[發明專利]一種用于幽門螺桿菌根除治療中個性化用藥指導的快速分子診斷方法及試劑盒

在審

• 申請號: 202010588092.5
• 申請日: 2020-06-24
• 公開（公告）號: CN111705148A
• 公開（公告）日: 2020-09-25
• 發明（設計）人: 郗日沫;佟悅;王倍;王朔;張瑞肖;楊坤
• 申請（專利權）人: 南開大學
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12Q1/6848
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種檢測和判定幽門螺旋桿菌耐藥性的診斷方法，其特征在于，該幽門螺旋桿菌的來源為胃黏膜組織。直接裂解胃黏膜組織樣本，可同時提取到宿主和幽門螺桿菌全基因組，具有更全面的基因信息，具有一定臨床意義。經臨床培養菌株測序分析對照，耐藥性結果一致性高。

2.應用如權利要求1所述的診斷方法，其特征在于，包括對宿主細胞色素P450 2C19(CYP2C19)多態性的檢測。在導致根除失敗的因素中，抗生素耐藥性和PPI代謝率是其主要原因，PPIs通過改變胃液的pH值來影響根除幽門螺桿菌的效果，而大多數PPIs在人體內的代謝率是由細胞色素P450 2C19(CYP2C19)多態性決定的。亞洲人群中較常見的等位基因型是CYP2C19*2型和CYP2C19*3型。

3.應用如權利要求1所述的診斷方法，其特征在于，包括對克拉霉素、左氧氟沙星、阿莫西林、四環素、呋喃唑酮、利福平、甲硝唑耐藥基因和宿主CYP2C19的耐藥相關突變區域進行PCR引物設計的步驟；

其中，克拉霉素耐藥基因23SrRNA突變區域的引物為F1和R1；

阿莫西林耐藥基因PBP1突變區域的引物為F2和R2；

四環素耐藥基因16SrRNA突變區域的引物為F3和R3；

左氧氟沙星耐藥基因gyrA突變區域的引物為F4和R4；

呋喃唑酮耐藥基因porD突變區域的引物為F5和R5；

呋喃唑酮耐藥基因oorD突變區域的引物為F6和R6；

利福平耐藥基因rpoB突變區域的引物為F7和R7；

甲硝唑耐藥基因rdxA突變區域的引物為F8和R8；

宿主CYP2C19*2基因型的引物為F9和R9；

宿主CYP2C19*3基因型的引物為F10和R10。

4.應用如權利要求2所述的診斷方法，其特征在于，包括對克拉霉素耐藥基因進行巢氏PCR引物設計的步驟；

其中，克拉霉素耐藥基因23SrRNA基因位點A2142G/C/T、A2143G/C/T、A2146G、C2147G、G1939A、T1942C、G2111A、A2115G、A2116G、T2117C、G2141A、A2144G、T2182C、C2224A、T2243C、C2245T、T2289C、G2172T及C2694A的引物為F11和R11；

克拉霉素耐藥基因23SrRNA基因位點C2611A與T2717C的引物為F12和R12。

5.應用如權利要求2所述的診斷方法，其特征在于，包括對阿莫西林耐藥基因的進行巢氏PCR引物設計的步驟；

其中，阿莫西林耐藥基因PBP1基因位點V16I與V45I的引物為F13和R13；

阿莫西林耐藥基因PBP1基因位點A320V、F366L、A369T、V374L、S414R、L423F、E406K及P473L的引物為F14和R14；

阿莫西林耐藥基因PBP1基因位點T556S、N562Y、T593A、G595S、D535N、S543R及A599T的引物為F15和R15。

6.應用如權利要求2所述的診斷方法，其特征在于，包括對四環素耐藥基因的進行巢氏PCR引物設計的步驟；

其中，四環素耐藥基因16SrRNA基因位點AGA926-928TTC\AGC\TGC\GGA\CGA\ATC\GTA\GCA的引物為F16和R16。

7.應用如權利要求2所述的診斷方法，其特征在于，包括對左氧氟沙星耐藥基因的進行巢氏PCR引物設計的步驟；

左氧氟沙星耐藥基因GYRA基因位點N87L\I\A\Y\K，D 91A\G\Y\N\H及A 88N\V、的引物為F17和R17。