[發明專利]一組普適性SNP標記的分型及應用

有效

• 申請號: 202011212501.8
• 申請日: 2020-11-03
• 公開（公告）號: CN112143829B
• 公開（公告）日: 2021-04-30
• 發明（設計）人: 王曉武;章力;常立春;蔡旭;武劍;梁建麗;林潤茂
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院蔬菜花卉研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895
• 代理公司: 北京北匯律師事務所 11711
• 代理人: 高元吉

本發明公開一組普適性SNP標記的分型及應用。本發明的分型包括以下步驟：提取待測西紅柿的基因組DNA；基于多個SNP位點組成的位點集信息，通過程序性降低擴增溫度進行SNP位點的檢測；基于檢測結果對待測西紅柿進行基因分型以及分型結果的分析。本發明的SNP標記具有良好的多態性，且穩定性和可重復性好，將SNP標記通過競爭性等位基因特異性PCR檢測，能夠實現更高通量的檢測過程。此外，本發明提供核心SNP標記集。利用該套標記集可以高效、準確地鑒定西紅柿品種的真實性，保證西紅柿種質資源收集的可靠性，同時顯著降低檢測成本。

技術領域

本發明涉及種質資源和分子育種技術領域，具體地涉及一種普適性SNP標記的組合物、分型方法及其應用。

背景技術

西紅柿屬于茄科(Solanineae)番茄屬(Lycopersicon)，富含番茄素和多種維生素，生長周期短且具有較高的經濟價值，不僅是我國種植面積最大的重要蔬菜作物之一，同時也是肉質果實研究的模式植物。隨著育種技術的快速發展，西紅柿品種數量與日俱增，而生活水平的進步促使品種多樣化的需求不斷提高。生產上，假冒品種、品種不純、品種混淆等現象普遍存在，極大損害了育種家和種子公司的利益，也給種子需求者在選擇種子時帶來了困惑。品種鑒定是農業發展過程中的重要環節，如何對龐大的西紅柿種質資源進行科學地鑒定和分析，避免相同西紅柿種質的重復收集，保護植物新品種知識產權，促進西紅柿品種市場健康發展，是西紅柿生產中急需解決的問題之一。

傳統的西紅柿品種鑒定方法主要依靠形態學標記法，對莖、葉、花、株高、果實等性狀的相對差異進行肉眼識別，或是借助某些易測試的性狀，如典型的抗病蟲性、生理特性，這種方法費時費力，部分性狀易受環境影響，并且形態學特征往往在植株的特定生長階段才開始顯現或者有些品種的區分并不體現于形態上。隨著分子生物學技術的發展，利用分子標記技術進行品種的鑒定已成為一種趨勢，排除了環境因素的影響，結果更加可靠。國際新品種權植物保護聯盟(UPOV)已在BMT分子測試指南中將SSR(simple sequence repeat)標記和SNP(single-nucleotide polymer-phism)標記作為植物品種鑒定推薦的分子標記方法(Button P,2007)。SNP標記具有變異豐富、準確度高、易實現自動化等優點，可以打破SSR標記數量有限、操作耗時的局限性，被公認為極具應用前景的分子標記(Rasheed Awaiset al.,2017)。與此同時，番茄基因組測序的完成為番茄SNP標記的開發提供了良好的基礎(Lin et al.,2014)。

目前，SNP標記技術廣泛用于水稻、玉米、大豆等作物的品種鑒定，且在品種管理和保護中均產生了積極的效果。西紅柿品種鑒定主要采用InDel標記法(高建昌等,2013)，利用聚丙烯酰胺凝膠電泳進行基因分型和分析，該方法通量較低、步驟繁瑣、數據整合困難。此外，傳統方法品種真實性鑒定中出現的效率低和易受環境因素影響等問題仍需進一步改善。

發明內容

為解決現有技術中的至少部分技術問題，本發明提供一組普適性SNP標記的分型方法及應用。本發明的組合物和基因分型方法能夠鑒定市面上廣泛存在的西紅柿商業品種，不僅可以實現高通量檢測，而且高效、準確地鑒定西紅柿品種的真實性，保證西紅柿種質資源收集的可靠性，同時顯著降低檢測成本。具體地，本發明包括以下內容。

本發明的第一方面，提供一種基于SNP標記的分型方法，其包括以下步驟：

(1)提取待測西紅柿的基因組DNA的步驟；

(2)基于多個SNP位點組成的位點集信息，通過程序性降低擴增溫度進行待測西紅柿基因組SNP位點的檢測步驟，其中位點集包括以下位點：SNP01-3、SNP02-1、SNP02-3、SNP03-1、SNP03-3、SNP04-1、SNP04-2、SNP05-3、SNP06-3、SNP06-6、SNP07-4、SNP07-5、SNP07-8、SNP07-9、SNP08-1、SNP09-1、SNP10-1、SNP11-3、SNP12-4、SNP12-6和SNP12-8；