[發明專利]一種擴增PKD1基因的引物組及試劑盒

有效

• 申請號: 202011294989.3
• 申請日: 2020-11-18
• 公開（公告）號: CN112195238B
• 公開（公告）日: 2023-01-13
• 發明（設計）人: 楊敬敏;朱學萍;王彬;唐嘉婕;高鵬飛;林健
• 申請（專利權）人: 上海韋翰斯生物醫藥科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12Q1/6869;C12N15/11
• 代理公司: 上海光華專利事務所(普通合伙) 31219
• 代理人: 許亦琳;余明偉

1.一種用于二代高通量測序中擴增PKD1基因的長片段PCR引物組，其特征在于，所述長片段PCR引物組包括以下引物對：

1)第一引物對：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的上游引物與核苷酸序列如SEQID NO:2所示的下游引物；

2)第二引物對：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示的上游引物與核苷酸序列SEQ IDNO:4所示的下游引物；

3)第三引物對：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示的上游引物與核苷酸序列SEQ IDNO:6所示的下游引物；

4)第四引物對：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:7所示的上游引物和核苷酸序列如SEQID NO:8所示的下游引物。

2.根據權利要求1所述的PCR引物組，其特征在于，所述PCR引物組還包括以下特征中的一項或幾項：

1)第一引物對擴增的區域中包括PKD1基因24-46號外顯子；

2)第二引物對擴增的區域中包括PKD1基因15-33號外顯子；

3)第三引物對擴增的區域中包括PKD1基因2-15號外顯子；

4)所述第四引物對擴增的區域中包括PKD1基因1號外顯子。

3.根據權利要求1所述的PCR引物組，其特征在于，所述PKD1基因為人PKD1基因。

4.用于擴增PKD1基因的擴增體系，其特征在于，所述擴增體系包括第一擴增體系、第二擴增體系、第三擴增體系和第四擴增體系，所述第一擴增體系包括所述第一引物對，第二擴增體系包括所述第二引物對，第三擴增體系包括所述第三引物對，第四擴增體系包括所述第四引物對，其中：

1)第一引物對：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的上游引物與核苷酸序列如SEQID NO:2所示的下游引物；

2)第二引物對：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示的上游引物與核苷酸序列SEQ IDNO:4所示的下游引物；

3)第三引物對：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示的上游引物與核苷酸序列SEQ IDNO:6所示的下游引物；

4)第四引物對：包括核苷酸序列如SEQ ID NO:7所示的上游引物和核苷酸序列如SEQID NO:8所示的下游引物。

5.根據權利要求4所述的擴增體系，其特征在于，所述擴增體系還包括以下特征中的一項或幾項：

1)所述第四擴增體系包括下述成分：總量為50～150ng的DNA模板、終濃度為150～300nM的第四引物對、酶活總量為0.5～2.5U的DNA聚合酶、終濃度為400～500μM的dNTP混合物；

2)所述第一擴增體系、第二擴增體系、第三擴增體系包括下述成分：總量為50～200ng的DNA模板、終濃度為150～300nM的第一、第二或第三引物對、酶活總量為0.5～2.5U的DNA聚合酶、終濃度為400～500μM的dNTP混合物。

6.一種用于擴增PKD1基因的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括權利要求1-3任一所述的PCR引物組。

7.根據權利要求6所述的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒還包括用于從樣品中提取基因組DNA的試劑，以及利用所述引物組進行長片段PCR反應的試劑。

8.根據權利要求6所述的試劑盒，其特征在于，利用所述引物進行長片段PCR反應的試劑包括DNA聚合酶、PCR緩沖液、dNTP混合物和水性介質。

9.權利要求1-3任一所述的擴增PKD1基因的PCR引物組和/或權利要求4-5任一所述的擴增體系在制備檢測PKD1基因變異產品中的用途。

10.根據權利要求9所述的用途，其特征在于，所述檢測PKD1基因變異產品用于檢測PKD1基因的變異、多囊腎發病原因的判斷、治療方案的選擇、和/或指導優生優育。

11.一種非診斷目的的體外檢測PKD1基因突變的方法，其特征在于，所述方法包括以下步驟：

1)配制權利要求4或5所述的用于擴增PKD1基因的擴增體系，進行PCR擴增；

2)將PCR擴增產物依次進行文庫構建、高通量測序；

3)數據質控及分析：將測序得到的PKD1基因序列與PKD1假基因位點數據庫比較；若數據中無假基因污染，則進行PKD1真基因變異檢測；若數據中有假基因污染，則證明擴增體系不合格，排查原因后重新擴增。