[發明專利]結內外周T細胞淋巴瘤相關基因的檢測試劑盒及建庫方法

在審

• 申請號: 202011214917.3
• 申請日: 2020-11-04
• 公開（公告）號: CN112430658A
• 公開（公告）日: 2021-03-02
• 發明（設計）人: 趙維蒞;紀濛濛;黃耀慧;付迪;熊慧;劉以哲;俞浩;崔帆
• 申請（專利權）人: 上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院;蘇州云泰生物醫藥科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6874;C40B50/06
• 代理公司: 北京和信華成知識產權代理事務所(普通合伙) 11390
• 代理人: 張永輝

本發明涉及基因突變檢測領域，具體講，涉及結內外周T細胞淋巴瘤相關基因檢測試劑盒及建庫方法。本發明的結內外周T細胞淋巴瘤相關基因的檢測試劑盒包括針對76個目的基因捕獲探針。本發明試劑盒采用液相捕獲進行文庫構建，具有文庫構建、覆蓋率高、比對率高、均一性好、操作簡單等優點。

技術領域

本發明涉及基因突變檢測領域，具體講，涉及結內外周T細胞淋巴瘤相關基因檢測試劑盒及建庫方法。

背景技術

淋巴瘤是起源于淋巴結和淋巴組織的血液系統惡性腫瘤，病理類型復雜，發病率高。傳統的淋巴瘤主要分為霍奇金淋巴瘤(Hodgkin’s lymphoma)和非霍奇金淋巴瘤(Non-Hodgkin’s lymphoma,NHL)兩大類，后者又可分為B細胞NHL和T細胞NHL等不同類別。外周T細胞淋巴瘤(PTCLs)起源于胸腺后成熟T細胞或NK/T細胞，具有高度異質性和侵襲性，其中最常見的原發結內T細胞淋巴瘤包括外周T細胞瘤非特指型(PTCL-NOS)、血管免疫母細胞型淋巴瘤(AITL)和間變性大細胞瘤(ALCL)，約占所有PTCLs病例的75％。亞洲地區PTCLs發病率占非霍奇金淋巴瘤的15％～22％，其發生比例高于歐美國家。結內PTCLs的診斷和分類具有挑戰性，2010年Iqbal J等對PTCLs進行基因表達譜分析，證實各類亞型間分子異質性明顯。通過基因表達譜可識別多個分子亞群，支持分子檢測作為PTCLs診斷的輔助工具。其中PTCL-NOS是一類排除其它T細胞淋巴瘤后的診斷疾病，在PTCL-NOS中通過基因表達情況可以將其進一步區分兩個主要的分子亞群，特征分別為GATA3和TBX21的高表達。國外研究報道結內PTCLs頻發基因突變，包括表觀遺傳調控基因(如TET2、DNMT3A、KMT2D、IDH2)、T細胞受體信號通路的基因(如RHOA、TNFAIP3、APC、CHD8)、腫瘤抑制因子(如TP53、ATM)等。其中TET2、DNMT3A、IDH2、RHOA基因突變多出現在具有濾泡性T細胞表型(TFH)的PTCL中，如AITL，具有一定輔助診斷價值。結合病理形態學、免疫表型、基因檢測等方式，PTCLs患者的診斷已得到很大提升。

對于PTCL患者預后評估主要基于臨床指標、免疫組化及細胞遺傳學異常，目前臨床上最常用的評分標準是國際預測評分IPI(International prognostic index，IPI)，包括年齡、疾病分期、乳酸脫氫酶、ECOG評分、結外累及5個指標，和改良國際預后指數NCCN-IPI。但因外周T細胞存在較高異質性，IPI評分仍無法滿足臨床需要。2004年Gallamini的提出的T細胞淋巴瘤預后評分(PIT)，包括年齡、乳酸脫氫酶、PS評分和骨髓受侵4個與臨床結局相關的危險因素，將危險分層分為三組，主要用于PTCL-NOS患者預后評估。但該分類也存在一定局限性，無法對亞組進行風險評分。若結合基因檢測對PTCLs進行更深入的分析，可進一步優化預后評估，如通過基因表達譜檢測，發現PTCL-NOS患者中GATA3高表達的患者預后較差。目前PTCLs的治療以傳統化療方案CHOP(環磷酰胺，阿霉素，長春新堿及潑尼松)治療為主，除了ALK+ALCL的預后較好，其他PTCLs亞型的療效均較差。雖然總有效率可達60％～70％，但5年生存率僅為25％～35％，無進展生存率更低。總體來說，PTCLs缺乏高效、特異、規范的治療手段。隨著對PTCLs分子遺傳學的認知不斷擴充，其發病機制的研究不斷深入，應用新型靶向藥物為PTCLs的治療提供了新的選擇。部分研究已取得了較好的效果，包括新型藥物的安全性、新藥與一線化療方案的聯合應用等。根據分子特異性，指導PTCLs個體化治療，有望改善PTCLs患者的預后。

目前國內PTCLs基因組學研究有限，且在較小樣本、不同人群中的基因檢測結果存在一定的差異性；基因檢測本身也存在一些局限性，其成本相對較高。如何將基因檢測更準確更經濟地應用于臨床，從而為PTCLs患者病理的診斷、預后的評估、治療方案的選擇提供依據，是對臨床醫生和研究者的挑戰。目前淋巴瘤靶向測序，尤其是深度靶向測序，敏感性高，可同時對數十個甚至數百個基因和/或拷貝數變異進行檢測。鑒于此，本發明提出一種基于靶向測序的PTCLs相關基因檢測試劑盒及擴增子文庫的構建方法。

發明內容