[發明專利]一種區分克氏原螯蝦特定地理群體的SSR分子標記及其應用

有效

• 申請號: 202011234812.4
• 申請日: 2020-11-07
• 公開（公告）號: CN112210612B
• 公開（公告）日: 2022-04-12
• 發明（設計）人: 白旭峰;蓬國輝
• 申請（專利權）人: 華中農業大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 武漢宇晨專利事務所(普通合伙) 42001
• 代理人: 張紅兵

1.一種鑒定克氏原螯蝦特定地理群體基因型的SSR分子標記的方法，其特征在于，所述的方法包括以下步驟：

（1）分別提取來自中國重慶、宜昌、丹江口、監利、洪湖、洞庭湖-岳陽、洞庭湖-沅江、九江、安慶、巢湖、鄱陽湖、洪澤湖、太湖、微山湖14個地域群體的克氏原螯蝦基因組DNA，每個群體至少提取20尾克氏原螯蝦的基因組DNA；

（2）根據克氏原螯蝦基因組測序數據，設計正向引物PCM2076F 5’-ATGTTACATGTTGTCTCCACTCA-3’， 以及反向引物PCM2076R 5'-GGTGAGAATGGCAGAGGAAA-3’；

（3）對步驟（1）的克氏原螯蝦的DNA樣本進行PCR檢測，具體步驟為：

利用正向引物PCM2076F 5 '-ATGTTACATGTTGTCTCCACTCA- 3 '，和反向引物PCM2076R5 '-GGTGAGAATGGCAGAGGAAA-3 '擴增目的片段，該片段的核苷酸序列如序列表SEQ IDNO:3所示，該片段即為PCR產物，利用瓊脂糖電泳檢測目的片段是否被擴增出；

PCR檢測條件：95℃預變性３min；95℃變性30s；58℃退火30s；72℃延伸30s；35次循環后，在72℃再延伸７min；4℃保存；

（4）將擴增出的PCR產物用4%的PAGE膠進行電泳檢測，電泳膠板事先用0.2%的硝酸銀溶液進行染色，用含有0.5%甲醛溶液的0.5M氫氧化鈉溶液進行顯影、漂洗和晾干，對步驟（1）所述群體進行帶型統計分析；

（5）根據校測樣本在PCM2076位點是否含有等位基因A或等位基因B的個體鑒定為不同地域群體，來源于安徽安慶，江西九江和江西南昌市建新區南磯鄉鄱陽湖地域的三個地方的群體樣本在標記PCM2076位點含有A、B兩個等位基因，其中含有A等位基因個體占比超過35%，來源于長江流域其他10個地域群體與微山湖群體占比超過90%的樣本鑒定為等位基因B的純合基因型。