[發明專利]一種肺癌篩查模型的構建方法以及肺癌篩查的試劑盒

在審

• 申請號: 202010915503.7
• 申請日: 2020-09-03
• 公開（公告）號: CN114141303A
• 公開（公告）日: 2022-03-04
• 發明（設計）人: 楊浩;王寅;白健;鄭璐;孫福明;吳琳;杜鳳霞;陳碧思;李嫻;鄭瀅
• 申請（專利權）人: 福建和瑞基因科技有限公司;北京和瑞精準醫療器械科技有限公司
• 主分類號: G16B5/00
• 分類號: G16B5/00;G16B30/10;G16B35/20;G16B40/00
• 代理公司: 北京超凡宏宇專利代理事務所(特殊普通合伙) 11463
• 代理人: 陳秋夢

本發明公開了一種肺癌篩查模型的構建方法以及肺癌篩查的試劑盒，涉及腫瘤檢測技術領域，該構建方法通過將肺癌患者和健康人群基因組中目標區域的甲基化水平的測試數據作為輸入數據，能構建準確率較高的肺癌篩查模型，該模型相對于傳統的臨床檢測手段以及傳統腫瘤標志物而言，具有更好的檢測靈敏度和特異性，為肺癌的早期篩查或治療提供了一種新的途徑。

技術領域

本發明涉及腫瘤檢測技術領域，具體而言，涉及一種肺癌篩查模型的構建方法以及肺癌篩查的試劑盒。

背景技術

癌癥是由影響某些通路功能的特定癌癥基因，經過持續的一系列改變所引起的，并且通常需要幾十年才能形成，因此絕大多數癌癥在前90％的生命周期內未被檢測到。有數據表明，癌癥篩查在具有明確定義早期階段的癌癥類型中非常有效，這些癌癥類型很可能發展為惡性疾病。

在美國，從1975年到2012年，通過篩查，結直腸癌的發病率和死亡率下降了將近50％，反之亦然，有63％的結直腸癌患者死亡歸因于缺少篩查。癌癥早期檢測和篩查的重要性也反映在不同結直腸癌階段的生存率中，I期、II期、III期和IV期的存活率分別為94％、82％、67％和11％。由此可見，若能在癌癥早期時，通過篩查及時發現并治療，能顯著提高癌癥患者的存活率。且晚期癌癥仍難以攻克，及早發現并治療仍然是目前治療癌癥最有效的手段，因此，提升腫瘤檢測的靈敏度對于提高癌癥患者生存率具有重大意義。

而對于腫瘤的診斷，目前臨床上主要依賴影像學檢查、特異性腫瘤標志物以及基于ctDNA點突變的血液檢測。影像學檢測主要包括超聲檢測，計算機斷層掃描(CT)檢查，磁共振(MRI)等，但這些檢測手段除了檢測的靈敏度有限之外，對人體器官也有一定的損傷。

當前利用ctDNA進行癌癥檢測的大多數研究均集中在癌癥相關基因突變的檢測上。然而，基于ctDNA點突變實施早期癌癥檢測的方法具有諸多挑戰。第一，早期癌癥患者的ctDNA水平通常遠低于晚期癌癥患者。第二，不同于利用腫瘤組織的基因組變異監控ctDNA，預先并不能知曉在單個病人的腫瘤中可能存在哪些特定的突變。第三，良性組織中出現癌癥相關突變，導致潛在的假陽性。尤其是克隆性造血，事實上，10％～15％的70歲以上的個體都具有克隆性造血。此外，在良性色素痣中觀察到BRAF V600突變。一項研究中，在123個匹配的非癌癥對照組的cfDNA中，11.4％的個體具有TP53突變。最后，由于許多癌癥都具有TP53和KRAS等基因突變，因此在檢測到ctDNA突變后，如何將早期癌癥定位到特定的器官部位是一個重大挑戰。

腫瘤標志物檢測主要包括酶學檢測：血漿腫瘤標志物檢測是常用于腫瘤篩查和術后監測的常用臨床檢測手段；癌胚抗原(CEA)是一種“廣譜”的腫瘤標志物，有研究表明，CEA診斷肺癌的靈敏度和特異性分別為69％和68％。臨床上肺癌比較常用的標志物還有細胞角質蛋白19片段抗原(C YFRA21-1)及神經元特異性烯醇化酶(NSE)抗原，此兩種抗原分別在診斷鱗癌和小細胞癌中更有優勢。但是由于腫瘤的異質性，尚未發現特異性和靈敏度足夠高的用于診斷早期肺癌的腫瘤標志物。如堿性磷酸酶，在肝癌和骨肉瘤患者可明顯升高；糖蛋白，如肺癌血清ɑ酸性糖蛋白可有升高，消化系統腫瘤CA19-9等增高；腫瘤相關抗原，如癌胚抗原(CEA)在胃腸道腫瘤、肺癌、乳腺癌中可出現增高，甲胎蛋白(AFP)在肝癌和惡性畸胎瘤中可增高。目前，腫瘤標記物缺乏特異性，僅在輔助診斷和判斷預后等方面仍有一定價值。

鑒于此，特提出本發明。

發明內容

本發明的目的在于提供一種肺癌篩查模型的構建方法以及肺癌篩查的試劑盒。

本發明是這樣實現的：

第一方面，實施例提供了一種肺癌篩查模型的構建方法，其包括將待測樣本基因組中目標區域的甲基化水平作為輸入數據，通過機器學習的方法構建肺癌篩查模型；

所述目標區域選自表1中第1～136項中的至少一項；

表1目標區域