[發明專利]用于青花菜種質資源和品種鑒定的SNP標記組合及應用

有效

• 申請號: 202011134983.X
• 申請日: 2020-10-21
• 公開（公告）號: CN112280881B
• 公開（公告）日: 2023-09-01
• 發明（設計）人: 沈鈺森;王建升;顧宏輝;虞慧芳;趙振卿;盛小光
• 申請（專利權）人: 浙江省農業科學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京眾合誠成知識產權代理有限公司 11246
• 代理人: 龔燮英

本發明涉及用于青花菜種質資源和品種鑒定的SNP標記組合及應用，包含25個SNPs，編號分別為Bol.ita01～Bol.ita25，它們的信息如表1所示。本發明基于23份青花菜核心種質重測序獲得的大量SNP中挑選的25個SNP標記，可以實現對青花菜種質資源及品種的基因型檢測，使得基因分型更加高效、穩定、精準和低成本。基于所述SNP標記，可用于青花菜品種的DNA指紋數據庫構建、青花菜種質資源遺傳多樣性分析、青花菜分子標記輔助育種和青花菜品種純度鑒定等。

技術領域

本發明涉及分子生物學技術領域，特別涉及用于青花菜種質資源和品種鑒定的SNP標記組合及應用。

背景技術

青花菜是蕓薹科(Cruciferae)蕓薹屬(Brassica)甘藍種(oleracea)中的一個變種。它起源于地中海，于19世紀末20世紀初傳到我國，長期以來是我國的特菜。近20年來，青花菜憑借其清爽的口感，豐富的營養價值而頗受人們的喜愛。國內鮮銷市場不斷發展，種植面積逐年增加，目前栽培面積達100多萬畝。然而，由于青花菜育種起步晚，優異種質資源相對匱乏，導致目前國產青花菜種子的市場占有率不高，占有率僅為10％左右。構建青花菜核心種質資源及主要育成品種的DNA指紋圖譜，建立青花菜種質材料共享與收益分配機制，有利于加強國內育種單位交流合作，打破國外青花菜品種價格壟斷和技術壟斷的局面。

品種和核心種質真實性鑒定是保障種子質量、規范種子市場的重要手段。品種和核心種質的獨有性、真實性、特異性和一致性鑒定，傳統的方法是根據形態差異進行鑒別區分。但是，田間種植鑒定存在很大的差異，有時候連育種者本人都難以辨別。另一方面，在種質資源較為匱乏的條件下，優異親本會呈現集中化和核心化的趨勢，大量在形態上相似而只存在個別性狀或基因差異的品種，通過傳統形態學方法已無法進行準確的品種鑒定和純度分析。因此，尋找一種安全有效、方便快捷、精確穩定的技術以鑒定種質資源的真實性和純度顯得尤為重要。

隨著第三代分子標記技術SNP標記的發展和基因分型技術的提高，越來越多的作物采用SNP標記構建指紋圖譜和用于種質鑒定，如玉米、油菜、大豆、香菇、羊草等。相比于SSR標記，SNP標記數目多，覆蓋基因組范圍廣，基于高密度的標記信息保證了品種鑒定的可靠性。目前主要的SNP標記基因分型技術有SNPlex、TaqMan、KASP等。其中，由英國LGC公司推出的KASP技術用兩個通用淬滅探針和多個具體位點的引物，現實多位點的同時檢測。KASP是競爭性等為基因特異性PCR(Kompetitive?Allele?Specific?PCR)的縮寫，可在廣泛的基因組DNA樣品中對SNPs和特定位點上的InDels進行精準的雙等位基因判斷，不僅提高了實驗效率，也能大大節約成本。

發明內容

本發明的目的是提供一套用于青花菜種質資源及品種鑒定的SNP標記組合及應用。

為了實現本發明的目的，第一方面，本發明提供一套用于青花菜種質資源及品種鑒定的SNP標記，包括25個SNPs，25個SNPs編號分別為Bol.ita01～Bol.ita25，它們的信息如表1所示；其中，標記Bol.ita01含有位于青花菜基因組C1號染色體第1111992處的等位為G/T的核苷酸序列，其余標記以此類推。

表1?25個青花菜SNP標記

上述SNP物理位置是基于青花菜HDEM的全基因組序列而確定的，青花菜HDEM全基因組網站http://www.genoscope.cns.fr/externe/plants/。

第二方面，本發明提供所述25個SNP標記可以基于KASP技術進行基因分型。針對每個SNP標記可以設計三條引物序列(KASP引物組合)，即兩條正向引物與一條反向引物，利用正向引物末端堿基與模板DNA的特異性結合，檢測該SNP的基因型。所述KASP引物組合，包含Bol.ita01～Bol.ita25引物組中的任意一組或多組，或全部，所述Bol.ita01～Bol.ita25引物組的序列信息見表2。