[發明專利]基于高通量測序技術快速獲得殺菌型乳制品中益生菌耐藥基因的方法

在審

• 申請號: 202011040182.7
• 申請日: 2020-09-28
• 公開（公告）號: CN114277161A
• 公開（公告）日: 2022-04-05
• 發明（設計）人: 徐瓊;俞漪;顧晨榮;劉洋;張娜娜;竇同海;吳群峰;翁史昱;鐘江;祝海軍;杜雪柯;趙磊;封金美
• 申請（專利權）人: 上海市質量監督檢驗技術研究院;上海昂樸生物科技有限公司;泰州昂樸醫學檢驗有限公司
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12Q1/6869;C12Q1/04;C12N15/11;C12N15/10;C12R1/01
• 代理公司: 上海華工專利事務所(普通合伙) 31104
• 代理人: 繆利明;趙孟琴

本發明提供了一種基于高通量測序技術快速獲得殺菌型乳制品中益生菌耐藥基因的方法，其是先提取殺菌型乳制品的DNA，然后通過高通量測序技術結合生物信息學方法分析殺菌型乳制品中益生菌攜帶的耐藥基因。本發明的基于高通量測序技術快速獲得殺菌型乳制品中益生菌耐藥基因的方法，可以對殺菌型乳制品中乳酸菌耐藥菌基因進行了高效快速的篩選，具有良好的應用前景。

技術領域

本發明屬于生物檢測技術領域，具體地說，是關于一種基于高通量測序技術快速獲得殺菌型乳制品中益生菌耐藥基因的方法。

背景技術

抗生素的使用是現代醫療衛生的基礎之一，可以有效抑制細菌的增長或者殺死細菌，被廣泛應用于人類疾病治療及農業、畜牧業、水產養殖等領域，但由于抗生素的不合理使用，現已產生嚴重的抗生素耐藥性問題[GOTHWAL R,SHASHIDHAR T.Antibioticpollution in the environment:a review[J].Clean-Soil,Air,Water,2015,43(4):479-489.DOI:10.1002/clen.201300989.]。

乳酸菌作為發酵劑或益生菌菌種被廣泛應用于食品、農業、制藥等行業。長期以來，發酵產品中所使用的乳酸菌普遍被人們認為是安全菌株[MATHUR S,SINGHR.Antibiotic resistance in food lactic acid bacteria:a review[J].International Journal of Food Microbiology，2005,105:281-295.DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2005.03.008.]，其中德氏乳桿菌保加利亞亞種和嗜熱鏈球菌是目前酸奶生產工藝中的主要發酵劑。

但近年來對環境中共生細菌及乳酸菌的耐藥性研究越來越受到學者的關注。研究表明，乳酸菌對臨床使用的多種抗菌藥物表現出不同程度的耐藥性，多數乳酸菌對氨基糖苷類、糖肽類、氟喹諾酮類以及磺胺類等抗生素具有天然耐受能力[張灼陽,劉暢,郭曉奎.乳酸菌耐藥性的研究進展[J].中國微生態學雜志,2007,19(5):478-480.DOI:10.13381/j.cnki.cjm.2007.05.015.]。

目前尚無專門針對乳酸菌耐藥性測定的標準與方法，所以大多研究者借鑒致病菌耐藥性測定的標準與方法，并在此基礎上做出適合于乳酸菌的調整與改良。乳酸菌耐藥性檢測方法有很多，包括用K-B紙片擴散法、打孔法、牛津杯法、肉湯稀釋法、瓊脂稀釋法、E-test法。[宋曉敏.發酵食品中乳酸菌的耐藥性現狀分析[J].微生物學通報,2015,42(1):207-213.]

由于上述的方法主要針對樣品中分離得到的活菌且一般只能對幾個耐藥基因進行篩選檢測，而無法實現對于分離培養菌株的殺菌型產品中乳酸菌的耐藥基因進行檢測。

發明內容

本發明針對現有技術的不足，提供了一種基于高通量測序技術快速獲得殺菌型乳制品中益生菌耐藥基因的方法。該方法利用高通量測序技術，可以對殺菌型乳制品中乳酸菌耐藥菌基因進行了高效快速的篩選。

為實現上述目的，本發明采用如下技術方案：

一種基于高通量測序技術快速獲得殺菌型乳制品中益生菌耐藥基因的方法，其是先提取殺菌型乳制品的DNA，然后通過高通量測序技術結合生物信息學方法分析殺菌型乳制品中益生菌攜帶的耐藥基因。

根據本發明，所述的基于高通量測序技術快速獲得殺菌型乳制品中益生菌耐藥基因的方法，包括如下步驟：

步驟一、提取殺菌型乳制品的DNA；

步驟二、采用高通量測序技術獲得所述殺菌型乳制品的DNA的原始序列；

步驟三、采用高通量測序技術獲得所述殺菌型乳制品的DNA的優化序列；