[發明專利]一種基于核心基因組SNP分析的副溶血性弧菌溯源方法

在審

• 申請號: 202010551662.3
• 申請日: 2020-06-16
• 公開（公告）號: CN111724859A
• 公開（公告）日: 2020-09-29
• 發明（設計）人: 龐銳;吳清平;吳詩;張菊梅;黎艷萍;雷濤;陳謀通;張淑紅;楊小鵑;葉青華
• 申請（專利權）人: 廣東省微生物研究所（廣東省微生物分析檢測中心）
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G16B50/00
• 代理公司: 廣州三環專利商標代理有限公司 44202
• 代理人: 郝傳鑫

1.一種副溶血性弧菌溯源方法，其特征在于，包括如下步驟：

(1)全基因組測序：構建樣品副溶血性弧菌基因組文庫并進行全基因組測序和組裝，得到樣品副溶血性弧菌全基因組序列；

(2)核心基因組SNP分析：以包括RIMD2210633參考菌株的已知副溶血性弧菌的基因組序列作為參考基因組集，對樣品菌株核心基因組SNP進行分析；

(3)過濾重組區域及系統發育分析：預測并過濾副溶血性弧菌菌株基因組上潛在的重組區域，過濾后的對齊序列進行系統發育分析，構建進化樹；

(4)進化樹可視化及溯源分析：將分析結果可視化，根據樣品菌株與參考菌株之間的雙尾SNP距離進行溯源分析。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，還包括對樣品中的副溶血性弧菌進行分離和鑒定的過程，并提取樣品中鑒定得到的副溶血性弧菌DNA的過程。

3.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(1)中測序深度≥100×，測序產出的reads經過濾后需符合Q30≥85％，測序結果通過SPAdes軟件對clean reads進行組裝，參數設置為：spades.py--careful-1Reads_1.fastq-2Reads_2.fastq-k 21,33,55,77,99,127--cov-cutoff auto-o./assembly。

4.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(2)中的已知副溶血性弧菌選取于樣品來源地相關性高的已知副溶血性弧菌。

5.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(2)為：使用Parsnp軟件對樣品菌株的全基因組序列進行比對分析，參數設置為：parsnp-p 16-d./dir-r./dir/RIMD2210633.fna-c-x。

6.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(3)為：使用Gubbins軟件預測并過濾副溶血性弧菌菌株基因組上潛在的重組區域，過濾后的對齊序列通過RAxML軟件進行系統發育分析。

7.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(4)的可視化過程通過iTOL在線軟件實現。

8.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法用于判斷樣品副溶血性弧菌的致病性；其中，所述步驟(2)中的參考基因組集包括已知致病性副溶血弧菌的基因組數據。