[發明專利]一種基因組瘢痕模型的建立方法

有效

• 申請號: 202010932026.5
• 申請日: 2020-09-07
• 公開（公告）號: CN112164420B
• 公開（公告）日: 2021-07-20
• 發明（設計）人: 楊爽;董華;陳學俊;胡靖;黃紅偉;鄭方克;鄭立謀
• 申請（專利權）人: 廈門艾德生物醫藥科技股份有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16H50/50
• 代理公司: 廈門市首創君合專利事務所有限公司 35204
• 代理人: 張松亭;姜謐

1.一種基因組瘢痕模型的建立方法，其特征在于：包括如下步驟：

（1）收集已知的陽性樣本和陰性樣本，組成訓練集；

（2）對上述訓練集中的CNV的情況進行分析，確定CNV的類型及相應的數量；

（3）確定BRCAness陽性事件和BRCAness陰性事件；BRCAness陽性事件包括：BRCA1/2中任意之一中，一個等位基因發生致病或疑致病性突變，另一個等位基因發生雜合性缺失；BRCA1/2中任意之一中，發生兩個致病或疑似致病性突變；BCRA1中一個等位基因發生雜合性缺失，另一個等位基因啟動子區域發生甲基化；BRCAness陰性事件為：HRR相關基因為野生型，并且對應等位基因沒有發生雜合性缺失，或其啟動子區域沒有甲基化；

（4）通過機器學習方法，根據訓練集中的BRCAness陽性事件、BRCAness陰性事件，訓練獲得步驟（2）所確定的不同類型的CNV的權重，然后將不同類型的CNV帶權重累加，得到用以計算GSS的基因組瘢痕模型；

（5）另外收集已知的陽性樣本和陰性樣本，組成測試集，并按照步驟（2）獲得測試集中CNV的類型及相應的數量；

（6）將步驟（5）所獲得的結果代入步驟（4）得到的基因組瘢痕模型，以計算測試集的GSS，并根據GSS的分數驗證上述基因組瘢痕模型，即成。

2.如權利要求1所述的建立方法，其特征在于：所述步驟（2）中的CNV的類型根據變異片段長度、變異片段類型以及變異片段在基因組的位置而確定。

3.如權利要求2所述的建立方法，其特征在于：所述變異片段的長度分為5-10M的短片段、大于10M且小于等于15M的中片段和大于15M的長片段。

4.如權利要求2所述的建立方法，其特征在于：所述變異片段類型包括雜合性缺失、變異片段鏈不平衡性擴增和變異片段鏈平衡性擴增。

5.如權利要求2所述的建立方法，其特征在于：所述變異片段在基因組上的位置包括變異片段位于端粒側、變異片段位于著絲粒區域內以及變異片段位于除端粒側和著絲粒區域內以外的位置。

6.權利要求1至5中任一權利要求所述的建立方法所建立的基因組瘢痕模型在富集HRR突變相關人群中的應用。

7.權利要求1至5中任一權利要求所述的建立方法所建立的基因組瘢痕模型在富集鉑類用藥敏感性人群中的應用。

8.權利要求1至5中任一權利要求所述的建立方法所建立的基因組瘢痕模型在富集PARPi用藥敏感性人群中的應用。