[發(fā)明專利]一種計(jì)算腫瘤新抗原負(fù)荷的方法及系統(tǒng)

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011098269.X
• 申請(qǐng)日: 2020-10-14
• 公開（公告）號(hào): CN112309502A
• 公開（公告）日: 2021-02-02
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 萬(wàn)季;沈一鳴;汪健;潘有東;王弈;宋麒
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 深圳市新合生物醫(yī)療科技有限公司
• 主分類號(hào): G16B30/10
• 分類號(hào): G16B30/10;G16B40/00
• 代理公司: 北京冠和權(quán)律師事務(wù)所 11399
• 代理人: 田鴻儒

1.一種計(jì)算腫瘤新抗原負(fù)荷的方法，其特征在于，包括：

步驟S1：整合樣本正常及腫瘤數(shù)據(jù)，對(duì)特定區(qū)間進(jìn)行測(cè)序并檢測(cè)樣本的體細(xì)胞突變；

步驟S2：對(duì)所述體細(xì)胞突變進(jìn)行注釋過濾，并進(jìn)行翻譯得到患者的突變多肽序列；

步驟S3：根據(jù)樣本正常蛋白質(zhì)組，過濾所述突變多肽序列，得到新多肽序列；

步驟S4：根據(jù)樣本正常比對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行人類白細(xì)胞抗原分型分析，得到樣本的HLA基因型；

步驟S5：預(yù)測(cè)所述新多肽序列與所述HLA基因型的親和力，得到樣本的特異性新抗原；對(duì)每一個(gè)所述特異性新抗原進(jìn)行權(quán)重打分并計(jì)算樣本的腫瘤新抗原負(fù)荷TNB。

2.如權(quán)利要求1所述的計(jì)算腫瘤新抗原負(fù)荷的方法，其特征在于，所述步驟S1：整合樣本正常及腫瘤數(shù)據(jù)，對(duì)特定區(qū)間進(jìn)行測(cè)序并檢測(cè)樣本的體細(xì)胞突變；包括：

步驟S101：使用全外顯子測(cè)序或Panel特定區(qū)域測(cè)序方法，對(duì)樣本正常及腫瘤待測(cè)數(shù)據(jù)進(jìn)行DNA測(cè)序，并對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)，得到樣本正常及腫瘤基因組；

步驟S102：從所述樣本正常及腫瘤基因組中，獲取樣本測(cè)序區(qū)間內(nèi)的體細(xì)胞突變。

3.如權(quán)利要求1所述的計(jì)算腫瘤新抗原負(fù)荷的方法，其特征在于，所述步驟S2：對(duì)所述體細(xì)胞突變進(jìn)行注釋過濾，并進(jìn)行翻譯得到患者的突變多肽序列，包括：

步驟S201：對(duì)所述體細(xì)胞突變進(jìn)行注釋及過濾，包括去除同義突變、內(nèi)含子突變；

步驟S202：對(duì)過濾后的所述體細(xì)胞突變進(jìn)行蛋白質(zhì)翻譯，得到樣本的突變蛋白質(zhì)組；

步驟S203：以預(yù)設(shè)長(zhǎng)度，對(duì)樣本的突變蛋白質(zhì)組進(jìn)行切割，得到包含突變位點(diǎn)的樣本的候選抗原肽段；所述候選抗原肽段為所述突變多肽序列。

4.如權(quán)利要求3所述的計(jì)算腫瘤新抗原負(fù)荷的方法，其特征在于，所述步驟S3：根據(jù)樣本正常蛋白質(zhì)組，過濾所述突變多肽序列，得到新多肽序列，包括：

步驟S301：對(duì)樣本的正常基因組進(jìn)行翻譯，得到樣本的正常蛋白質(zhì)組；

步驟S302：對(duì)所述候選抗原肽段，在所述正常蛋白質(zhì)組中進(jìn)行查找，過濾正常蛋白質(zhì)組中存在的部分，得到樣本的候選新抗原肽。

5.如權(quán)利要求4所述的計(jì)算腫瘤新抗原負(fù)荷的方法，其特征在于，所述步驟S5：預(yù)測(cè)所述新多肽序列與所述HLA基因型的親和力，得到樣本的特異性新抗原；對(duì)每一個(gè)所述特異性新抗原進(jìn)行權(quán)重打分并計(jì)算樣本的腫瘤新抗原負(fù)荷TNB，包括：

步驟S501：對(duì)所述候選新抗原肽與所述HLA基因型進(jìn)行親和力預(yù)測(cè)，得到樣本的特異性新抗原；

步驟S502：基于突變注釋信息、突變頻率信息、與HLA基因型親和力信息，對(duì)所述特異性新抗原進(jìn)行權(quán)重計(jì)算，得到每一條所述特異性新抗原的權(quán)重值；

步驟S503：對(duì)每一條所述特異性新抗原的權(quán)重值進(jìn)行累計(jì)，完成樣本的腫瘤新抗原負(fù)荷TNB的計(jì)算。

6.一種計(jì)算腫瘤新抗原負(fù)荷的系統(tǒng)，其特征在于，包括：

體細(xì)胞突變獲取單元，用于整合樣本正常及腫瘤數(shù)據(jù)，對(duì)特定區(qū)間進(jìn)行測(cè)序并檢測(cè)樣本的體細(xì)胞突變；

候選抗原肽獲取單元，用于對(duì)所述體細(xì)胞突變進(jìn)行注釋過濾，并進(jìn)行翻譯得到患者的突變多肽序列；

候選新抗原肽獲取單元，根據(jù)樣本正常蛋白質(zhì)組，過濾所述突變多肽序列，得到新多肽序列；

HLA基因型獲取單元，根據(jù)樣本正常比對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行人類白細(xì)胞抗原分型分析，得到樣本的HLA基因型；

TNB計(jì)算單元，用于預(yù)測(cè)所述新多肽序列與所述HLA基因型的親和力，得到樣本的特異性新抗原；對(duì)每一個(gè)所述特異性新抗原進(jìn)行權(quán)重打分并計(jì)算樣本的腫瘤新抗原負(fù)荷TNB。

7.如權(quán)利要求6所述的計(jì)算腫瘤新抗原負(fù)荷的系統(tǒng)，其特征在于，所述體細(xì)胞突變獲取單元執(zhí)行如下操作：

使用全外顯子測(cè)序或Panel特定區(qū)域測(cè)序方法，對(duì)樣本正常及腫瘤待測(cè)數(shù)據(jù)進(jìn)行DNA測(cè)序，并對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)，得到樣本正常及腫瘤基因組；

從所述樣本正常及腫瘤基因組中，獲取樣本測(cè)序區(qū)間內(nèi)的體細(xì)胞突變。