[發明專利]一種鑒定番茄雜交種純度的SNP位點、引物組及應用

有效

• 申請號: 202011133310.2
• 申請日: 2020-10-21
• 公開（公告）號: CN112195264B
• 公開（公告）日: 2021-06-01
• 發明（設計）人: 溫常龍;張建;楊靜靜;張曉飛;羅江;楊明珠
• 申請（專利權）人: 北京市農林科學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京五洲洋和知識產權代理事務所(普通合伙) 11387
• 代理人: 劉春成;榮紅穎

本發明公開了一種鑒定番茄雜交種純度的方法及其使用的SNP引物組合。本發明所提供的SNP引物組合由8個引物組組成；每個引物組由3條引物序列組成，用于擴增一個SNP位點；各個引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：24所示。該SNP引物組合可在番茄雜交種的種子或幼苗期進行早期鑒定，保證雜交種的純度，切實保護生產者和育種家的權益，并為番茄品種的種子質量管理提供技術支持。本發明提供的方法具有高效、準確、低成本等優點，具有十分廣闊的應用前景。

技術領域

本發明屬于分子標記及其檢測領域，具體涉及一種鑒定番茄雜交種純度的SNP位點、引物組、試劑盒、檢測方法及應用。

背景技術

番茄(Solanum lycopersicum)屬于茄科茄屬一年或多年生草本植物，原產地為中美洲和南美洲。因口感獨特、富含人體所需的微量元素，且營養價值較高，深受消費者的喜愛。番茄從栽培到現在僅數百年，卻已廣泛分布于世界各地，是世界第二大蔬菜作物。我國番茄年產量超過5000萬噸，相當大的一部分為雜交種種植收獲。番茄雜交種在制種過程中需要進行去雄處理，但在實際生產中常因授粉工人的操作不當，或其它不確定因素導致種子純度下降，嚴重影響番茄種子質量和后續生產。依據農作物種子質量標準(GB16715.3--2010)的規定，番茄雜交種的純度不低于96％。工廠化育苗更是要求99％以上的純度。因此，番茄種子上市前需進行純度鑒定，這是種子生產質量控制的要求，也是交易的重要依據。

傳統種子純度鑒定主要通過種子形態鑒定、田間表型鑒定等，周期長且費工費時，同時受主觀和環境因素影響較大，準確性難以保證。

近年來，隨著分子生物學的發展，分子標記方法已廣泛應用于一些作物的雜交種純度鑒定工作。由于分子標記技術直接從DNA水平揭示雙親的差異性，因此實驗結果準確可靠，而且可以在苗期甚至種子水平進行鑒定，因此大大縮短了實驗周期。番茄生產中以SSR標記和InDel標記應用最為普遍，但在種子純度鑒定工作中的應用不多，如張錄霞等使用InDel標記對新疆主栽加工番茄品種TH8號和TH17號的雜交種的純度鑒定(張錄霞等，2016)；王凱篩選到了可以對番茄組合T8進行純度檢測的一對SSR引物SSR87(王凱，2015)。在國內現有技術中，申請號為CN200710020044.0，于2009年6月3日公告的專利中，其公開了1對RAPD標記和1對SSR標記，其均可以鑒定番茄雜交種蘇粉8號的純度。申請號為CN201810013749.8，于2018年4月13日公開的專利找了一對EST-SSR標記，可以對番茄砧木品種愛好雜交種的純度進行鑒定，其F1代可擴增出126/132bp差異條帶。申請號為CN201811285955.0，于2019年1月15日公開的專利，其找到一對Indel標記，可以鑒定番茄雜交種56115的純度。以上公開的技術均從DNA水平鑒定雜交種的雜合差異位點，結果可靠，應用價值較高。但目前來看，仍沒有利用分子標記對較多品種進行純度鑒定的研究，也未能找到可以鑒定較多品種的引物組合。同時，目前使用的SSR引物擴增結果存在假陽性、假陰性問題，檢測結果不夠穩定；而InDel標記雖然穩定性強但存在位點相對較少，檢測精確度不高的問題。考慮到番茄品種眾多、變異豐富，篩選準確、高效、低成本的適用于番茄種子純度檢測要求且適用于大量品種的分子標記組合，是番茄育種行業亟待開展的工作。

第三代分子標記SNP，以其數量多、分布廣、遺傳穩定等優點受到廣泛重視。隨著高通量測序技術的發展和測序成本的不斷降低，大規模番茄重測序成為可能。基于分析番茄變異組信息，可以挖掘更加穩定高效的SNP位點。SNP分型無需對照品種，可以高通量、快速、準確的檢測差異位點，不受環境、栽培技術和人為觀測的影響，且成本較低、重復性好，是種子純度鑒定工作的最適選擇。但是目前還未有利用SNP標記鑒定番茄雜交種純度的報導。鑒于此，科研和實踐中均急需開發一套適合鑒定番茄雜交種純度的SNP位點、引物組、以及檢測方法，應用于鑒定番茄雜交種的純度。

參考文獻：

王凱.日光溫室小果型番茄品種比較試驗及其雜交種純度檢測[D]:[碩士學位論文].河北科技師范學院,2015.