[發明專利]膠質瘤患者生存預測的預后分類系統

有效

• 申請號: 202010732361.0
• 申請日: 2020-07-27
• 公開（公告）號: CN112048555B
• 公開（公告）日: 2022-06-07
• 發明（設計）人: 羅韜;藍洋;葛佳;鄧慶;劉鋒;李磊;姚小紅;卞修武
• 申請（專利權）人: 中國人民解放軍陸軍軍醫大學第一附屬醫院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11;G16B25/10;G16B40/00;G16H50/30
• 代理公司: 重慶鼎慧峰合知識產權代理事務所(普通合伙) 50236
• 代理人: 龔世妍

本發明涉及一種膠質瘤患者生存預測的預后分類系統，包括檢測CALR、KPNA2、HDAC3、NDC1、SP100、BCCIP和DDX25這七種基因表達值的系統，該檢查系統通過RNA?seq檢測這七種基因表達值；還包括基因表達值數據處理系統，將來自生存預測的膠質瘤患者樣本中所述七種基因表達值轉換為膠質瘤患者的核轉運風險評分，再根據膠質瘤患者的核轉運風險評分對待測膠質瘤患者生存預測進行預后分類。

技術領域

本發明屬于生物信息和生物醫學技術領域，涉及膠質瘤患者生存預測的預后分類系統。

背景技術

膠質瘤是人類中樞神經系統最常見的原發性惡性腫瘤，也是腦腫瘤中最常見的類型之一，約占顱內原發腫瘤的40-60％。因具有高度侵襲性，即便手術切除并輔助放化療，腫瘤復發率仍很高，患者預后較差，至今仍然是中樞神經系統腫瘤中預后最差的一類腫瘤。雖然膠質瘤在全身腫瘤中發病率較低，但患者的死亡率極高，更需要預后相關分子的研究。目前WHOⅡ級和Ⅲ級膠質瘤共同命名為較低級別膠質瘤(Ler GG)，并提出僅僅依靠組織學特點并不能進一步指導臨床治療和預后評估。因此，聯合組織學特點及分子生物學標記物的診斷方法是目前膠質瘤研究的重點。按組織學和基因組表型進行分類。不僅包括IDH突變和1p/19q共缺失等基因組特征，還包括轉錄組特征和多瘤特征，這些特征可以作為分子分類的標志基因。國內外研究發現，一些腫瘤的分子標志物的表達水平，例如PTEN基因，可以作為一項獨立的因子來影響膠質瘤患者的預后生存時間，但是像這樣能夠獨立影響膠質瘤患者預后生存時間的分子標志物還比較少，因此需要發現更多的影響膠質瘤患者預后生存時間的分子標志物。尤其綜合預后分類與經典分子生物標志物還需要進一步研究。

真核細胞由核膜分為細胞核和細胞質。大分子在細胞核和細胞質之間的運動，主要包括蛋白質和RNA，是通過核轉運系統進行的。核轉運系統包括三個主要組成部分：核孔復合體(NPC)、核內小分子GTP結合蛋白酶(RanGTPase)和核轉運受體(NTR)。據報道，核轉運系統在腫瘤的發生和轉移過程中起著不可或缺的作用。核轉運可作為幾種癌癥類型的治療靶點。靶向核轉運系統可能是一種有前途的治療方法。據報道，許多參與核轉運的基因與癌癥患者的預后有關。這些結果表明，核轉運可能是癌癥預后的一個標志。然而，單個分子并不能代表整個系統的活性，而且對于核轉運及其在癌癥中涉及表達譜的預后價值缺乏系統的分析。

發明內容

有鑒于此，本發明的目的在于提供一種膠質瘤患者生存預測的預后分類系統。

為達到上述目的，本發明提供如下技術方案：

1.膠質瘤患者生存預測的預后分類系統，所述預后分類系統包括檢測CALR、KPNA2、HDAC3、NDC1、SP100、BCCIP和DDX25這七種基因表達值的系統。

進一步，所述檢測CALR、KPNA2、HDAC3、NDC1、SP100、BCCIP和DDX25這七種基因表達值的系統包括通過RNA-seq檢測這七種基因表達值所需的試劑和/或儀器。

進一步，所述試劑包括以樣本mRNA為模板，合成cDNA所需正向和/或反向引物，所述引物序列如SEQ ID No.1-SEQ ID No.14所示。

進一步，所述膠質瘤患者生存預測的預后分類系統包括基因表達值數據處理系統，所述基因表達值數據處理系統用于將來自生存預測的膠質瘤患者樣本中所述七種基因表達值轉換為膠質瘤患者的核轉運風險評分，再根據膠質瘤患者的核轉運風險評分對待測膠質瘤患者生存預測進行預后分類。

進一步，基因表達值為FPKM值。

進一步，所述膠質瘤患者的核轉運風險評分的計算方法為：CALR、KPNA2、HDAC3、NDC1、SP100、BCCIP和DDX25這七種基因每個基因的FPKM表達值與對應相關系數的乘積再求和。