[發明專利]一種檢測SMN1拷貝數的熒光定量擴增體系及試劑盒

在審

• 申請號: 202010782028.0
• 申請日: 2020-08-06
• 公開（公告）號: CN111944890A
• 公開（公告）日: 2020-11-17
• 發明（設計）人: 陳瑩;張奇;王怡慧;張穎;張曄
• 申請（專利權）人: 北京閱微基因技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12Q1/686;C12N15/11
• 代理公司: 北京兆君聯合知識產權代理事務所(普通合伙) 11333
• 代理人: 胡敬紅

1.一種檢測SMN1基因拷貝數的熒光定量擴增體系，其特征在于：擴增體系中含有下述特異性引物：

(1)檢測內參基因的三條寡核苷酸：上游引物、下游引物和探針，

(2)擴增檢測目的基因SMN1 Exon7或/和SMN1 Exon7的三條寡核苷酸：上游引物、下游引物和探針，

(3)抑制SMN2擴增和/或產生熒光信號的Blocker。

2.根據權利要求1所述的擴增體系，所述抑制SMN2擴增和/或產生熒光信號的Blocker為：

SMN2 Exon7特異性Blocker：

SMN2 Blocker Exon7：5′–CTTCTTTTTGATTTTGTCTAAAACCCTGTAAGGA–C3 spacer–3′。

3.根據權利要求2所述的擴增體系，所述擴增檢測目的基因SMN1 Exon7的三條寡核苷酸分別為：

SMN1 Exon7上游引物：SMN1-e7-F：5′–CAAAATGCTTTTTAACATCCATATAAAGC–3′，

SMN1 Exon7下游引物：SMN1-e7-R：5′–ATGTGAGCACCTTCCTTCTTTTTG–3′，

SMN1 Exon7特異性探針：SMN1-e7-Probe：5′–FAM-TTTGTCTGAAACCCTG-MGB–3′。

4.根據權利要求1所述的擴增體系，所述抑制SMN2擴增和/或產生熒光信號的Blocker為：

SMN2 Exon8特異性Blocker：

SMN2 Blocker Exon8：5′–GGCCTCCCACCCCCACCTCAGTCTTTTACAG–C3 spacer–3′。

5.根據權利要求4所述的擴增體系，所述擴增檢測目的基因SMN1 Exon8的三條寡核苷酸分別為：

SMN1 Exon8上游引物：SMN1-e8-F：5′–AAGTGGAATGGGTAACTCTTC–3′

SMN1 Exon8下游引物：SMN1-e8-R：5′–ACCGTGCTGGCCTCCCAC–3′

SMN1 Exon8特異性探針：SMN1-e8-Probe：5′–FAM-CCCACCCCAGTCT-MGB–3′。

6.根據權利要求1-5任一所述的擴增體系，所述檢測內參基因的三條寡核苷酸：

ACTIN上游引物：ACTIN-F：5′–TCTGCCTTACAGATCATGTTTGAGAC–3′

ACTIN下游引物：ACTIN-R：5′–GTACGGCCAGAGGCGTACAG–3′

ACTIN特異性探針：ACTIN-Probe：5′–HEX-AACACCCCAGCCAT-MGB–3′。

7.根據權利要求6任一所述的擴增體系，所述引物添加有修飾或以修飾堿基取代正常堿基，所述修飾為熒光集團修飾、磷酸化修飾、硫代磷酸化修飾、鎖核酸修飾或肽核酸修飾；或者所述引物在3’端-2至-15位改動1至3個堿基和/或在引物3’端-15位之后的序列進行改動，所述改動包括末端增加其他序列、刪除部分末端序列、改變部分堿基序列。

8.根據權利要求7所述的擴增體系，所述擴增體系中還包括PCR緩沖液和DNA聚合酶。

9.一種用于檢測SMN1基因拷貝數的試劑盒，所述試劑盒包括權利要求1-7任一檢測SMN1基因拷貝數的熒光定量擴增體系。

10.根據權利要求9所述的試劑盒，所述擴增體系中包括下述特異性引物：

SMN1 Exon7上游引物：SMN1-e7-F：5′–CAAAATGCTTTTTAACATCCATATAAAGC–3′，

SMN1 Exon7下游引物：SMN1-e7-R：5′–ATGTGAGCACCTTCCTTCTTTTTG–3′，

SMN1 Exon7特異性探針：SMN1-e7-Probe：5′–FAM-TTTGTCTGAAACCCTG-MGB–3′，

ACTIN上游引物：ACTIN-F：5′–TCTGCCTTACAGATCATGTTTGAGAC–3′，

ACTIN下游引物：ACTIN-R：5′–GTACGGCCAGAGGCGTACAG–3′，

ACTIN特異性探針：ACTIN-Probe：5′–HEX-AACACCCCAGCCAT-MGB–3′，

SMN2 Exon7特異性Blocker：

SMN2 Blocker Exon7：5′–CTTCTTTTTGATTTTGTCTAAAACCCTGTAAGGA–C3 spacer–3′；或者

SMN1 Exon8上游引物：SMN1-e8-F：5′–AAGTGGAATGGGTAACTCTTC–3′，

SMN1 Exon8下游引物：SMN1-e8-R：5′–ACCGTGCTGGCCTCCCAC–3′，

SMN1 Exon8特異性探針：SMN1-e8-Probe：5′–FAM-CCCACCCCAGTCT-MGB–3′，

ACTIN上游引物：ACTIN-F：5′–TCTGCCTTACAGATCATGTTTGAGAC–3′，

ACTIN下游引物：ACTIN-R：5′–GTACGGCCAGAGGCGTACAG–3′，

ACTIN特異性探針：ACTIN-Probe：5′–HEX-AACACCCCAGCCAT-MGB–3′，

SMN2 Exon8特異性Blocker：

SMN2 Blocker Exon8：5′–GGCCTCCCACCCCCACCTCAGTCTTTTACAG–C3 spacer–3′。