[發(fā)明專(zhuān)利]一種槐蕾茶抗冠狀病毒肺炎的靶點(diǎn)篩選方法

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011031192.4
• 申請(qǐng)日: 2020-09-27
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN112185479A
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-01-05
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 張升校;郭姝駿;馮藝洋;喬軍;趙蓉;王燦;宋珊;張一凡
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 張升校
• 主分類(lèi)號(hào): G16C20/30
• 分類(lèi)號(hào): G16C20/30;G16C20/50;G16C20/20;G16C20/70
• 代理公司: 太原申立德知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(特殊普通合伙) 14115
• 代理人: 郭海燕

1.一種槐蕾茶抗冠狀病毒肺炎的靶點(diǎn)篩選方法，其特征在于：包括以下步驟：

步驟1、活性成分的篩選及靶標(biāo)預(yù)測(cè)；

步驟2、分子對(duì)接配體與受體的準(zhǔn)備；

步驟3、成分靶點(diǎn)分子對(duì)接篩選活性成分；

步驟4、疾病靶點(diǎn)的預(yù)測(cè)；

步驟5、構(gòu)建化合物-靶點(diǎn)-疾病網(wǎng)絡(luò)；

步驟6、關(guān)鍵靶點(diǎn)功能富集分析。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種槐蕾茶抗冠狀病毒肺炎的靶點(diǎn)篩選方法，其特征在于：所述步驟1、活性成分的篩選及靶標(biāo)預(yù)測(cè)的具體方法是：在中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)及分析平臺(tái)TCMSP檢索槐蕾茶已知活性成分，設(shè)置口服生物利用度OB≥30％和類(lèi)藥性DL≥0.18，篩選槐蕾茶活性成分，并查詢(xún)得到活性成分對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)，使用Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)驗(yàn)證有效靶點(diǎn)對(duì)應(yīng)的基因名稱(chēng)。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的一種槐蕾茶抗冠狀病毒肺炎的靶點(diǎn)篩選方法，其特征在于：所述步驟2、分子對(duì)接配體與受體的準(zhǔn)備的具體方法是：從TCMSP中導(dǎo)出槐蕾茶活性成分mol2結(jié)構(gòu)，通過(guò)Open Babel GUI選用MMFF94力場(chǎng)進(jìn)行能量?jī)?yōu)化，并保存為mol2格式；通過(guò)AutoDockTools-1.5.6賦予配體原子類(lèi)型、進(jìn)行電荷計(jì)算，并定義所有柔性鍵可旋轉(zhuǎn)，保存為pdbqt格式；從PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中下載SARS-CoV-2 3CL水解酶、SARS-CoV-2S蛋白ACE2和木瓜蛋白酶的PDB格式，導(dǎo)入PyMOL軟件去水分子，分離蛋白；導(dǎo)入AutoDockTools-1.5.6中進(jìn)行添加極性氫，計(jì)算Gasteiger電荷并分配電荷，保存為pdbqt文件。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的一種槐蕾茶抗冠狀病毒肺炎的靶點(diǎn)篩選方法，其特征在于：所述步驟3、成分靶點(diǎn)分子對(duì)接篩選活性成分的具體方法是：AutoDockTools軟件分別設(shè)置受體的格點(diǎn)參數(shù)文本文件，energy_range＝3，num_modes＝10，exhaustiveness＝8；運(yùn)用Autodock Vina軟件在linux虛擬環(huán)境下進(jìn)行對(duì)接，選取結(jié)合自由能小且構(gòu)象較好的作為結(jié)果；選取結(jié)合能≤-5.0kJ/mol的化合物作為槐蕾茶治療新型冠狀病毒肺炎的活性成分。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的一種槐蕾茶抗冠狀病毒肺炎的靶點(diǎn)篩選方法，其特征在于：所述步驟4、疾病靶點(diǎn)的預(yù)測(cè)的具體方法是：分別以“2019-nCoV”、“Novel CoronavirusPneumonia”、“coronavirus disease 2019”、“novel coronavirus 2019”為檢索詞查詢(xún)Genecards數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)出，新型冠狀病毒肺炎相關(guān)基因靶點(diǎn)，篩選得分≥1的基因。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的一種槐蕾茶抗冠狀病毒肺炎的靶點(diǎn)篩選方法，其特征在于：所述步驟5、構(gòu)建化合物-靶點(diǎn)-疾病網(wǎng)絡(luò)的具體方法是：將槐蕾茶活性成分潛在靶點(diǎn)和疾病靶點(diǎn)分別通過(guò)Venny 2.1.0工具取交集。將交集內(nèi)靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING 11.0平臺(tái)，物種設(shè)置為“homo sapiens”，設(shè)置置信度“minimum required interation score”為“mediumconfidence 0.400”，隱藏網(wǎng)絡(luò)中斷開(kāi)連接的節(jié)點(diǎn)；整合蛋白相互作用信息與化合物-靶點(diǎn)信息分別構(gòu)建化合物-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)，運(yùn)用“Network Analyzer”功能進(jìn)行拓?fù)鋵W(xué)分析度值Degree、介數(shù)中心性Betweenness Centrality、緊密中心性Closeness Centrality；將槐蕾茶PPI網(wǎng)絡(luò)通過(guò)“Merge”功能進(jìn)行合并，得到槐蕾茶治療新冠肺炎靶點(diǎn)關(guān)系。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的一種槐蕾茶抗冠狀病毒肺炎的靶點(diǎn)篩選方法，其特征在于：所述步驟6、關(guān)鍵靶點(diǎn)功能富集分析的具體方法是：運(yùn)用“MCODE”功能將槐蕾茶治療新冠肺炎靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行聚類(lèi)分析篩選，通過(guò)Metascape在線分析平臺(tái)進(jìn)行Biological Process、Cellular Component、Molecular Function與KEGG Pathway分析。

8.一種槐蕾茶抗新型冠狀病毒肺炎的應(yīng)用，其特征在于：槐蕾茶作為藥茶預(yù)防新冠肺炎。