[發明專利]一種夏南牛HMGA2基因Indel標記的檢測方法及應用

有效

• 申請號: 202010550697.5
• 申請日: 2020-06-16
• 公開（公告）號: CN111560421B
• 公開（公告）日: 2023-05-30
• 發明（設計）人: 陳宏;曹修凱;程杰;王曉剛;黃永震;藍賢勇;雷初朝
• 申請（專利權）人: 西北農林科技大學
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 西安通大專利代理有限責任公司 61200
• 代理人: 范巍

本發明公開了一種夏南牛HMGA2基因Indel標記的檢測方法及應用；以夏南牛的基因組DNA為模板，通過PCR擴增夏南牛HMGA2基因部分片段，并利用瓊脂糖凝膠電泳對夏南牛個體HMGA2基因chr5:48094736?48094742的7bp插入缺失突變位點快速分型；該檢測方法可以在DNA水平上篩查和檢測與夏南牛體高密切相關的分子遺傳標記，并應用于夏南牛體高的分子標記輔助選擇，從而加快夏南牛品種改良的選育進程。

技術領域

本發明屬于家畜分子育種領域，涉及一種檢測夏南牛體高相關的HMGA2基因Indel標記的方法及應用。

背景技術

夏南牛是以夏洛萊牛為父本，經導入雜交、橫交固定和自群繁育三個階段的開放式育種培育形成的專門化肉牛培育品種。夏南牛體質健壯、性情溫馴，成年牛體軀為長方形，結構勻稱、胸深肋圓、背腰平直、尻部寬長、尾細長、四肢粗壯，肉用特征明顯。成年公牛體高(142.5±8.5)cm，體重850kg；成年母牛體高(135.5±9.2)cm，體重600kg。夏南牛耐粗飼、適應性強，舍飼、放牧均可，在農區、半農牧區均可飼養，具有生長發育快、易育肥的特點。

插入缺失突變(Insertion/deletion，Indel)指的是兩種基因型在全基因組中的差異，相對于其中一個基因型而言，另一個基因型的基因組中有一定數量的核苷酸插入或缺失，是一類共顯性標記。Indel在基因組中分布廣泛、密度大、數目多，遠高于SSR(simplesequence?repeats)標記。SNP標記在理論上潛力很大，但檢測方法和成本通常要比Indel高。Indel目前大多是利用電泳平臺進行分型，電泳分型平臺不需要復雜的實驗設備，分型快速、準確、經濟。Indel作為一種分子標記，已在畜禽分子標記輔助選擇(molecular?mark-assisted?selection，MAS)中得到廣泛應用。MAS是借助DNA分子標記對遺傳資源或育種材料進行選擇，加快畜禽品種綜合性狀的遺傳改良。

HMGA家族包括HMGA1a、HMGA1b、HMGA1c和HMGA2四個成員，其中前三者均是由HMGA1基因經可變剪切產生。HMGA家族成員在N末端均含有三個“AT鉤”，可以與富含AT序列的DNA小溝結合，誘導染色質構象改變，進而招募轉錄復合物，促進基因轉錄，因此HMGA2基因可以作為牛生長發育的候選基因。目前在HMGA2基因內含子3中已鑒定出與西門塔爾牛體高顯著相關的單核苷酸多態(SNP)位點rs29016809，但該位點的突變在夏南牛中并不存在表型效應。

發明內容

本發明的目的在于提供一種夏南牛HMGA2基因Indel標記的檢測方法及應用，從而加快夏南牛品種改良的選育進程。

為了實現上述目的，本發明采用了以下技術方案：

一種夏南牛HMGA2基因插入缺失突變的檢測方法，包括以下步驟：

以待測夏南牛個體全基因組DNA為模板，以引物對P為引物，PCR擴增夏南牛HMGA2基因部分片段，對PCR擴增產物進行瓊脂糖凝膠電泳，根據瓊脂糖凝膠電泳結果鑒定夏南牛個體HMGA2基因插入缺失突變位點(牛HMGA2基因chr5:48094736-48094742(UMD3.1.1))的基因型。

優選的，所述的引物對P為：

上游引物F1：5’-CAGGTGGTGTTCAGATCTGCTCTG-3’；

下游引物R1：5’-CAGGTTGTCTGAGGTCCATCG-3’。

優選的，所述的PCR所用的擴增體系以25μL計為：50ng/μL模板DNA?1.0μL、10pmol/L的引物對P的上、下游引物各1μL、2×Taq?PCR?Master?Mix?13μL，以及去離子水9μL。

優選的，所述的PCR所用的擴增反應程序為：95℃預變性5min；94℃變性30s，58℃退火30s，72℃延伸20s，35個循環；72℃延伸10min。