[發(fā)明專利]一種檢測體細胞突變的方法及裝置

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202011158198.8
• 申請日: 2020-10-26
• 公開（公告）號: CN112289376B
• 公開（公告）日: 2021-07-06
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 黃毅;林浩翔;吳玲清;易鑫;楊玲;王旭文
• 申請（專利權(quán)）人: 北京吉因加醫(yī)學(xué)檢驗實驗室有限公司;深圳基因家科技有限公司;蘇州吉因加生物醫(yī)學(xué)工程有限公司
• 主分類號: G16B20/50
• 分類號: G16B20/50
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 44281
• 代理人: 周建軍;郭燕

1.一種檢測體細胞突變的方法，其特征在于，包括：

候選突變提取步驟，包括根據(jù)比對文件中的彩色德布魯恩圖、比對信息中的至少一種，所述比對文件中的比對信息選自CIGAR字符串、MD字符串中的至少一種，從待測樣本、相應(yīng)的對照樣本的測序數(shù)據(jù)中提取候選突變，根據(jù)彩色德布魯恩圖提取候選突變的方法包括：合并待測樣本的測序數(shù)據(jù)與對照樣本的測序數(shù)據(jù)，比對到參考基因組上，通過局部序列組裝，得到彩色德布魯恩圖，通過判斷圖路徑中的顏色，找出非參考基因組特有的路徑，提取出候選突變；

過濾步驟，包括對提取的候選突變進行過濾，去除不符合判定條件的突變；

計算步驟，包括根據(jù)過濾的候選突變，計算質(zhì)量特征值，根據(jù)所述質(zhì)量特征值，對候選突變集進行過濾，得到突變檢測結(jié)果。

2.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，候選突變提取步驟中，包括將待測樣本、對照樣本的下機數(shù)據(jù)比對到參考基因組上，獲得比對文件，然后根據(jù)比對文件中的彩色德布魯恩圖、比對信息中的至少一種，從成對的待測樣本、對照樣本的比對文件中提取候選突變。

3.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述比對文件選自BAM文件、CRAM文件、SAM文件中的至少一種。

4.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，根據(jù)比對文件中的比對信息提取候選突變的方法包括：通過分析待測樣本、相應(yīng)的對照樣本的測序數(shù)據(jù)與參考基因組中的比對信息差異，提取出候選突變。

5.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述比對文件中的比對信息為CIGAR字符串時，根據(jù)CIGAR字符串提取候選突變的方法包括：通過分析待測樣本、對照樣本的測序數(shù)據(jù)與參考基因組中的CIGAR字符串差異，提取出候選突變。

6.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，過濾步驟中，包括根據(jù)序列支持數(shù)、序列頻率中的至少一種進行過濾，去除不符合判定條件的突變。

7.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述過濾步驟包括，根據(jù)待測樣本測序數(shù)據(jù)的序列支持數(shù)、相應(yīng)的對照樣本測序數(shù)據(jù)的序列支持數(shù)、待測樣本測序數(shù)據(jù)的序列頻率、相應(yīng)的對照樣本測序數(shù)據(jù)的序列頻率進行過濾，去除不符合判定條件的突變。

8.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述過濾步驟包括，遍歷所述候選突變提取步驟獲得的候選突變中的突變，計算每一個突變位置上，待測樣本測序數(shù)據(jù)中支持突變的測序序列頻數(shù)AD、相應(yīng)的對照樣本測序數(shù)據(jù)中支持突變的測序序列頻數(shù)NAD、待測樣本測序數(shù)據(jù)中測序序列頻率VAF、相應(yīng)的對照樣本的正常突變等位基因頻率NVAF，根據(jù)AD、NAD、VAF和NVAF過濾候選突變。

9.如權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，VAF=Allele Depth/Total Depth，其中，Allele Depth為支持突變的讀長的數(shù)量，Total Depth為該突變測序深度。

10.權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，所述根據(jù)AD、NAD、VAF和NVAF過濾候選突變，具體包括，根據(jù)AD、NAD、VAF和NVAF與各自閾值的大小關(guān)系，移除不符合判定條件的突變。

11.權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，所述根據(jù)AD、NAD、VAF和NVAF過濾候選突變，具體包括，移除候選突變中 AD小于AD閾值的突變，或者移除NAD大于NAD閾值的突變，或者移除VAF小于VAF閾值的突變，或者移除NVAF大于NVAF閾值的突變。

12.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，過濾步驟中，還包括在根據(jù)序列支持數(shù)、序列頻率中的至少一種進行過濾，去除不符合判定條件的突變之后，對待測樣本、相應(yīng)的對照樣本中的胚系突變進行過濾。