[發(fā)明專(zhuān)利]一種檢測(cè)體細(xì)胞突變的方法及裝置

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011158198.8
• 申請(qǐng)日: 2020-10-26
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN112289376B
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-07-06
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 黃毅;林浩翔;吳玲清;易鑫;楊玲;王旭文
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 北京吉因加醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室有限公司;深圳基因家科技有限公司;蘇州吉因加生物醫(yī)學(xué)工程有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): G16B20/50
• 分類(lèi)號(hào): G16B20/50
• 代理公司: 深圳鼎合誠(chéng)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 44281
• 代理人: 周建軍;郭燕

一種檢測(cè)體細(xì)胞突變的方法及裝置，該方法包括：候選突變提取步驟，包括根據(jù)比對(duì)文件中的彩色德布魯恩圖、比對(duì)信息中的至少一種，從待測(cè)樣本、相應(yīng)的對(duì)照樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)中提取候選突變；過(guò)濾步驟，包括對(duì)提取的候選突變進(jìn)行過(guò)濾，去除不符合判定條件的突變；計(jì)算步驟，包括根據(jù)過(guò)濾的候選突變，計(jì)算質(zhì)量特征值，根據(jù)所述質(zhì)量特征值，對(duì)候選突變集進(jìn)行過(guò)濾，得到突變檢測(cè)結(jié)果。計(jì)算步驟之前先進(jìn)行過(guò)濾，極大降低候選突變的數(shù)量，加快后續(xù)分析速度。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于體細(xì)胞突變檢測(cè)領(lǐng)域，具體涉及一種快速檢測(cè)體細(xì)胞突變的方法及裝置。

背景技術(shù)

人類(lèi)基因組中存在各種各樣的突變，包括核苷酸突變(SNV)、插入刪除(InDel)等。其中相當(dāng)一部分跟腫瘤的形成和發(fā)展息息相關(guān)。通過(guò)基因組測(cè)序，從測(cè)序的序列數(shù)據(jù)中，快速準(zhǔn)確地鑒定出這些突變，對(duì)腫瘤的研究以及治療有非常大的幫助。

隨著測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展，測(cè)序成本的迅速下降。腫瘤基因組研究中，由原來(lái)的小區(qū)域捕獲(panel)測(cè)序，到全外顯子組(exome)測(cè)序，再往全基因組(wgs)或者超高深度UMI測(cè)序方向發(fā)展。數(shù)據(jù)量幾何級(jí)增長(zhǎng)。而且樣本量也從原來(lái)的腫瘤數(shù)個(gè)配對(duì)樣本到幾十，幾百甚至上千發(fā)展。臨床分析對(duì)分析速度和分析成本也有所要求。但現(xiàn)有的大部分軟件和方法都出現(xiàn)得較早，而且大都面向科研小樣本量處理，無(wú)法進(jìn)行大數(shù)據(jù)量分析。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明提供一種檢測(cè)體細(xì)胞突變的方法及裝置。

根據(jù)第一方面，一種實(shí)施例中提供一種檢測(cè)體細(xì)胞突變的方法，包括：

候選突變提取步驟，包括根據(jù)比對(duì)文件中的彩色德布魯恩圖、比對(duì)信息中的至少一種，從待測(cè)樣本、相應(yīng)的對(duì)照樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)中提取候選突變；

過(guò)濾步驟，包括對(duì)提取的候選突變進(jìn)行過(guò)濾，去除不符合判定條件的突變；

計(jì)算步驟，包括根據(jù)過(guò)濾的候選突變，計(jì)算質(zhì)量特征值，根據(jù)所述質(zhì)量特征值，對(duì)候選突變集進(jìn)行過(guò)濾，得到突變檢測(cè)結(jié)果。

根據(jù)第二方面，一種實(shí)施例中提供一種檢測(cè)體細(xì)胞突變的裝置，包括：

候選突變提取模塊，用于根據(jù)比對(duì)文件中的彩色德布魯恩圖、比對(duì)信息中的至少一種，從待測(cè)樣本、相應(yīng)的對(duì)照樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)中提取候選突變；

過(guò)濾模塊，用于對(duì)提取的候選突變進(jìn)行過(guò)濾，去除不符合判定條件的數(shù)據(jù)；

計(jì)算模塊，用于根據(jù)過(guò)濾的候選突變，計(jì)算質(zhì)量特征值，根據(jù)所述質(zhì)量特征值，對(duì)候選突變集進(jìn)行過(guò)濾，得到檢測(cè)結(jié)果。

根據(jù)第三方面，一種實(shí)施例中提供一種計(jì)算機(jī)設(shè)備，包括：存儲(chǔ)器，用于存儲(chǔ)程序；

處理器，用于通過(guò)執(zhí)行所述存儲(chǔ)器存儲(chǔ)的程序以實(shí)現(xiàn)如第一方面所述的方法。

根據(jù)第三方面，一種實(shí)施例中提供一種計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，包括程序，所述程序能夠被處理器執(zhí)行以實(shí)現(xiàn)如第一方面所述的方法。

依據(jù)上述實(shí)施例的檢測(cè)體細(xì)胞突變的方法及裝置，計(jì)算步驟之前先進(jìn)行過(guò)濾，極大降低候選突變的數(shù)量，加快后續(xù)分析速度。

附圖說(shuō)明

圖1顯示為根據(jù)實(shí)施例1的方法檢測(cè)的樣本全外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)中體細(xì)胞突變位點(diǎn)計(jì)算得到的TMB指標(biāo)與標(biāo)準(zhǔn)品TMB指標(biāo)的關(guān)系曲線(xiàn)圖。

圖2顯示為根據(jù)現(xiàn)有的mutect2檢測(cè)的樣本全外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)中體細(xì)胞突變位點(diǎn)計(jì)算得到的TMB指標(biāo)與標(biāo)準(zhǔn)品TMB指標(biāo)的關(guān)系曲線(xiàn)圖。

圖3顯示為本實(shí)施例1的方法檢測(cè)的樣本靶向捕獲測(cè)序數(shù)據(jù)中體細(xì)胞突變位點(diǎn)計(jì)算得到的TMB指標(biāo)與標(biāo)準(zhǔn)品TMB指標(biāo)的關(guān)系曲線(xiàn)圖。

圖4顯示為根據(jù)現(xiàn)有的mutect2檢測(cè)的樣本靶向捕獲測(cè)序數(shù)據(jù)中體細(xì)胞突變位點(diǎn)計(jì)算得到的TMB指標(biāo)與標(biāo)準(zhǔn)品TMB指標(biāo)的關(guān)系曲線(xiàn)圖。