[發(fā)明專利]用于靶向測序的通用雜交增強劑及方法

在審

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• 申請日: 2020-08-31
• 公開（公告）號: CN111961711A
• 公開（公告）日: 2020-11-20
• 發(fā)明（設計）人: 盧亞明;陳文浩;韓營民
• 申請（專利權）人: 伯科生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6874
• 分類號: C12Q1/6874
• 代理公司: 北京北匯律師事務所 11711
• 代理人: 高元吉

本發(fā)明公開用于靶向測序的通用雜交增強劑及方法。本發(fā)明的雜交增強劑能夠高效封閉接頭序列，且不受接頭序列中Index的影響，操作簡便，封閉效率高，能夠有效降低背景信號，提升有效數(shù)據(jù)量，減少測序成本。

技術領域

本發(fā)明涉及基因測序領域，具體地涉及用于靶向測序的通用雜交增強劑及靶向測序方法。

背景技術

在高通量測序領域，雜交捕獲技術是利用核酸分子之間互補配對原理，通過帶有生物素修飾的探針分子高效富集感興趣的目標區(qū)域，從而減少非目標區(qū)域數(shù)據(jù)占比，提高數(shù)據(jù)有效率，是一種實用性高、成本較低的靶向測序技術。目前，雜交捕獲技術已經(jīng)廣泛應用于臨床診斷，例如腫瘤用藥的伴隨診斷，遺傳病輔助診斷等。

對于人類基因相關的雜交捕獲，探針與文庫(也稱為預文庫)的雜交反應包括以下組分，探針、文庫、Human Cot1 DNA和雜交增強劑。其中，探針是與文庫中的目標序列結合，靶向富集含有目標序列的文庫；Human Cot1DNA用于封閉文庫序列中重復序列，減少背景信號；由于文庫中含有相同的接頭序列，文庫與文庫之間會通過接頭序列的互補配對發(fā)生串聯(lián)反應，導致背景信號增加，目標序列占比降低。因此，雜交增強劑的作用在于封閉文庫中的接頭序列，阻斷文庫之間的串聯(lián)反應發(fā)生，提高數(shù)據(jù)利用率。

雜交捕獲技術可以一次完成對幾百萬堿基的基因組區(qū)間的檢測，通量非常高，結合高通量測序儀，可以一次完成多個樣本的檢測。但是為了區(qū)分不同的樣本，每個樣本的文庫都具有特定的標簽(Index)，以便高通量測序儀進行識別。在雜交反應時，需要加入與Index對應的雜交增強劑。例如，對帶有12種Index的12個文庫進行雜交捕獲就需要12種雜交增強劑，操作較為繁瑣，流程不流暢，也不利于自動化平臺的建立。因此，迫切需要一種通用雜交增強劑，該雜交增強劑能夠兼容不同的Index，在雜交反應時，無論Index的多與少，都只需要一種通用雜交增強劑。

發(fā)明內(nèi)容

針對現(xiàn)有技術中的至少部分技術問題，本發(fā)明開發(fā)了一種用于雜交捕獲的通用雜交增強劑，該雜交增強劑能夠高效封閉接頭序列，且不受接頭序列中Index的影響，操作簡便，封閉效率高，能夠有效降低背景信號，提升有效數(shù)據(jù)量，減少測序成本。

本發(fā)明的第一方面，提供一種用于靶向測序的通用雜交增強劑，其中，所述通用雜交增強劑能夠與文庫中至少一個核酸片段的兩個末端結合，從而形成環(huán)狀結構，所述通用雜交增強劑包括第一結合部或其互補序列、第二結合部或其互補序列和第三結合部或其互補序列，當文庫中核酸片段的正鏈沿5’端至3’方向依次包括第一接頭、插入片段和第二接頭，且第一接頭沿5’端至3’方向依次包括序列A和序列B，第二接頭沿5’端至3’方向依次包括序列C和序列D時，所述第一結合部能夠同時與序列A或其部分連續(xù)序列和序列D或其部分連續(xù)序列互補結合，所述第二結合部能夠與序列B或其部分連續(xù)序列互補結合，所述第三結合部能夠與序列C或其部分連續(xù)序列互補結合。

根據(jù)本發(fā)明所述的用于靶向測序的通用雜交增強劑，優(yōu)選地，所述第一結合部、所述第二結合部和所述第三結合部中的至少之一包含核苷酸類似物。

根據(jù)本發(fā)明所述的用于靶向測序的通用雜交增強劑，優(yōu)選地，所述核苷酸類似物選自LNA、BNA和MGB組成的組中的至少一種。

根據(jù)本發(fā)明所述的用于靶向測序的通用雜交增強劑，優(yōu)選地，所述第一結合部與所述第二結合部之間或所述第一結合部與所述第三結合部之間通過共價鍵或連接子連接；或者所述第一結合部與所述第二結合部之間和所述第一結合部與所述第三結合部之間各自通過共價鍵或連接子連接。

根據(jù)本發(fā)明所述的用于靶向測序的通用雜交增強劑，優(yōu)選地，所述共價鍵包括磷酸二酯鍵，所述連接子包括C3間隔臂。

根據(jù)本發(fā)明所述的用于靶向測序的通用雜交增強劑，優(yōu)選地，所述通用雜交增強劑的Tm值在70-90℃。

根據(jù)本發(fā)明所述的用于靶向測序的通用雜交增強劑，優(yōu)選地，所述通用雜交增強劑的3’末端含有封閉修飾。