[發明專利]構建腫瘤突變負荷TMB面板的方法

有效

• 申請號: 202010856670.9
• 申請日: 2020-08-24
• 公開（公告）號: CN111951893B
• 公開（公告）日: 2022-11-15
• 發明（設計）人: 謝嬋;彭亮;吳和維;鄭杏容;高志良
• 申請（專利權）人: 中山大學附屬第三醫院
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G16B40/00;G16H50/20;G16H50/70;C12Q1/6869;C12Q1/6886
• 代理公司: 廣州匯盈知識產權代理事務所(普通合伙) 44603
• 代理人: 張蓓蓓

1.一種構建腫瘤突變負荷TMB面板的方法，其特征在于，構建腫瘤突變負荷TMB面板的方法包括下列步驟：

1)獲取腫瘤患者的轉錄組數據，所述轉錄組是指miRNA表達的定量轉錄組，依據影響患者生存的最佳TMB臨界值，將轉錄組數據分為高TMB組和低TMB組；

2)篩選步驟1)中的高TMB組和低TMB組兩組間的免疫相關差異表達基因DEGs，并且對DEGs的基因本體進行富集分析，得到差異基因間的蛋白質相互作用PPI信息，繪制PPI網絡圖，并以此篩選出排名靠前的若干個節點；

3)步驟1)中的高TMB組和低TMB組兩組的轉錄組表達數據通過ImmuneCellAI進行免疫細胞浸潤分析，并以此繪制所有免疫細胞的Kaplan-Meier生存曲線，最終篩選出潛在的關鍵免疫細胞；

4)將步驟3)中潛在的關鍵免疫作為獨立的免疫性狀納入到加權基因共表達網絡分析WCGNA，篩選出與患者預后的腫瘤免疫相關基因；

5)建立不同顏色的模塊和可能影響預后的免疫性狀的相關矩陣；

6)選擇WCGNA中與巨噬細胞、DC、MAIT和浸潤積分具有統計學意義上顯著性的基因，用正向和反向似然比法進行多元Cox回歸篩選，初步得到TMB-IF基因面板。

2.根據權利要求1所述構建腫瘤突變負荷TMB面板的方法，其特征在于，篩選出15個具有統計學意義的基因：DCN、EVI2A、FPR3、DSE、FYB1、P2RY13、CSF2RB、GEM、PMP22、SLC9A9、CTSS、CYBB、VCAM1、DOCK8和SYK，構成最終的TMB-IF面板。

3.根據權利要求1所述構建腫瘤突變負荷TMB面板的方法，其特征在于，步驟2)中篩選出排名靠前的節點數為10節點。