[發明專利]西瓜條帶果皮覆紋特征SNP位點、其dCAPS分子標記、引物及應用

有效

• 申請號: 202011140291.6
• 申請日: 2020-10-22
• 公開（公告）號: CN112280883B
• 公開（公告）日: 2022-08-30
• 發明（設計）人: 李娜;馬雙武;尚建立;周丹;王吉明;李楠楠
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院鄭州果樹研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 鄭州盈派知識產權代理事務所(普通合伙) 41196
• 代理人: 張曉輝;樊羿

本發明涉及一種西瓜條帶果皮覆紋特征SNP位點、其dCAPS分子標記、引物及應用。所述西瓜條帶果皮覆紋特征的SNP位點為西瓜基因組6號染色體上第25949518位核苷酸G→A；所述dCAPs標記的引物組包括正向引物5’?TTGAATGGATTAAAAGACCT?3’、反向引物5’?GTTGGTGGACCCAACGACT?3’。所述SNP位點或dCAPS分子標記及其引物能夠應用于西瓜果皮覆紋特征的鑒定和輔助篩選育種。本發明所確認的SNP位點和dCAPS標記具有快速、直接、特異性高等特點，可在較短時間內完成大批量西瓜條帶果皮覆紋特征材料的篩選好預測工作，可有效服務于西瓜果皮覆紋特征育種工作。

技術領域

本發明屬于分子生物技術領域，具體涉及一種西瓜條帶果皮覆紋特征SNP(單核苷酸多態性)位點、其dCAPS分子標記、引物及應用。

背景技術

果皮覆紋特征是西瓜最為重要的外觀品質性狀之一，在一定程度上會影響消費者的購買需要，從而影響市場銷量。肖光輝（2012）綜述了果皮花紋相關的基因，斑駁果皮基因m產生具有綠白色斑點的中-深綠色果皮(Weetman., 1937)，基因p控制本色果皮上很窄的線條，研究還發現了間歇性條紋基因ins（Gusmini et al., 2006），說明了果皮覆紋特征性狀的復雜性。隨著西瓜全基因組測序的完成（Luo et al., 2013），Gama等（2014）發現了兩個與西瓜果皮覆紋特征（clearly defined or diffuse）連鎖的SSR標記，均位于6號染色體上。韋小敏等（2016）開發了鑒定齒條和網紋果皮覆紋特征的的In Del分子標記。

然而西瓜表型變異豐富，常見的果皮覆紋特征有條帶、網紋、齒條、放射條、黑皮（參見圖1）等，在果皮覆紋特征的育種過程中，缺乏有效的分子標記。

發明內容

為解決上述西瓜果皮覆紋特征育種過程中有效的分子標記缺乏的技術問題，本發明提供了一種用于檢測西瓜條帶果皮覆紋特征SNP位點、dCAPS標記其引物和應用。

本發明的第一個方面提供了一種用于檢測西瓜條帶果皮覆紋特征的SNP位點，所述SNP位點為西瓜基因組（http://cucurbitgenomics.org/organism/1）6號染色體上第25949518位核苷酸G →A。

本發明的第二個方面提供了一種用于檢測西瓜條帶皮覆紋特征的dCAPS標記，其引物核苷酸序列如下所示：

上游引物：5’- TTGAATGGATTAAAAGACCT -3’

下游引物：5’- GTTGGTGGACCCAACGACT -3’。

進一步的，所述SNP位點的dCAPS分子標記的限制性內切酶，所述引物酶切反應所用限制性內切酶為HinfI。

本發明的第三個方面，提供了一種dCAPS標記鑒定西瓜條帶果皮覆紋特征的方法：

提取西瓜葉片全基因組DNA；

利用所述dCAPS標記的引物對西瓜基因組DNA進行PCR擴增；

酶切PCR擴增產物；

電泳酶切產物，根據酶切產物的帶型判斷西瓜果皮覆紋特征的表型，條帶果皮覆紋特征顯示156bp的帶型，其它果皮覆紋特征顯示137bp的帶型或者137bp和156bp兩條帶。

設計一種鑒定西瓜條帶果皮覆紋特征的試劑盒，包括所述引物、限制性內切酶HinfI。

本發明具有積極有益的技術效果：

本發明所確認的SNP位點和dCAPS標記具有快速、直接、特異性高等特點，可在較短時間內完成大批量西瓜條帶果皮覆紋特征材料的篩選好預測工作，可有效服務于涉及果皮覆紋特征的西瓜育種。

附圖說明