[發明專利]二倍體簇毛麥3V染色體特異KASP標記檢測用引物、檢測方法及應用

有效

• 申請號: 202011257033.6
• 申請日: 2020-11-11
• 公開（公告）號: CN112410451B
• 公開（公告）日: 2023-06-09
• 發明（設計）人: 鄧光兵;龍海;張潔;蔣云;王穎;郭元林
• 申請（專利權）人: 中國科學院成都生物研究所;四川省農業科學院生物技術核技術研究所;中玉金標記（北京）生物技術股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京正華智誠專利代理事務所(普通合伙) 11870
• 代理人: 李林合

本發明公開了一種二倍體簇毛麥3V染色體特異KASP標記檢測用引物、檢測方法及應用，所述簇毛麥3V染色體特異KASP標記檢測用引物的核苷酸序列為：F1:5’?GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGAGCAGGCTGTCGAAGCTA?3’；F2:5’?GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGAGCAGGCTGT

CGAAGCTC?3’；R:5’?TGGAGCACGAGGGTGTGA?3’。利用本發明的標記可高效在普通小麥CS背景中檢測到簇毛麥3V染色體，為將3V染色體上的優良性狀應用于小麥育種中提供了基礎。

技術領域

本發明屬于分子生物學技術領域，具體涉及一種二倍體簇毛麥3V染色體特異KASP標記檢測用引物、檢測方法及應用。

背景技術

SNP(single?nucleotide?polymorphism，單核苷酸多態性)是指基因組DNA序列上單個堿基的變異所引起的DNA序列多態性，這種變異主要是由單個堿基的轉換、顛換所致，數量極多、多態性豐富、具二態性、易于檢測和統計、可實現高通量自動化操作檢測。隨著二代測序(NGS,next?generation?sequencing)技術的成熟，SNP的開發和檢測變得越來越容易，也因此SNP分子標記已快速應用到各個生物研究領域，被視為最重要、最有應用前景的一種標記。競爭性等位基因特異性PCR(KASP,kompetitive?allele?specific?PCR)技術是由英國LGC公司開發的新一代高通量自動化SNP檢測技術，現已成為國際上SNP分型以及插入缺失變異(InDel,Insertion?or?Deletion)檢測的主要方法之一。相較于傳統的基于PCR的分子標記檢測技術以及其他SNP分子標記檢測技術，KASP技術只需合成兩個帶有不同顏色的熒光基團和雙鏈通用的探針，不需要針對每個SNP位點分別設計熒光探針，具有高通量、準確、省時、便捷、低成本的特點，實現了更加靈活的檢測。目前，已成功用于包含小麥、水稻、玉米等大宗糧食作物在內的，超過100多個物種的基因分型、遺傳多樣性分析、指紋圖譜構建等方面。

一年生二倍體簇毛麥(2n＝14,VV)是小麥重要的近緣種屬，其1V-7V染色體上都攜帶多種抗性基因。其中，3V染色體上具有抗小麥全蝕病及眼斑病基因。同時，申請者發現，本實驗室保存的普通小麥中國春(CS)-一年生二倍體簇毛麥3V附加系具有優異的小麥條銹病抗性。為將簇毛麥3V染色體轉移到小麥遺傳背景中，并進一步在小麥遺傳改良中利用簇毛麥3V染色體的優異抗性，簇毛麥3V染色體的高通量鑒定與追蹤成為重要工作。

現有技術中利用RNA-seq測序結果，與小麥基因組數據庫進行比對，獲得檢測簇毛麥3V染色體特異的標記。但這些標記基于目標片段多態性設計而來，主要通過PCR和電泳進行檢測，耗時耗力。

發明內容

本發明的目的在于：提供一種二倍體簇毛麥3V染色體特異KASP標記檢測用引物、檢測方法及應用，為進一步在小麥遺傳改良中利用簇毛麥3V染色體的優異抗性提供了基礎。

本發明采用的技術方案如下：

一種二倍體簇毛麥3V染色體特異KASP標記檢測用引物，引物的核苷酸序列如下：

上游引物F1:5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGAGCAGGCTGTCGAAGCTA-3’；

上游引物F2:5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGAGCAGGCTGTCGAAGCTC-3’；

下游引物R:5’-TGGAGCACGAGGGTGTGA-3’。

采用上述引物檢測二倍體簇毛麥3V染色體的方法，包括步驟如下：

S1.提取待測植株的DNA；

S2.以待測植株的DNA為模板，利用權利要求1所述引物對其進行PCR擴增反應；

S3.KASP法檢測PCR擴增產物并分析。