[發(fā)明專利]一種利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹參群體遺傳結(jié)構(gòu)的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202010746013.9
• 申請(qǐng)日: 2020-07-29
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN111763761B
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-11-25
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 梁紅艷
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 三門(mén)峽職業(yè)技術(shù)學(xué)院
• 主分類號(hào): C12Q1/6895
• 分類號(hào): C12Q1/6895;C12Q1/6858
• 代理公司: 鄭州中原專利事務(wù)所有限公司 41109
• 代理人: 趙磊;王喚霞

1.一種利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹參群體遺傳結(jié)構(gòu)的方法，其特征在于：具體步驟如下：

（1）選取不同的野生丹參種群，每個(gè)種群采集至少3株野生丹參幼嫩莖葉；

（2）對(duì)每株野生丹參幼嫩莖葉進(jìn)行基因組總DNA的提取；

（3）采用通用引物YCF1–RPS15對(duì)野生丹參種群個(gè)體進(jìn)行PCR擴(kuò)增，獲得YCF1–RPS15序列的擴(kuò)增產(chǎn)物；對(duì)PCR產(chǎn)物純化后進(jìn)行雙向測(cè)序，獲得所有丹參個(gè)體YCF1–RPS15序列的核苷酸序列；其中，PCR擴(kuò)增采用的通用引物序列為：

YCF1：5′ CTTGTATGRATCGTTATTGKTTTG 3′；

RPS15：5′ CAATTYCAAATGTGAAGTAAGTCTCC 3′；

（4）用DNAStar中的SeqMan軟件對(duì)雙向測(cè)序后的序列進(jìn)行拼接；

用ClustalX2軟件對(duì)拼接后的序列進(jìn)行比對(duì)；

用DnaSP5軟件統(tǒng)計(jì)cpDNA單倍型，計(jì)算種群的核苷酸多態(tài)性和單倍型多態(tài)性，并根據(jù)岐點(diǎn)分布圖追溯種群歷史動(dòng)態(tài)變化；

用Arlequin ver3.5軟件進(jìn)行分子方差A(yù)MOVA分析，計(jì)算種群內(nèi)和種群間的遺傳變異；

用MEGA6.0 構(gòu)建野生丹參群體的親緣關(guān)系；

（5）根據(jù)序列比對(duì)和生物信息學(xué)分析，獲得野生丹參不同地理種群的遺傳多樣性水平和群體遺傳結(jié)構(gòu)。

2. 如權(quán)利要求1所述的利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹參群體遺傳結(jié)構(gòu)的方法，其特征在于：PCR反應(yīng)體系：20μL反應(yīng)體系：包括10×buffer 2μL，dNTP mix 1.6μL，Taq酶0.1μL，上、下游引物各1μL，DNA模板1μL，ddH₂O 13.3μL。

3.如權(quán)利要求1所述的利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹參群體遺傳結(jié)構(gòu)的方法，其特征在于：PCR擴(kuò)增程序?yàn)椋?5℃預(yù)變性5min，95℃變性30s，49℃退火30s，72℃延伸1min10s，35個(gè)循環(huán)，72℃延伸10min，4℃保存。

4.如權(quán)利要求1所述的利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹參群體遺傳結(jié)構(gòu)的方法，其特征在于：所述步驟（1）中，對(duì)采集的野生丹參幼嫩莖葉，硅膠干燥保存。

5.如權(quán)利要求1所述的利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹參群體遺傳結(jié)構(gòu)的方法，其特征在于：所述步驟（2）中采用植物基因組DNA提取試劑盒對(duì)硅膠干燥后的樣品進(jìn)行基因組總DNA的提取；通過(guò)1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)所提取DNA的完整性。