[發明專利]適用于微量細胞的RIP實驗的建庫測序方法

在審

• 申請號: 202010639367.3
• 申請日: 2020-07-06
• 公開（公告）號: CN111826419A
• 公開（公告）日: 2020-10-27
• 發明（設計）人: 尹杰
• 申請（專利權）人: 重慶生命知源科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6804
• 分類號: C12Q1/6804;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京元本知識產權代理事務所(普通合伙) 11308
• 代理人: 黎昌莉

1.適用于微量細胞的RIP實驗的建庫測序方法，其特征在于，對RIP實驗的結果進行測定并分類判定：

若RNA濃度總量為＞50ng，RNA值為大于7.5，則判定為A；

若RNA濃度總量為20-50ng，RNA值為6.5-7.5，則判定為B；

若RNA濃度總量為10-20ng，RNA值為5.0-6.5，則判定為C；

若RNA濃度總量為＜10ng，RNA值為小于5，則判定為D；

當判定為A時，用illumina方法建庫測序；

當判定為B時，用illumina常規方法建庫測序；

當判定為C時，用illumina先擴增再建庫測序；

當判定為D時，不能建庫測序。

2.根據權利要求1所述的建庫測序方法，其特征在于，所述微量細胞的細胞數為1-10x10⁴。

3.根據權利要求2所述的建庫測序方法，其特征在于，所述微量細胞為一個免疫反應需要0-2mg的總蛋白且對應細胞數在1–10×10⁴的哺乳動物細胞，所述哺乳動物細胞包括培養的細胞系、分離的原代細胞。

4.根據權利要求3所述的建庫測序方法，其特征在于，所述RIP實驗中RNA-蛋白包括RNA結合蛋白、RNA調控蛋白、轉錄因子。

5.根據權利要求4所述的建庫測序方法，其特征在于，所述RIP實驗中蛋白抗體包括：RNA結合蛋白抗體、RNA調控蛋白抗體、轉錄因子抗體。

6.根據權利要求1所述建庫測序方法，其特征在于，所述RIP實驗中裂解細胞的方式為非交聯方式裂解細胞。

7.根據權利要求6所述的建庫測序方法，其特征在于，所述非交聯方式裂解細胞具體為：(1)將細胞離心獲得細胞沉淀A；(2)用預冷的PBS緩沖液沖洗并離心所述細胞沉淀A得細胞沉淀B；(3)用所述與細胞沉淀B等體積的核糖體裂解緩沖液重懸所述細胞沉淀B，并處理成單細胞懸液。

8.適用于微量細胞的RIP實驗的計算機建庫測序系統，其特征在于，所述計算機建庫測序系統包括：

RIP實驗值接收判定模塊，接收RIP實驗值后與所述計算機建庫測序系統的數據庫進行匹配然后判定；

若接收實驗值為：RNA濃度總量為＞50ng，RNA值為大于7.5；則判定為A，輸出結果；

若接收實驗值為：RNA濃度總量為20-50ng，RNA值為6.5-7.5；則判定為B，輸出結果；

若接收實驗值為：RNA濃度總量為10-20ng，RNA值為5.0-6.5；則判定為C，輸出結果；

若接收實驗值為：RNA濃度總量為＜10ng，RNA值為小于5；則判定為D，輸出結果；

建庫測序模塊，根據所述RIP實驗值接收判定模塊的數值匹配判定的情況，所述建庫測序模塊執行下一步；

若所述輸出結果為A，則所述建庫測序模塊執行illumina方法建庫測序；

若所述輸出結果為B，則所述建庫測序模塊執行illumina方法建庫測序；

若所述輸出結果為C，則所述建庫測序模塊執行illumina先擴增再建庫測序；

若所述輸出結果為D，則所述建庫測序模塊不執行。

9.根據權利要求8所述的計算機建庫測序系統，其特征在于，所述微量細胞數量為1–10×10⁴。

10.根據權利要求8所述的計算機建庫測序系統，其特征在于，所述微量細胞為一個免疫反應需要0-2mg的總蛋白且對應細胞數在1–10×10⁴的哺乳動物細胞，所述哺乳動物細胞包括培養的細胞系、分離的原代細胞。