[發明專利]人CNOT1突變基因及其在肝癌行FOLFOX4方案化療耐藥評估中的應用

在審

• 申請號: 202010539084.1
• 申請日: 2020-06-13
• 公開（公告）號: CN111575294A
• 公開（公告）日: 2020-08-25
• 發明（設計）人: 陳平;黃志清;陳艷
• 申請（專利權）人: 陳平
• 主分類號: C12N15/12
• 分類號: C12N15/12;C12N15/11;C07K14/47;C12Q1/6886
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• 代理人: 暫無信息

本發明提供了一種人CNOT1基因的g.[42481_42482delAG]突變形式，突變所在片段序列如SEQ ID NO：2所示；CNOT1基因發生g.[42481_42482delAG]突變的肝癌患者對FOLFOX4化療方案耐藥。可以采用含有5’?CTTCTTGAAAAAGTAAGTTCTTA?3’和5’?ATTCTAGTTTTGTCTACATCTC?3’引物以及5’?VIC?GTACAAGGTGAGTGA?MGB?NFQ?3’探針的試劑盒或用其構建基于數字PCR或實時熒光定量PCR的方法對發生g.[42481_42482delAG]突變的CNOT1突變基因片段進行擴增和突變檢測。本發明提供的CNOT1基因的g.[42481_42482delAG]突變形式目前尚未見報道，這種突變可以做為肝癌行FOLFOX4方案化療耐藥的基因標志物，可以應用于耐藥的預測和評估中，具有準確特異和及時有效的優點。

技術領域

本發明屬于醫學分子生物學領域，具體涉及人CNOT1突變基因及其在肝癌行FOLFOX4方案化療耐藥評估中的應用。

背景技術

肝癌是中國人最常罹患和最易致死的主要癌癥，根據國家癌癥中心發布的全國最新癌癥報告（2019年版），肝癌發病率位列惡性腫瘤第四位，死亡率則高居惡性腫瘤第二位，目前國內新發肝癌病例和死亡病例均占世界的一半以上。肝癌早期癥狀不明顯，60%以上的患者確診時已是中晚期了，往往失去了手術治療的最佳機會。化療是中晚期肝癌的重要治療方式，然而肝癌患者對化療藥物的敏感性存在差異，對化療耐藥的肝癌患者的預后非常差；此外，肝癌癌灶存在異質性且在化療過程中容易發生新的耐藥突變，因此化療過程中常常會出現繼發性耐藥，需要及時變更治療方案。目前臨床上還無法及時準確地預測和評估肝癌患者對化療藥物的反應，導致大多數肝癌化療患者不斷進行試驗性化療，既耽誤病情又承受了不必要的藥物毒副反應。因此，如何在化療前有效探知原發性耐藥以及在化療過程中及時監測是否發生繼發性耐藥十分重要。目前臨床上對于肝癌化療療效評估主要依靠的是影像學手段和血清學指標，然而影像學手段往往存在一定的滯后，血清標記物（如血清甲胎蛋白即AFP）則普遍特異性不強，且這兩者均無法有效準確地反映癌灶的分子本質，從而難以分析和預測其變化趨勢，對治療的指導價值比較有限。為此，亟需尋找特異準確的肝癌化療分子標志物，預測和評估化療療效，及時發現耐藥人群和耐藥時間節點，以便有效指導化療方案的選擇和及時變更。

目前臨床上在癌癥治療中使用的結合了氟尿嘧啶、奧沙利鉑等常用化療藥物優點的FOLFOX4化療方案，由于其在整體反應率、疾病控制率、無進展生存期、總生存期方面，均優于傳統化療藥物（如阿霉素），且耐受性和安全性較好，因此自2011年起FOLFOX4方案就被原國家衛生部頒發的《原發性肝癌診療規范》所收錄，推薦用于治療晚期原發性肝癌。本發明針對接受FOLFOX4方案化療治療的原發性肝癌（下文簡稱肝癌）患者，采集其化療前和化療過程中的血樣并提取其細胞外游離DNA（cell-free DNA，即cfDNA），通過二代DNA測序技術解析其中的循環腫瘤DNA（circulating tumor DNA即ctDNA）來監測癌灶突變變動信息，并結合臨床療效評估信息分析，結果發現CNOT1（CCR4-NOT transcription complexsubunit 1）基因的兩種特定突變以及NPAS2（Neuronal PAS domain protein 2）的兩種特定突變可以做為肝癌行FOLFOX4方案化療耐藥的標志物，而缺乏有效特異的化療療效和耐藥評估分子標志物正是FOLFOX4方案在肝癌化療上面臨的一大棘手難題，導致其難以實現精準化療。