取數據集中x值的中位數或均值或最小數或最大數；

d選取數據集中最后一個y值；

e 選擇1。

步驟2.2，設置搜索方向：

采用最速下降法、Gauss-NewTon法、Levenberg-Marquardt法、約束優化的搜索方法等方法中任意一種；

步驟2.3，終止條件：包含迭代的次數、誤差和的限值、兩次相鄰迭代系數最大差值限值等條件中的一個或者多個。

優選地，計算所述Ct值的方法為：將y值設為任意熒光信號水平（AFI）時，帶入所述函數表達式，根據函數求根方法計算所得x值即為Ct值。

本發明解決了聚合酶鏈式反應測光過程中熒光波動引起的數據不準確，為后續計算提供了準確、科學數據。同時，本方法函數模型系數較少，更容易實現，適用擴增曲線線型范圍廣。

附圖說明

圖1是本發明的流程框圖。

圖2是本發明數據擬合的流程框圖。

圖3是本發明實施例采集到的熒光信號數據集的示意圖。

圖4是本發明實施例使用函數表達式繪制的示意圖。

具體實施方式