[發(fā)明專利]基于數(shù)字PCR技術(shù)的ATRX和KDM5A突變檢測的試劑盒、裝置及應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202011150329.8
• 申請日: 2020-10-23
• 公開（公告）號: CN112111577B
• 公開（公告）日: 2022-09-06
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 王瑩瑩;成崗;楊晶;李東東
• 申請（專利權(quán)）人: 北京諾禾致源科技股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6851
• 代理公司: 北京康信知識產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11240
• 代理人: 梁文惠

本發(fā)明公開了一種基于數(shù)字PCR技術(shù)的ATRX和KDM5A突變檢測的試劑盒、裝置及應(yīng)用。其中，該試劑盒包括：針對ATRX E10 del、ATRX E11 del、ATRX E9 Ins、ATRX E14 R1426L、ATRX E17 M1571V、ATRX E28 E2074G、KDM5A E27 del、KDM5A E23 P1237S、KDM5A E23 R1217W、KDM5A E19 del、KDM5A E10 del和KDM5A E25 del位點的引物和探針。應(yīng)用本發(fā)明的技術(shù)方案，針對這12個特定位點的集合進(jìn)行檢測，可以較好的反映出ATRX和KDM5A的突變情況。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體而言，涉及一種基于數(shù)字PCR技術(shù)的ATRX和KDM5A突變檢測的試劑盒、裝置及應(yīng)用。

背景技術(shù)

癌癥作為人類健康的頭號敵人，是全球最主要的非傳染性疾病之一，也是目前致死率最高的慢性疾病。據(jù)我國《2018年全國最新癌癥報告》，中國2017年新增380.4萬例癌癥病例，相當(dāng)于平均每天超過1萬人被確診為癌癥，每分鐘就有7個人被確診為癌癥。

臨床上，組織活檢作為腫瘤檢測的金標(biāo)準(zhǔn)，但由于其樣本獲取存在依賴影像學(xué)、侵入式操作、操作性難、重復(fù)性低等問題，使液體活檢技術(shù)應(yīng)運而生。液體活檢具有非侵入式、操作簡便、可重復(fù)取樣、有效應(yīng)對腫瘤異質(zhì)性等優(yōu)點，近年來研究表明，血漿cfDNA可作為無法獲取腫瘤組織時的替代樣本，來檢測腫瘤突變狀態(tài)。例如，有研究表明ATRX和KDM5A兩基因很可能與癌癥的發(fā)展有關(guān)，因此，可以從患者血漿中提取cfDNA，制備突變檢測的反應(yīng)體系，最后進(jìn)行芯片閱讀并分析結(jié)果。通過計算數(shù)據(jù)中，突變樣品的拷貝數(shù)與總拷貝數(shù)的比值檢測待測樣品的基因突變頻率。

目前基因突變的檢測技術(shù)主要有兩大類：測序類和PCR類。測序類分為一代測序和二代測序等。一代測序檢測周期長，靈敏度約10％；而二代測序流程復(fù)雜、成本貴、檢測周期長且靈敏度約1％。PCR類分為Real-Time PCR檢測、ARMS-PCR檢測、數(shù)字PCR檢測等。Real-Time PCR是一種相對定量的方法，所需DNA起始量高，且靈敏度約5％；ARMS-PCR為定性檢測，靈敏度約1％。數(shù)字PCR無需依賴于對照樣品和標(biāo)準(zhǔn)曲線就可以進(jìn)行精確的絕對定量檢測，直接檢測目標(biāo)序列的拷貝數(shù)，這種檢測方式具有約0.1％的高靈敏度和精準(zhǔn)性。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明旨在提供一種基于數(shù)字PCR技術(shù)的ATRX和KDM5A突變檢測的試劑盒、裝置及應(yīng)用，以提供一種能夠精準(zhǔn)檢測ATRX和KDM5A突變的試劑盒及裝置。

為了實現(xiàn)上述目的，根據(jù)本發(fā)明的一個方面，提供了一種基于數(shù)字PCR技術(shù)的ATRX和KDM5A突變檢測的試劑盒。該試劑盒包括：針對ATRX E10 del、ATRX E11 del、ATRX E9Ins、ATRX E14 R1426L、ATRX E17 M1571V、ATRX E28 E2074G、KDM5A E27 del、KDM5A E23P1237S、KDM5A E23 R1217W、KDM5A E19 del、KDM5A E10 del和KDM5A E25 del位點的引物和探針。

進(jìn)一步地，引物包括上游引物和下游引物，探針包括突變型探針和野生型探針。

進(jìn)一步地，突變型探針和野生型探針的5’端均標(biāo)記有熒光報告基團(tuán)，3’端均標(biāo)記有淬滅基團(tuán)。

進(jìn)一步地，突變型探針的5’端標(biāo)記的熒光報告基團(tuán)為FAM，3’端標(biāo)記的淬滅基團(tuán)為MGB；野生型探針的5’端標(biāo)記的熒光報告基團(tuán)為VIC，3’端標(biāo)記的淬滅基團(tuán)為MGB。

進(jìn)一步地，ATRX E10 del位點的上游引物如SEQ ID NO：1所示，下游引物如SEQ IDNO：2所示，突變型探針如SEQ ID NO：3所示，野生型探針如SEQ ID NO：4所示；