[發(fā)明專利]構(gòu)建腫瘤突變負(fù)荷TMB面板的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202010856670.9
• 申請(qǐng)日: 2020-08-24
• 公開（公告）號(hào): CN111951893B
• 公開（公告）日: 2022-11-15
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 謝嬋;彭亮;吳和維;鄭杏容;高志良
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中山大學(xué)附屬第三醫(yī)院
• 主分類號(hào): G16B30/00
• 分類號(hào): G16B30/00;G16B40/00;G16H50/20;G16H50/70;C12Q1/6869;C12Q1/6886
• 代理公司: 廣州匯盈知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 44603
• 代理人: 張蓓蓓

本發(fā)明公開了構(gòu)建腫瘤突變負(fù)荷TMB面板的方法，包括下列步驟：1)獲取腫瘤患者的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，分為高TMB組和低TMB組；2)篩選所述高TMB組和低TMB組兩組間的免疫相關(guān)差異表達(dá)基因DEGs，并進(jìn)行富集分析；3)通過ImmuneCellAI進(jìn)行免疫細(xì)胞浸潤分析，篩選出潛在的關(guān)鍵免疫細(xì)胞；4)篩選出與患者預(yù)后的腫瘤免疫相關(guān)基因；5)建立不同顏色的模塊和可能影響預(yù)后的免疫性狀的相關(guān)矩陣；6)選擇WCGNA中與巨噬細(xì)胞、DC、MAIT和浸潤積分具有較好相關(guān)性的基因，初步得到TMB?IF基因面板。本發(fā)明還提供了腫瘤突變負(fù)荷TMB面板的使用方法。本發(fā)明構(gòu)建出的腫瘤突變負(fù)荷TMB面板在使用時(shí)測序成本低，對(duì)DNA輸入要求低，具有更短的周轉(zhuǎn)時(shí)間，可進(jìn)行更深層次的測序，提高突變檢測靈敏度。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及構(gòu)建腫瘤突變負(fù)荷TMB面板的方法及其使用方法的技術(shù)。

背景技術(shù)

目前，PD-1抑制劑主要被批準(zhǔn)用于對(duì)索拉菲尼反應(yīng)不良的晚期肝癌患者的二線治療，但是由于治療反應(yīng)不同，能夠很好地預(yù)測免疫治療效果的生物標(biāo)志物仍然在尋找中。目前PD-1/PD-L1表達(dá)水平、腫瘤突變負(fù)荷(TMB)、高微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI-H)、腫瘤浸潤性T細(xì)胞含量和中性粒細(xì)胞-淋巴細(xì)胞比率(NLR)是相對(duì)廣泛接受的反映免疫治療療效的預(yù)測指標(biāo)。不過這些指標(biāo)在不同的腫瘤中其預(yù)測效能不一，在肺癌、黑色素瘤中應(yīng)用較廣，而在其他腫瘤中其預(yù)測性一直受到質(zhì)疑。隨后的研究和大多數(shù)臨床試驗(yàn)表明，腫瘤突變負(fù)荷在預(yù)測免疫治療的療效方面確實(shí)有一定價(jià)值。腫瘤突變負(fù)荷高的患者更有可能在免疫治療中獲益。全外顯子組測序是評(píng)價(jià)腫瘤突變負(fù)荷的金標(biāo)準(zhǔn)，但是全外顯子組測序應(yīng)用到臨床試驗(yàn)有以下難點(diǎn)：1、樣本數(shù)量有限；2、送檢時(shí)間限制；3、檢測結(jié)果準(zhǔn)確性較低；4、高費(fèi)用。

發(fā)明內(nèi)容

為了克服現(xiàn)有技術(shù)的缺陷，本發(fā)明的目的是提供一種構(gòu)建腫瘤突變負(fù)荷TMB面板的方法，構(gòu)建出的腫瘤突變負(fù)荷面板在使用時(shí)測序成本低，對(duì)DNA輸入要求低，具有更短的周轉(zhuǎn)時(shí)間，可進(jìn)行更深層次的測序，提高突變檢測靈敏度。本發(fā)明的目的是還提供腫瘤突變負(fù)荷面板的使用方法。

本發(fā)明通過以下技術(shù)路線來實(shí)現(xiàn)：本發(fā)明構(gòu)建腫瘤突變負(fù)荷TMB面板的方法，其特征在于，構(gòu)建腫瘤突變負(fù)荷TMB面板的方法包括下列步驟：1)獲取腫瘤患者的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，所述轉(zhuǎn)錄組是指miRNA表達(dá)的定量轉(zhuǎn)錄組，依據(jù)影響患者生存的最佳腫瘤突變負(fù)荷臨界值，將轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分為高腫瘤突變負(fù)荷組和低腫瘤突變負(fù)荷組；2)篩選步驟1)中的高腫瘤突變負(fù)荷組和低腫瘤突變負(fù)荷組兩組間的免疫相關(guān)差異表達(dá)基因DEGs，并且對(duì)DEGs的基因本體進(jìn)行富集分析，得到差異基因間的蛋白質(zhì)相互作用PPI信息，繪制PPI網(wǎng)絡(luò)圖，并以此篩選出排名靠前的若干個(gè)節(jié)點(diǎn)；3)步驟1)中的高腫瘤突變負(fù)荷組和低腫瘤突變負(fù)荷組兩組的轉(zhuǎn)錄組表達(dá)數(shù)據(jù)通過ImmuneCellAI進(jìn)行免疫細(xì)胞浸潤分析，并以此繪制所有免疫細(xì)胞的Kaplan-Meier生存曲線，最終篩選出潛在的關(guān)鍵免疫細(xì)胞；4)將步驟3)中潛在的關(guān)鍵免疫作為獨(dú)立的免疫性狀納入到加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析WCGNA，篩選出與患者預(yù)后的腫瘤免疫相關(guān)基因；5)建立不同顏色的模塊和可能影響預(yù)后的免疫性狀的相關(guān)矩陣；6)選擇WCGNA中與巨噬細(xì)胞、DC、MAIT和浸潤積分具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義上顯著性的基因，用正向和反向似然比法進(jìn)行多元Cox回歸篩選，初步得到腫瘤突變負(fù)荷基因面板。

篩選出15個(gè)具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的基因：DCN、EVI2A、FPR3、DSE、FYB1、P2RY13、CSF2RB、GEM、PMP22、SLC9A9、CTSS、CYBB、VCAM1、DOCK8和SYK，構(gòu)成最終的腫瘤突變負(fù)荷基因面板。

步驟2)中篩選出排名靠前的節(jié)點(diǎn)數(shù)為10節(jié)點(diǎn)。