[發明專利]一組普適性SNP標記的分型及應用

有效

• 申請號: 202011212501.8
• 申請日: 2020-11-03
• 公開（公告）號: CN112143829B
• 公開（公告）日: 2021-04-30
• 發明（設計）人: 王曉武;章力;常立春;蔡旭;武劍;梁建麗;林潤茂
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院蔬菜花卉研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895
• 代理公司: 北京北匯律師事務所 11711
• 代理人: 高元吉

1.一種基于SNP標記對西紅柿品種進行區分的方法，其特征在于，包括以下步驟：

(1)提取待測西紅柿的基因組DNA的步驟；

(2)基于多個SNP位點組成的位點集信息，利用SEQ ID NO:1-63所示的引物通過程序性降低擴增溫度進行待測西紅柿基因組SNP位點的檢測步驟，其中所述位點集包括以下位點：SNP01-3、SNP02-1、SNP02-3、SNP03-1、SNP03-3、SNP04-1、SNP04-2、SNP05-3、SNP06-3、SNP06-6、SNP07-4、SNP07-5、SNP07-8、SNP07-9、SNP08-1、SNP09-1、SNP10-1、SNP11-3、SNP12-4、SNP12-6和SNP12-8，這些位點的信息如下所示：

其中，基因位置或位點是指相對于版本號為SL3.0的西紅柿品種Heinz1706而言的位置；

(3)進行待測西紅柿的基因分型和分型結果分析的步驟；

其中，每個SNP位點分別對應一個由第一正向引物、第二正向引物和反向引物三條引物組成的引物組，且所述程序性降低擴增溫度進行檢測包括：

變性步驟，94℃變性15min；94℃變性20s；

第一循環步驟，首先61℃、退火60s，之后每個循環降低0.6℃、退火60s，共10個循環；第二循環步驟，94℃變性20s，55℃復性延伸60s，共26-32個循環。

2.根據權利要求1所述的基于SNP標記對西紅柿品種進行區分的方法，其特征在于，所述位點集進一步包括：

SNP01-1、SNP01-2、SNP02-2、SNP02-4、SNP03-2、SNP03-4、SNP03-5、SNP03-6、SNP04-3、SNP04-4、SNP04-5、SNP05-1、SNP05-2、SNP05-4、SNP05-5、SNP05-6、SNP05-7、SNP06-1、SNP06-2、SNP06-4、SNP06-5、SNP07-1、SNP07-2、SNP07-3、SNP07-6、SNP07-7、SNP07-10、SNP07-11、SNP07-12、SNP07-13、SNP11-1、SNP11-2、SNP12-1、SNP12-2、SNP12-3、SNP12-5、SNP12-7和SNP12-9，這些位點的信息如下所示：

其中，基因位置或位點是指相對于版本號為SL3.0的西紅柿品種Heinz1706而言的位置。

3.根據權利要求2所述的基于SNP標記對西紅柿品種進行區分的方法，其特征在于，進一步包括利用SEQ ID NO:64-177所示的引物進行基因組DNA中位點集的檢測。

4.根據權利要求1所述的基于SNP標記對西紅柿品種進行區分的方法，其特征在于，步驟(2)包括構建含緩沖液和溶解于所述緩沖液的多個引物組的反應體系的步驟，所述反應體系中各引物組的第一正向引物、第二正向引物和反向引物的濃度分別為50-200μmol/L。

5.組合物或試劑盒用于基于SNP標記區分西紅柿品種的用途，其特征在于，所述組合物或試劑盒包含用于檢測由多個SNP位點組成的位點集的信息的引物，其中，所述SNP位點的信息如下所示：

其中，基因位置或位點是指相對于版本號為SL3.0的西紅柿品種Heinz1706而言的位置，且所述引物包含SEQ ID NO:1-63所示的引物。

6.根據權利要求5所述的用途，其特征在于，所述引物進一步包含SEQ ID NO:64-177所示的引物，其被用于檢測如下所示的SNP位點：

其中，基因位置或位點是指相對于版本號為SL3.0的西紅柿品種Heinz1706而言的位置。