[發明專利]一種位于豬9號染色體上與陰囊疝發生相關的SNP分子標記及應用

有效

• 申請號: 202010788474.2
• 申請日: 2020-08-07
• 公開（公告）號: CN111808974B
• 公開（公告）日: 2022-04-22
• 發明（設計）人: 吳珍芳;楊杰;莊站偉;吳杰;楊明;蔡更元;鄭恩琴;曾海玉;李紫聰;顧婷;徐錚
• 申請（專利權）人: 華南農業大學;溫氏食品集團股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6883;C12N15/11
• 代理公司: 佛山市君創知識產權代理事務所(普通合伙) 44675
• 代理人: 許菲菲

本發明屬于分子生物技術和分子標記技術領域，具體涉及一種位于豬9號染色體上與陰囊疝發生相關的SNP分子標記及應用。所述的位于豬9號染色體上與陰囊疝發生相關的SNP分子標記的SNP位點對應于國際豬基因組11.1版本參考序列9號染色體上第128013229位GA突變。本發明通過優選該SNP的優勢等位基因，能夠逐代增加優勢等位基因頻率，降低種豬陰囊疝發生率，減少育種損失的同時提高動物福利，加快豬遺傳缺陷的抗病育種進展從而有效提高種豬育種的經濟效益。

技術領域

本發明屬于分子生物技術和分子標記技術領域，具體涉及一種位于豬9號染色體上與陰囊疝發生相關的SNP分子標記及應用。

背景技術

豬的遺傳缺陷是一類由遺傳因素引起的機體結構或功能上的缺陷，一般情況下，其受基因組上多基因控制，遺傳機制復雜。在養豬生產中，較為常見的遺傳缺陷包括陰囊疝/腹股溝疝、臍疝、鎖肛和八字腳等。因其發生率較低，往往導致育種工作者重視程度不高，研究進展緩慢。作為較為突出的一種遺傳缺陷，陰囊疝是由于腹股溝管周圍的肌肉組織缺陷造成的，腹部內容物會掉入陰囊內，從而導致患病個體生長速度慢，飼料報酬低，增加養殖成本，且其只在公豬中表現。據統計，陰囊疝的發生率一般在0.3％～8.3％之間。在大規模種豬群體中，豬的遺傳缺陷往往會導致部分具有其他優秀生產性能的種豬被淘汰從而給養豬生產帶來巨大的經濟損失，甚至擾亂既定的育種計劃。因此，為了解析導致豬陰囊疝發生的遺傳機制，在基因組上鑒別影響陰囊疝發生的數量性狀基因座(Quantitativetrait loci，QTL)和致病基因顯得極為重要。

在實際育種生產中，發生陰囊疝的公豬不會再留作種用，甚至會導致其家系的個體都被淘汰，這就會限制優秀基因在群體中的快速擴散。傳統的育種選育是根據表現型來做出初步判斷，但這種基于表型的選擇并不能從根本上解決陰囊疝的發生，因此采用常規育種方法難以快速實現預期的育種目標。而利用分子生物學的方法，在基因組上找到影響豬陰囊疝發生的遺傳因素則有望迅速降低陰囊疝的發生從而減少育種損失。以往的研究采用微衛星標記等方法在豬基因組上鑒別到了一些影響豬陰囊疝的QTL，但因其置信區間較大(大于20Mb)且其內包含幾十個基因，導致無法精確錨定到致病基因。隨著高通量測序技術的發展，通過檢測豬全基因組上的單核苷酸多態(Single nucleotide polymorphisms,SNP)，結合全基因組關聯分析(Genome-wide association study,GWAS)技術,可鑒別到影響豬陰囊疝的QTL和致病基因，進而進一步挖掘突變位點。因此，在豬的抗病育種進程中可以利用GWAS鑒別到的SNP進行分子標記輔助選擇和基因組選擇，這將對患豬陰囊疝病的個體篩選奠定分子基礎，為進一步解析該病發生的遺傳機制提供依據。本申請在長白豬種豬群體中采用GWAS的策略鑒定到一個SNP位點，結果表明該SNP位點與豬陰囊疝具有一定的關聯性。

發明內容

為了克服現有技術的不足和缺點，本發明的首要目的在于提供一種位于豬9號染色體上與陰囊疝發生相關的SNP分子標記。

本發明的另一目的在于提供上述位于豬9號染色體上與陰囊疝發生相關的SNP分子標記的應用。

本發明的再一目的在于提供一種鑒定上述SNP分子標記的引物對。

本發明的第四個目的在于提供上述引物對的應用。

本發明的第五個目的在于提供一種豬的遺傳改良方法。

本發明的目的通過下述技術方案實現：

一種位于豬9號染色體上與陰囊疝發生相關的SNP分子標記，其SNP位點對應于國際豬基因組11.1版本參考序列9號染色體上第128013229位GA突變；

所述的位于豬9號染色體上與陰囊疝發生相關的SNP分子標記的核苷酸序列如SEQID NO：1所示，其中序列中的M是G或A，導致豬陰囊疝發生比例的差異；