[發明專利]結核分枝桿菌的分子分型方法

有效

• 申請號: 202011302347.3
• 申請日: 2020-11-19
• 公開（公告）號: CN112501321B
• 公開（公告）日: 2022-07-15
• 發明（設計）人: 夏子涵;許曄;李慶閣
• 申請（專利權）人: 廈門大學
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12Q1/686;C12Q1/04;C12N15/11;C12R1/32
• 代理公司: 中國貿促會專利商標事務所有限公司 11038
• 代理人: 張小勇

1.一種結核分枝桿菌的分型方法在制備用于對結核分枝桿菌進行分型的試劑盒中的用途，所述方法包括：

提取標本中結核分枝桿菌的核酸；

確定結核分枝桿菌的核酸中VNTR位點的拷貝數；以及

根據所確定的VNTR位點的拷貝數對標本中結核分枝桿菌進行分型；

其中通過基于9個VNTR位點的多重PCR分組檢測方案確定各VNTR位點的拷貝數，所述分組檢測方案為：MIRU26-Mtub04為第一組；Mtub21-VNTR2372為第二組；QUB11b-QUB26為第三組；MIRU31-MIRU40-QUB18為第四組。

2.根據權利要求1所述的用途，其中在確定結核分枝桿菌的核酸中VNTR位點的拷貝數之前對標本進行預處理，以確定和/或調整標本中結核分枝桿菌的濃度。

3.根據權利要求1或2所述的用途，其中通過PCR確定結核分枝桿菌的核酸中VNTR位點的拷貝數。

4.根據權利要求3所述的用途，其中使用瓊脂糖凝膠電泳或毛細管電泳檢測PCR產物。

5.根據權利要求4所述的用途，其中在Qsep100/400全自動核酸蛋白分析系統中，針對9個VNTR位點的DNA分子量標志物在100-2000bp范圍內設置指示帶的數量，在450bp以下每隔1/2-1個重復單元設置一條指示帶，在450-1000bp范圍內每隔1-2個重復單元設置一條指示帶，在1000-2000bp每隔3-5個或4-6個或3-8個或3個或4個或5個或6個或7個或8個重復單元設置一條指示帶。

6.根據權利要求1或2所述的用途，其中進一步包括確定結核分枝桿菌的核酸中另外三個VNTR位點的拷貝數，所述三個VNTR位點選自VNTR3820、VNTR4120和QUB3232。

7.根據權利要求6所述的用途，其中在Qsep100/400全自動核酸蛋白分析系統中，針對另外三個VNTR位點的DNA分子量標志物在300-2000bp范圍內設置指示帶的數量，在1000bp以下每隔1個重復單元的長度設置一條指示帶，在1000-2000bp間隔2-4個或2-6個或2個或3個或4個或5個或6個重復單元設置一條指示帶。

8.根據權利要求1或2所述的用途，其中所使用的引物包括：

9.根據權利要求8所述的用途，其中所使用的引物還包括：

10.根據權利要求1或2所述的用途，其中預處理所使用的引物包括：

所使用的探針包括：

MIRU-gyrB-P FAM-5′-TCTGCACGGCGTCGGCGTGTCGGT-BHQ1

IC-P HEX-5′-CGCTGCCGATATAGGTCACAGC-BHQ1。

11.結核分枝桿菌分型引物組，其包括以下引物：

12.根據權利要求11所述的引物組，其還包括：

13.根據權利要求11或12所述的引物組在制備用于對結核分枝桿菌進行分型的試劑盒中的用途。

14.用于對結核分枝桿菌進行分型的試劑盒，其包括根據權利要求11或12所述的引物組。

15.根據權利要求14所述的試劑盒，其進一步包括：

MIRU-gyrB-P FAM-5′-TCTGCACGGCGTCGGCGTGTCGGT-BHQ1

IC-P HEX-5′-CGCTGCCGATATAGGTCACAGC-BHQ1。

16.根據權利要求14或15所述的試劑盒，其還包括Taq酶、PCR緩沖液和DNA分子量標志物。