[發明專利]與亞洲棉短絨性狀關聯SVs（larINDELFZ

在審

• 申請號: 202010611311.7
• 申請日: 2020-06-29
• 公開（公告）號: CN111979343A
• 公開（公告）日: 2020-11-24
• 發明（設計）人: 杜雄明;王曉陽;何守樸;潘兆娥;龔文芳;賈銀華;耿曉麗;王立如;龐保印;王麗媛;付國勇;裴欣欣;陳保軍;李紅戈
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院棉花研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 鄭州立格知識產權代理有限公司 41126
• 代理人: 崔衛琴

1.一種與亞洲棉短絨性狀關聯的SVs（larINDEL_FZ）位點，其特征在于：所述larINDEL_FZ位點的位置為-logP= 33.60, Chr08: ~885,000 bp，該位點位于基因Ga08G0121的上游區域，兩者距離18 kb。

2.如權利要求1所述的與亞洲棉短絨性狀關聯的SVs（larINDEL_FZ）位點，其特征在于：所述基因Ga08G0121命名為GaFZ。

3.如權利要求2所述的與亞洲棉短絨性狀關聯的SVs（larINDEL_FZ）位點GWAS分析的方法，其特征在于，包括以下步驟：

1）將non-SNP標記轉化成核苷酸形式，以便適合快速高效混合模型關聯（Efficientmixed-model association expedited, EMMAX）流程化分析；

2）利用GATK軟件進行SNPs、InDels標記信息鑒定；

3）采用BreakDancer和CNVnator標準分析流程對多份亞洲棉群體和F2群體進行SVs分析；

4）根據群體結構和親緣關系分析，利用混合線性模型方法，對種子短絨和葉茸毛性狀表型數據進行全基因組關聯分析。

4.如權利要求3所述的與亞洲棉短絨性狀關聯的SVs（larINDELFZ）位點GWAS分析的方法，其特征在于：所述步驟3）中具體分析時，對于InDels標記，如果一個品系中存在InDels，標記為T，如果不存在，標記為C，對于SVs標記，由于每個品系中的長度不同，首先將染色體劃分為100 bp的長度窗口，然后將每個窗口視為單個標記；如果這個窗口包含SVs，將這個窗口標記為T，如果這個窗口中不存在SVs將其標記為C。

5.如權利要求3所述的與亞洲棉短絨性狀關聯的SVs（larINDEL_FZ）位點GWAS分析的方法，其特征在于：所述步驟4）中進行全基因組關聯分析時，所有被測性狀與SNP位點關聯的顯著性閾值用以下公式進行評估，P=0.05/n，n為被檢測SNP個數。

6.如權利要求1所述的與亞洲棉短絨性狀關聯的SVs（larINDEL_FZ）位點在棉花短絨性狀的早期預測和篩選中的應用。

7.如權利要求1所述的與亞洲棉短絨性狀關聯的SVs（larINDEL_FZ）位點在棉花分子標記輔助育種中的應用。

8.如權利要求1所述與亞洲棉短絨性狀關聯的SVs（larINDEL_FZ）位點在高產型棉花品種選育中的應用。