[發明專利]基于質譜技術發現消化系統腫瘤多肽譜生物標志物的一種無創快捷的篩選方法及其應用

在審

• 申請號: 202010559765.4
• 申請日: 2020-06-18
• 公開（公告）號: CN113820401A
• 公開（公告）日: 2021-12-21
• 發明（設計）人: 黃飛娟;吳正治;黃東娜;湯弋哲;張圓;曹榮;吳南輝;賈秀琴
• 申請（專利權）人: 深圳市第二人民醫院(深圳市轉化醫學研究院);深圳市未美醫療科技有限公司
• 主分類號: G01N30/02
• 分類號: G01N30/02;G01N30/06;G01N30/72;G01N30/86;G01N33/574;G01N33/68
• 代理公司: 北京品源專利代理有限公司 11332
• 代理人: 潘登

1.基于質譜技術發現消化系統腫瘤多肽譜生物標志物的一種無創快捷的篩選方法，其特征在于，所述篩選方法包括如下步驟：

(1)取消化系統腫瘤患者臨床唾液樣本和健康人臨床唾液樣本，對其進行高通量一步法多肽提取；

(2)對步驟(1)提取到的多肽樣本進行多肽譜峰分析；

(3)將步驟(2)得到的多肽譜峰分析結果進行統計分析，得到顯著差異肽峰；

(4)建立及驗證消化系統腫瘤診斷小組，篩選出AUC值大于0.5的診斷小組，即為所述消化系統腫瘤生物標志物。

2.如權利要求1所述的基于質譜技術發現消化系統腫瘤多肽譜生物標志物的一種無創快捷的篩選方法，其特征在于，步驟(1)所述多肽提取是使用蛋白磁珠試劑盒進行多肽提取；

優選地，步驟(2)所述多肽譜峰分析采用蛋白質組學基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜Clin-TOF-MS進行分析。

3.如權利要求1或2所述的基于質譜技術發現消化系統腫瘤多肽譜生物標志物的一種無創快捷的篩選方法，其特征在于，步驟(3)還包括檢測組間及組內相關系數，系數大于0.75表示試驗數據的重復性和可信度良好；

優選地，步驟(3)所述顯著差異肽峰是指檢出率大于90％、P值小于0.05的差異肽峰。

4.如權利要求1或2所述的基于質譜技術發現消化系統腫瘤多肽譜生物標志物的一種無創快捷的篩選方法，其特征在于，步驟(4)所述建立及驗證消化系統腫瘤診斷小組，其方法包括如下步驟：

采用CFS算法選擇最優肽峰組合同時根據各峰值間隔選取顯著差異肽峰的組合，將其分別形成診斷小組，然后用KNN算法建立診斷小組模型并計算各診斷小組的準確度、特異度、敏感度和AUC值，篩選出AUC值大于0.5的診斷小組，優選AUC值大于0.7的診斷小組，進一步優選AUC值最大的診斷小組即最佳診斷小組，作為所述消化系統腫瘤生物標志物。

5.如權利要求1所述的基于質譜技術發現消化系統腫瘤多肽譜生物標志物的一種無創快捷的篩選方法，其特征在于，所述用KNN算法計算各診斷小組的準確度、特異度、敏感度和AUC值時將所有樣本數據隨機分為訓練集和驗證集，訓練集與驗證集的份額比為3:1。

6.如權利要求1所述的基于質譜技術發現消化系統腫瘤多肽譜生物標志物的一種無創快捷的篩選方法，其特征在于，所述篩選出診斷小組后還包括：采用質譜儀鑒定診斷小組中各顯著差異肽峰所對應的多肽的氨基酸序列，然后使用數據庫鑒定氨基酸序列所屬蛋白，即為所述消化系統腫瘤生物標志物；

優選地，所述質譜儀包括納米液相色譜-電噴霧電離-串聯質譜儀；

優選地，所述數據庫包括Mascot 2.4.1數據庫。

7.采用如權利要求1-6中任一項所述的篩選方法篩選得到的腸癌生物標志物，其特征在于，所述腸癌生物標志物包括質荷比為3044.2m/z、3261.2m/z、3556.5m/z、3614.5m/z、3656.7m/z、3673.3m/z、4101.7m/z、4371.7m/z、4687.9m/z、4786.7m/z、5106.3m/z、5232.4m/z、5405.6m/z、5461.6m/z或5942.2m/z中任意一種肽峰或至少兩種的肽峰組合。

8.采用如權利要求1-6中任一項所述的腸癌生物標志物的篩選方法篩選得到的腸癌生物標志物，其特征在于，所述腸癌生物標志物包括冠蛋白1A。

9.如權利要求7或8所述的腸癌生物標志物在制備腸癌診斷試劑中的應用。

10.一種用于腸癌診斷的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括特異性檢測如權利要求7或8所述的腸癌生物標志物的試劑。