[發明專利]一種利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹參群體遺傳結構的方法

有效

• 申請號: 202010746013.9
• 申請日: 2020-07-29
• 公開（公告）號: CN111763761B
• 公開（公告）日: 2022-11-25
• 發明（設計）人: 梁紅艷
• 申請（專利權）人: 三門峽職業技術學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858
• 代理公司: 鄭州中原專利事務所有限公司 41109
• 代理人: 趙磊;王喚霞

本發明提供一種利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹參群體遺傳結構的方法，具體步驟如下：（1）選取不同的野生丹參種群，對每株野生丹參幼嫩莖葉進行基因組總DNA的提取；采用引物YCF1–RPS15對野生丹參種群個體進行PCR擴增，獲得YCF1–RPS15序列的擴增產物；引物序列為：YCF1：5′CTTGTATGRATCGTTATTGKTTTG 3′；RPS15：5′CAATTYCAAATGTGAAGTAAGTCTCC 3′；根據序列比對和生物信息學分析，獲得野生丹參不同地理種群的遺傳多樣性水平和群體遺傳結構。本發明提供的方法能分析野生丹參種群的遺傳變異，了解河南省野生丹參群體的遺傳多樣性和遺傳結構情況，結果可為野生丹參資源的合理利用和保護提供科學依據。

技術領域

本發明涉及生物遺傳技術領域，尤其涉及一種利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹參群體遺傳結構的方法，尤其是利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹參不同地理種群遺傳結構方法。

背景技術

遺傳結構指群體遺傳變異分布的時空格局。群體是物種進化的基本單位，遺傳結構則是一個物種最基本的特征之一。群體的遺傳結構受物種的繁育系統、花粉和種子的傳播機制及地理隔離等多種因素的影響。種子傳播能力強，種群一般不會形成顯著的譜系地理結構，遺傳變異主要存在于居群內；種子傳播能力弱，種群間一般存在中度或高度的遺傳分化及低水平的基因流，地理隔離和片段化則可能是導致物種群體遺傳結構形成的主要原因。

丹參（Salvia miltiorrhiza Bunge）為唇形科鼠尾草屬多年生草本植物，又名紅根、赤參、血參。丹參在我國的地理分布范圍較廣，《中國植物志》中記載，山西、陜西、河南、山東、浙江、安徽等地均有野生丹參的分布，生于山坡、林下草叢中。河南地處亞熱帶與暖溫帶過渡區域，是我國野生丹參的分布區之一，隨著我國心腦血管疾病發病率的逐年提高，丹參的市場需求量也越來越大，野生丹參因有效成分含量較栽培種高，采挖現象嚴重，導致野生丹參資源越來越少。YCF1–RPS15是葉綠體基因組的一段基因間隔區，具有進化速率較快的特點，利用該基因間隔區對野生丹參進行群體遺傳學方面的研究鮮見報道。

發明內容

本發明提供一種利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹參群體遺傳結構的方法，本發明提供的方法能分析野生丹參種群的遺傳變異，了解河南省野生丹參群體的遺傳多樣性和遺傳結構情況，結果可為野生丹參資源的合理利用和保護提供科學依據。

本發明的目的是以下述方式實現的：一種利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹參群體遺傳結構的方法，具體步驟如下：

（1）選取不同的野生丹參種群，每個種群采集至少3株野生丹參幼嫩莖葉；

（2）對每株野生丹參幼嫩莖葉進行基因組總DNA的提取；

（3）采用通用引物YCF1–RPS15對野生丹參種群個體進行PCR擴增，獲得YCF1–RPS15序列的擴增產物；對PCR產物純化后進行雙向測序，獲得所有丹參個體YCF1–RPS15序列的核苷酸序列；其中，PCR擴增采用的通用引物序列為：

YCF1：5′ CTTGTATGRATCGTTATTGKTTTG 3′；

RPS15：5′ CAATTYCAAATGTGAAGTAAGTCTCC 3′；

（4）用DNAStar中的SeqMan軟件對雙向測序后的序列進行拼接；

用ClustalX2軟件對拼接后的序列進行比對；

用DnaSP5軟件統計cpDNA單倍型，計算種群的核苷酸多態性和單倍型多態性，并根據岐點分布圖追溯種群歷史動態變化；

用Arlequin ver3.5軟件進行分子方差AMOVA分析，計算種群內和種群間的遺傳變異；