[發(fā)明專利]與亞洲棉短絨性狀關(guān)聯(lián)SVs（larINDELFZ

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202010611311.7
• 申請(qǐng)日: 2020-06-29
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN111979343A
• 公開(kāi)（公告）日: 2020-11-24
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 杜雄明;王曉陽(yáng);何守樸;潘兆娥;龔文芳;賈銀華;耿曉麗;王立如;龐保印;王麗媛;付國(guó)勇;裴欣欣;陳保軍;李紅戈
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6895
• 分類號(hào): C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 鄭州立格知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 41126
• 代理人: 崔衛(wèi)琴

本發(fā)明屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種與亞洲棉短絨性狀關(guān)聯(lián)SVs（larINDEL_FZ）位點(diǎn)與GWAS分析方法及應(yīng)用，所述larINDEL_FZ位點(diǎn)的位置為?logP=33.60,Chr08:~885,000 bp，該位點(diǎn)位于基因Ga08G0121的上游區(qū)域，兩者距離18 kb，本發(fā)明利用基于SVs的GWAS分析，鑒定到控制短絨發(fā)育性狀的關(guān)鍵位點(diǎn)（larINDELFZ）和候選基因GaFZ，鑒定FZ區(qū)間的基因組結(jié)構(gòu)有助于幫助我們理解這段區(qū)間的進(jìn)化歷史與生物學(xué)功能，同時(shí)為分子標(biāo)記輔助育種以及聚合育種提高棉纖維產(chǎn)量奠定基礎(chǔ)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種與亞洲棉短絨性狀關(guān)聯(lián)的SVs(larINDEL_FZ)位點(diǎn)及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

棉花纖維根據(jù)其長(zhǎng)度可以分為長(zhǎng)纖維(Lint)和短纖維(Fuzz)，具有重要經(jīng)濟(jì)價(jià)值的長(zhǎng)纖維起始于-1DPA至+1DPA(day post anthesis，開(kāi)花后天數(shù))，最終長(zhǎng)度能達(dá)到30mm左右，通過(guò)軋花可以從種皮上分離下來(lái)，短纖維起始于開(kāi)花后+3DPA至+5DPA，長(zhǎng)度不到5mm，軋花后很難從種皮上分離下來(lái)，緊緊附著于種皮上，對(duì)種子傳播起重要作用。

GWAS是基于全基因組范圍的單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記(Single nucleotidepolymorphisms,SNPs)，通過(guò)GWAS進(jìn)行表型性狀的相關(guān)性分析，篩選出與目標(biāo)性狀關(guān)聯(lián)的SNPs標(biāo)記，進(jìn)而定位出與目標(biāo)性狀相關(guān)的候選基因區(qū)間或候選基因的正向遺傳學(xué)方案。GWAS在棉花中的應(yīng)用起步相對(duì)較晚，近幾年，隨著測(cè)序技術(shù)的成熟和測(cè)序成本的降低，其在棉花中的應(yīng)用取得了長(zhǎng)足的進(jìn)步，為棉花纖維品質(zhì)和產(chǎn)量的遺傳改良提供重要依據(jù)。

隨著對(duì)復(fù)雜作物基因組的深入研究，越來(lái)越多的證據(jù)表明基因組結(jié)構(gòu)變異(structure variations,SVs)在作物主要農(nóng)藝性狀方面起著重要作用。隨著基因組測(cè)序技術(shù)的不斷進(jìn)步，鑒定作物基因組中結(jié)構(gòu)變異的類型并研究其作用機(jī)理和效應(yīng)對(duì)改良作物農(nóng)藝性狀具有重要的應(yīng)用價(jià)值。基因組結(jié)構(gòu)變異是生物遺傳多樣性、基因組進(jìn)化和自然選擇的基礎(chǔ)。基因組結(jié)構(gòu)變異包括：插入/缺失(Insertions and Deletions,InDels)、倒位(Inversion)、移位(Translocation)、復(fù)制(Duplication)和拷貝數(shù)變異(Copy NumberVariation,CNV)。這些變異對(duì)各種各樣的生物功能、農(nóng)藝性狀和人類疾病能夠產(chǎn)生重要的遺傳學(xué)效應(yīng)，一類稱為增強(qiáng)子的順式作用元件，在發(fā)育過(guò)程中協(xié)調(diào)基因的精確表達(dá)起重要調(diào)控作用，增強(qiáng)子是一類非編碼DNA序列，可以不依懶于距離、位置和方向啟動(dòng)基因的轉(zhuǎn)錄。

本申請(qǐng)發(fā)明人前期已成功完成了215份亞洲棉自然群體的重測(cè)序，通過(guò)生物學(xué)信息分析，獲得了大量高質(zhì)量的SVs，這些SVs可用于遺傳圖譜的構(gòu)建，為棉花種質(zhì)資源的鑒定提供重要保障，本發(fā)明利用基于SVs的GWAS分析，鑒定到控制短絨發(fā)育性狀的關(guān)鍵位點(diǎn)(larINDEL_FZ)和候選基因GaFZ，鑒定FZ區(qū)間的基因組結(jié)構(gòu)有助于幫助我們理解這段區(qū)間的進(jìn)化歷史與生物學(xué)功能，同時(shí)為分子標(biāo)記輔助育種以及聚合育種提高棉纖維產(chǎn)量奠定基礎(chǔ)。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是提供一種與亞洲棉短絨性狀關(guān)聯(lián)的SVs(larINDEL_FZ)位點(diǎn)與GWAS分析的方法及其應(yīng)用。

為達(dá)到上述目的，本發(fā)明采用的技術(shù)方案是：

一種與亞洲棉短絨性狀關(guān)聯(lián)的SVs(larINDEL_FZ)位點(diǎn)，所述larINDEL_FZ位點(diǎn)的位置為-logP＝33.60,Chr08:～885,000bp，該位點(diǎn)位于基因Ga08G0121的上游區(qū)域，兩者距離18kb。

進(jìn)一步的，所述基因Ga08G0121命名為GaFZ。