[發明專利]結內外周T細胞淋巴瘤相關基因的檢測試劑盒及建庫方法

在審

• 申請號: 202011214917.3
• 申請日: 2020-11-04
• 公開（公告）號: CN112430658A
• 公開（公告）日: 2021-03-02
• 發明（設計）人: 趙維蒞;紀濛濛;黃耀慧;付迪;熊慧;劉以哲;俞浩;崔帆
• 申請（專利權）人: 上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院;蘇州云泰生物醫藥科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6874;C40B50/06
• 代理公司: 北京和信華成知識產權代理事務所(普通合伙) 11390
• 代理人: 張永輝

1.一種結內外周T細胞淋巴瘤相關基因的檢測試劑盒，其特征在于，所述檢測試劑盒中含有用于捕獲目的基因的探針的，

所述目的基因包括：ALK、APC、APC2、ARID1A、ARID1B、ARID2、ASXL3、ATM、BCOR、BIRC3、BIRC6、CARD11、CCND3、CD58、CDKN2A、CHD8、CHEK2、CIC、CIITA、CREBBP、DNMT3A、EP300、FYN、HLA-A、HLA-B、IDH2、IKBKB、ITPKB、ITPR3、JAK1、JAK2、JAK3、JMY、KDM6B、KMT2A、KMT2C、KMT2D、LRP1B、MEF2A、MSH2、MSH3、MSH6、MTOR、NCOR2、NF1、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、PDCD1、PHLPP1、PIK3R1、PIK3R2、PLCG1、PLCG2、PMS1、PTEN、PTPRS、REV3L、RHOA、SALL3、SETBP1、SETD1B、SETD2、SMARCA2、SMARCA4、SOCS1、SPEN、STAT3、STAT5B、TAL1、TET1、TET2、VAV1、YEATS2、YTHDF2和ZEB1。

2.根據權利要求1所述的檢測試劑盒，其特征在于，所述探針采用以下方法設計得到：

S1、根據數據庫提取所述目的基因的外顯子坐標，獲得外顯子區域的集合；

S2、截取一個所述外顯子區域的1～2M bp作為第一個探針單元，截取所述外顯子區域的(n-1)M～(n+1)M bp作為第n個探針單元，依次截取，M＝60bp，獲得該外顯子區域的探針；

S3、對所述探針的核苷酸序列進行評估，評估的參數包括：Tm值、GC含量、Hairpin自由能、序列復雜度和基因組內同源性；

S4、對于評分低于閾值的探針進行調整，所述調整為調整所述評分低于閾值的探針的序列截取時的M值為60±10bp，重復S2、S3步驟優化探針的序列；

S5、對所述外顯子區域的集合按照S2～S4所述方法獲取探針，獲得所述探針的集合。

3.根據權利要求1所述的檢測試劑盒，其特征在于，所述檢測試劑盒包括建庫試劑盒和雜交捕獲試劑盒。

4.根據權利要求3所述的檢測試劑盒，其特征在于，所述建庫試劑盒包括建庫試劑盒-1和建庫試劑盒-2；所述建庫試劑盒-1中含有末端修復加尾緩沖液、末端修復加尾酶、連接緩沖液、連接酶、PCR混合液、QU試劑；所述建庫試劑盒-2中含有接頭混合液、re-PCR P5(1-8)、Pre-PCR P7(1-12)。

5.一種結內外周T細胞淋巴瘤相關基因的建庫方法，其特征在于，至少包括以下步驟：

(1)基因組打斷；

(2)補平修復加A；

(3)接頭連接；

(4)Pre-PCR反應；

(5)樣本及探針雜交；所述探針用于捕獲以下目的基因：ALK、APC、APC2、ARID1A、ARID1B、ARID2、ASXL3、ATM、BCOR、BIRC3、BIRC6、CARD11、CCND3、CD58、CDKN2A、CHD8、CHEK2、CIC、CIITA、CREBBP、DNMT3A、EP300、FYN、HLA-A、HLA-B、IDH2、IKBKB、ITPKB、ITPR3、JAK1、JAK2、JAK3、JMY、KDM6B、KMT2A、KMT2C、KMT2D、LRP1B、MEF2A、MSH2、MSH3、MSH6、MTOR、NCOR2、NF1、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、PDCD1、PHLPP1、PIK3R1、PIK3R2、PLCG1、PLCG2、PMS1、PTEN、PTPRS、REV3L、RHOA、SALL3、SETBP1、SETD1B、SETD2、SMARCA2、SMARCA4、SOCS1、SPEN、STAT3、STAT5B、TAL1、TET1、TET2、VAV1、YEATS2、YTHDF2和ZEB1；

(6)鏈霉親和素磁珠準備；

(7)捕獲磁珠富集文庫及清洗；

(8)Post-PCR反應。

6.根據權利要求5所述的檢測試劑盒，其特征在于，所述探針采用以下方法設計得到：

S1、根據數據庫提取所述目的基因的外顯子坐標，獲得外顯子區域的集合；

S2、截取一個所述外顯子區域的1～2M bp作為第一個探針單元，截取所述外顯子區域的(n-1)M～(n+1)M bp作為第n個探針單元，依次截取，M＝60bp，獲得該外顯子區域的探針；

S3、對所述探針的核苷酸序列進行評估，評估的參數包括：Tm值、GC含量、Hairpin自由能、序列復雜度和基因組內同源性；

S4、對于評分低于閾值的探針進行調整，所述調整為調整所述評分低于閾值的探針的序列截取時的M值為60±10bp，重復S2、S3步驟優化探針的序列；

S5、對所述外顯子區域的集合按照S2～S4所述方法獲取探針，獲得所述探針的集合。