[發明專利]用于檢測甜瓜疫病抗性的CAPS標記及其應用

有效

• 申請號: 202010860895.1
• 申請日: 2020-08-25
• 公開（公告）號: CN111763764B
• 公開（公告）日: 2022-08-02
• 發明（設計）人: 王平勇;徐志紅;徐永陽;付楠;趙光偉;賀玉花;孔維虎;張健
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院鄭州果樹研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京動力號知識產權代理有限公司 11775
• 代理人: 梁艷

本發明提供了一種與甜瓜抗疫病基因緊密連鎖的CAPS標記，其特征在于，所述CAPS標記的多態性位點位于甜瓜基因組3.5.1版本12號染色體22,902,391的位置，為G/C多態性；本發明還提供了上述分子標記在甜瓜育種、品種鑒定以及制備相應試劑盒中的應用。

技術領域

本申請屬于農業分子生物學檢測技術領域，具體地，本申請提供了一種與甜瓜抗疫病基因緊密連鎖的CAPS標記及其相應引物，檢測方法和應用。

背景技術

甜瓜是葫蘆科黃瓜屬(Cucumis melo L.)作物，在我國是一種重要的園藝作物。據聯合國糧農組織統計，我國的甜瓜栽培面積和產量均位居世界首位，對提高農民收入、推動農業供給側結構改革發揮了重要作用。

疫病是由疫霉菌侵染引起的具有毀滅性的土傳病害，可以通過雨水、土壤、空氣傳播，高溫高濕的環境可促進疫病的發生和流行。疫霉菌可侵染甜瓜植株的根、莖、葉、果實等各個組織和器官，發病周期短，傳播速度快，對產業構成嚴重威脅。化學防治是最常用的防治方法，但由于疫霉菌可以以厚垣孢子的形式在土壤中存活數年，對外界環境的耐受性較強。嫁接可以有效防治疫病的危害，但容易降低果品品質，選育抗疫病品種是有效控制甜瓜疫病最安全、經濟、環保的途徑。因此，開發甜瓜抗疫病基因連鎖標記，將有利于高效改良甜瓜的疫病抗性，為抗病分子育種提供技術支撐。但目前還未有抗疫病基因被定位或克隆，也沒有與抗病基因緊密連鎖的分子標記被報道(目前報道的甜瓜分子標記基本集中于農藝性狀、抗白粉病等方面)。

發明內容

發明人以甜瓜抗疫病材料ZQK9作為父本，高感材料E31作為母本，兩親本雜交獲得F₁群體，然后F₁代自交獲得F₂群體，回交獲得BC₁P₁和BC₁P₂群體。利用在田間感病甜瓜植株中分離的疫霉菌菌株，采用灌根接種法對兩個親本及各個單株進行抗病性鑒定，從而進行遺傳分析。結果表明，甜瓜抗病材料ZQK9對疫病的抗性符合單顯性基因的遺傳模式，其抗性可能由一個顯性基因控制。采用全基因組重測序(Whole Genome Resequencing,WGR)和混合分組分析法(Bulked Segregation Analysis，BSA法)相結合的方法，通過生物信息學分析，檢測親本間的SNP差異位點，計算混池間這些差異位點的頻率，確定目標基因所處染色體區段。利用甜瓜全基因重測序信息，對初步定位基因區間進行基因組序列比對，獲取與甜瓜材料表型性狀完全符合的候選SNP位點；并將結合遺傳分離群體驗證分析及自然群體驗證分析，迅速獲取與目的性狀緊密連鎖的標記，可應用于抗疫病分子輔助育種，為甜瓜抗病分子育種提供技術支撐，同時大大縮短了傳統基因定位的時間。

一方面，本發明提供了一種與甜瓜抗疫病基因緊密連鎖的CAPS標記，其特征在于所述CAPS標記的多態性位點位于甜瓜基因組3.5.1版本12號染色體22,902,391的位置，為G/C多態性。

進一步地，所述CAPS標記以以下引物擴增獲得：

上游引物序列：5’-TATGTAACTGCTATCTCCCTAA-3’(SEQ ID NO.1)；

下游引物序列：5’-GGTTACTGGAGCTTTGGCTC-3’(SEQ ID NO.2)。

進一步地，所述CAPS標記以Fau I酶切判斷多態性。

另一方面，本申請提供了上述CAPS標記在甜瓜育種中的應用。

另一方面，本申請提供了上述CAPS標記在甜瓜品種鑒定中的應用。

進一步地，應用包括：

使用以下引物擴增：

上游引物序列：5’-TATGTAACTGCTATCTCCCTAA-3’(SEQ ID NO.1)；