[發(fā)明專利]一種檢測毛竹環(huán)狀RNA表觀遺傳修飾的方法在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 202010640832.5 | 申請日： | 2020-07-06 |
| 公開（公告）號： | CN111705119A | 公開（公告）日： | 2020-09-25 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | 顧連峰;王慧慧;王永生;韓茜妹;魏文桃;席飛虎;王匯源 | 申請（專利權(quán)）人： | 福建農(nóng)林大學 |
| 主分類號： | C12Q1/6869 | 分類號： | C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 福州元創(chuàng)專利商標代理有限公司 35100 | 代理人： | 饒文君;蔡學俊 |
| 地址： | 350002 福*** | 國省代碼： | 福建;35 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 一種 檢測 毛竹 環(huán)狀 rna 表觀 遺傳 修飾 方法 | ||
1.一種檢測毛竹環(huán)狀RNA 表觀遺傳修飾的方法，其特征在于，包括以下步驟：提取樣品總RNA、使用RNase R消化線性RNA、給殘留的線性RNA加poly(A)尾巴、去除含poly(A)尾的RNA、去除核糖體RNA、將富集的環(huán)狀RNA打斷并 3' 端去磷酸化、基于Oxford NanoporeTechnologies測序平臺直接對環(huán)狀RNA進行測序、識別環(huán)狀RNA 表觀修飾。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種檢測毛竹環(huán)狀RNA 表觀遺傳修飾的方法，其特征在于，給殘留的線性RNA加poly(A)尾巴是通過Poly(A) Tailing Kit實現(xiàn)的。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種檢測毛竹環(huán)狀RNA 表觀遺傳修飾的方法，其特征在于，去除含poly(A)尾的RNA是采用Dynabeads mRNA Purification kit進行的。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種檢測毛竹環(huán)狀RNA 表觀遺傳修飾的方法，其特征在于，去除核糖體RNA是采用RiboMinus? Plant Kit for RNA-Seq進行的，該方法去除植物樣本中主要的核糖體RNA。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種檢測毛竹環(huán)狀RNA 表觀遺傳修飾的方法，其特征在于，環(huán)狀RNA打斷是使用RNA Fragmentation Reagents 進行的，打斷參數(shù)為70℃下孵育5min 。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種檢測毛竹環(huán)狀RNA 表觀遺傳修飾的方法，其特征在于，RNA片段 3' 端去磷酸化是通過T4 Polynucleotide Kinase實現(xiàn)的，反應(yīng)條件為37℃下孵育30min。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種檢測毛竹環(huán)狀RNA 表觀遺傳修飾的方法，其特征在于，基于nanopore 測序平臺和適用于環(huán)狀RNA的反轉(zhuǎn)錄接頭進行反轉(zhuǎn)錄，再連接上測序接頭進行RNA測序。
8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種檢測毛竹環(huán)狀RNA 表觀遺傳修飾的方法，其特征在于，通過nanopore RNA測序數(shù)據(jù)識別環(huán)狀RNA。
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